SAXSdb — 1ndp

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

Dictyostelium discoideum

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–155 链 B； UniProt 1–155	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1NDP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B4S STRUCTURE OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE H122G MUTANT 提交 1998-12-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）链 B 1–155（155 aa）链 C 1–155（155 aa）	突变：H122G 突变：H122G 突变：H122G	PO4 PHOSPHATE ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.305
1B99 3'-FLUORO-URIDINE DIPHOSPHATE BINDING TO NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE 提交 1999-02-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）片段：HEXAMER 链 B 1–155（155 aa）片段：HEXAMER 链 C 1–155（155 aa）片段：HEXAMER 链 D 1–155（155 aa）片段：HEXAMER 链 E 1–155（155 aa）片段：HEXAMER 链 F 1–155（155 aa）片段：HEXAMER	未记录	FUP 2',3'-DIDEOXY-3'-FLUORO-URIDIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.70 Å R-free 0.304
1BUX 3'-PHOSPHORYLATED NUCLEOTIDES BINDING TO NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE 提交 1998-09-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）链 B 1–155（155 aa）链 C 1–155（155 aa）	未记录	PPS 3'-PHOSPHATE-ADENOSINE-5'-PHOSPHATE SULFATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.312
1F3F STRUCTURE OF THE H122G NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE / D4T-TRIPHOSPHATE.MG COMPLEX 提交 2000-06-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）链 B 1–155（155 aa）链 C 1–155（155 aa）	突变：H122G 突变：H122G 突变：H122G	MG MAGNESIUM ION × 6 D4T 2',3'-DEHYDRO-2',3'-DEOXY-THYMIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 2 D4D 2',3'-DEHYDRO-2',3'-DEOXY-THYMIDINE 5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 1.85 Å R-free 0.234
1F6T STRUCTURE OF THE NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE/ALPHA-BORANO(RP)-TDP.MG COMPLEX 提交 2000-06-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）链 B 1–155（155 aa）链 C 1–155（155 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 6 TBD 2-DEOXY-THYMIDINE-5-ALPHA BORANO DIPHOSPHATE (ISOMER RP) × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 1.92 Å R-free 0.274
1HHQ Role of active site resiude Lys16 in Nucleoside Diphosphate Kinase 提交 2000-12-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；METHOD: HANGING DROP IN DROP: 5MG/ML PROTEIN, 50 MM TRIS HCL PH7.5, 1 M AS, 20MM MGCL2 IN WELL: 2M AS, 50MM TRISHCL PH7.5, 20MM MGCL2, pH 7.50	分辨率 2.10 Å R-free 0.255
1HIY Binding of nucleotides to NDP kinase 提交 2001-01-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）链 B 1–155（155 aa）链 C 1–155（155 aa）	未记录	3AN 3'-DEOXY 3'-AMINO ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；METHOD: HANGING DROP IN DROP: 5MG/ML PROTEIN, 50 MM TRIS HCL PH8.5, 8.5MM 3'-AMINO-ADP,15-16% PEG550, 20MM MGCL2 IN WELL: 30-32% PEG550, 50MM TRISHCL PH8.5., pH 8.50	分辨率 2.60 Å R-free 0.325
1HLW STRUCTURE OF THE H122A MUTANT OF THE NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE 提交 2000-12-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）	突变：H122A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；PEG 600, Magnesium Chloride, Tris Hydrochloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 1.90 Å R-free 0.208
1KDN STRUCTURE OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE 提交 1996-09-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）链 B 1–155（155 aa）链 C 1–155（155 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 6 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.179
1LEO P100S NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE 提交 1996-05-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 6–155（150 aa）	突变：P100S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
1LWX AZT DIPHOSPHATE BINDING TO NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE 提交 1997-04-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）链 B 1–155（155 aa）链 C 1–155（155 aa）	突变：N119A 突变：N119A 突变：N119A	MG MAGNESIUM ION × 4 AZD 3'-AZIDO-3'-DEOXYTHYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.280
1MN7 NDP kinase mutant (H122G;N119S;F64W) in complex with aBAZTTP 提交 2002-09-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）链 B 1–155（155 aa）	突变：H122G N119S F64W 突变：H122G N119S F64W	MG MAGNESIUM ION × 6 ABT 3'-AZIDO-3'-DEOXY-THYMIDINE-5'-ALPHA BORANO TRIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG550, mes, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.15 Å R-free 0.295
1MN9 NDP kinase mutant (H122G) complex with RTP 提交 2002-09-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）链 B 1–155（155 aa）链 C 1–155（155 aa）	突变：H122G 突变：H122G 突变：H122G	MG MAGNESIUM ION × 6 RTP RIBAVIRIN TRIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 550, Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.90 Å R-free 0.249
1NCL THERMAL STABILITY OF HEXAMERIC AND TETRAMERIC NUCLEOSIDE, DIPHOSPHATE KINASES 提交 1996-03-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 6–155（150 aa）	突变：P105G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1NDC X-RAY STRUCTURE OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE COMPLEXED WITH DTDP AND MG2+ AT 2 A RESOLUTION 提交 1994-04-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 6 TYD THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1NDK X-RAY STRUCTURE OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE 提交 1993-07-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1NPK REFINED X-RAY STRUCTURE OF DICTYOSTELIUM NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE AT 1,8 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1994-07-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–155（154 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1NSP MECHANISM OF PHOSPHATE TRANSFER BY NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE: X-RAY STRUCTURES OF A PHOSPHO-HISTIDINE INTERMEDIATE OF THE ENZYMES FROM DROSOPHILA AND DICTYOSTELIUM 提交 1995-04-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1PAE nucleoside diphosphate kinase 提交 2003-05-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 X 1–155（155 aa）	突变：H122C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SE SELENIUM ATOM × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 6000, magnesium chloride,Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.232
1S5Z NDP kinase in complex with adenosine phosphonoacetic acid 提交 2004-01-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）链 B 1–155（155 aa）链 C 1–155（155 aa）链 D 1–155（155 aa）链 E 1–155（155 aa）链 F 1–155（155 aa）	未记录	SON ADENOSINE PHOSPHONOACETIC ACID × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG 1000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.239
2BEF CRYSTAL STRUCTURE OF NDP KINASE COMPLEXED WITH MG, ADP, AND BEF3 提交 1998-05-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）链 B 1–155（155 aa）链 C 1–155（155 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；HANGING DROP, SEEDING, 32% PEG550, 50MM TRIS PH 7.5, 20MM MGCL2, 25MM NAF, 1MM BECL2	分辨率 2.30 Å
3FKB Structure of NDPK H122G and tenofovir-diphosphate 提交 2008-12-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）链 B 1–155（155 aa）链 C 1–155（155 aa）链 D 1–155（155 aa）链 E 1–155（155 aa）链 F 1–155（155 aa）	突变：H122G 突变：H122G 突变：H122G 突变：H122G 突变：H122G 突变：H122G	TNM [(2R)-1-(6-aminopurin-9-yl)propan-2-yl]oxymethyl-phosphonooxy-phosphinic acid × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 GOL GLYCEROL × 2 TNV [2-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-1-METHYLETHOXY]METHYL-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；25% PEG 1000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.65 Å R-free 0.205
4C6A High Resolution Structure of the Nucleoside diphosphate kinase 提交 2013-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–155（154 aa）	突变：YES	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；26% PEG 1000, 100MM TRIS PH7.5	分辨率 1.25 Å R-free 0.172
4CP5 ndpK in complex with (Rp)-SPMPApp 提交 2014-01-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）链 B 1–155（155 aa）链 C 1–155（155 aa）链 D 1–155（155 aa）链 E 1–155（155 aa）链 F 1–155（155 aa）	突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES	EOI [[(2R)-1-(6-aminopurin-9-yl)propan-2-yl]oxymethyl-sulfanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 26% PEG 1000 100MM TRIS PH7.5	分辨率 2.32 Å R-free 0.246

