1ncb

CRYSTAL STRUCTURES OF TWO MUTANT NEURAMINIDASE-ANTIBODY COMPLEXES WITH AMINO ACID SUBSTITUTIONS IN THE INTERFACE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 120.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

INFLUENZA A SUBTYPE N9 NEURAMINIDASE

物种未注明

UniProt P03472

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 12 其他聚合物 8 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 N; UniProt 82–470 未记录 IGG2A-KAPPA NC41 FAB (LIGHT CHAIN) × 4 IGG2A-KAPPA NC41 FAB (HEAVY CHAIN) × 4 (P01865) ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.50 Å
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 20 其他聚合物 16 PDB 声明:eicosameric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 N; UniProt 82–470 未记录 IGG2A-KAPPA NC41 FAB (LIGHT CHAIN) × 4 IGG2A-KAPPA NC41 FAB (HEAVY CHAIN) × 8 (P01865) ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 8 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 47 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NRAM_IATRA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 N; PDB构建体 1–389; UniProt 82–470

IGG2A-KAPPA NC41 FAB (HEAVY CHAIN)

物种未注明

UniProt P01865

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 12 其他聚合物 8 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–101 未记录 INFLUENZA A SUBTYPE N9 NEURAMINIDASE × 4 (P03472) IGG2A-KAPPA NC41 FAB (LIGHT CHAIN) × 4 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.50 Å
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 20 其他聚合物 16 PDB 声明:eicosameric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–101 未记录 INFLUENZA A SUBTYPE N9 NEURAMINIDASE × 8 (P03472) IGG2A-KAPPA NC41 FAB (LIGHT CHAIN) × 4 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 8 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 31 个其他 PDB 条目、40 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GCAM_MOUSE
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 121–221; UniProt 1–101

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ncb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ncb
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ncb
沉积日期 deposition_date1992-01-21
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURES OF TWO MUTANT NEURAMINIDASE-ANTIBODY COMPLEXES WITH AMINO ACID SUBSTITUTIONS IN THE INTERFACE
关键词 keywordsHYDROLASE(O-GLYCOSYL); HYDROLASE(O-GLYCOSYL)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.40
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.36
零角强度 I(0) i0142847000.00
分子量 molecular_weight92848.0 kDa
排除体积 excluded_volume114830 ų
包络体积 envelope_volume148400 ų
水化壳体积 shell_volume38278 ų
包络直径 envelope_diameter124.3
壳层 Rg shell_rg38.33
包络 Rg envelope_rg34.66
形状 Rg shape_rg34.30
总 Rg total_rg34.82
总原子数 total_atoms6522
残基数 n_residues814
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax120.9
Rg (实空间) rg_real34.74
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.36
I(0) (实空间) i0_real1.4280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6290e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.53
I(0) (倒空间) i0_reciprocal142800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8044
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.5
偏度 Skewness skewness0.598
峰度 Kurtosis kurtosis-0.307
角度范围 angular_range— – 0.2300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha23420000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.600; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.778; Smooth: 0.875

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd1ncbh1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd1ncbh2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd1ncbl1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd1ncbl2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd1ncbn_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.68.1 — Sialidases
家族 Family familyb.68.1.1 — Sialidases (neuraminidases)

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id1ncbH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1ncbH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1ncbL01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1ncbL02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1ncbN00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)