共 24 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NDKC_DICDI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155 作者链 B； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ndp
沉积日期 deposition_date	1993-11-29
结构标题 title	ADENOSINE 5'-DIPHOSPHATE BINDING AND THE ACTIVE SITE OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
关键词 keywords	PHOSPHOTRANSFERASE; PHOSPHOTRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.26 Å
零角强度 I(0) i0	19058800.00
分子量 molecular_weight	33344.0 kDa
排除体积 excluded_volume	41936 Å³
包络体积 envelope_volume	47196 Å³
水化壳体积 shell_volume	20482 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.2 Å
壳层 Rg shell_rg	25.64 Å
包络 Rg envelope_rg	19.53 Å
形状 Rg shape_rg	19.27 Å
总 Rg total_rg	20.15 Å
总原子数 total_atoms	2349
残基数 n_residues	300
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.9 Å
Rg (实空间) rg_real	20.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9060e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2700e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19060000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6333
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	26.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.220
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.397
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4649000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.835; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.242; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
分子量 formula_weight	16816.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.4.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2507

MSTNKVNKERTFLAVKPDGVARGLVGEIIARYEKKGFVLVGLKQLVPTKDLAESHYAEHKERPFFGGLVSFITSGPVVAMVFEGKGVVASARLMIGVTNPLASAPGSIRGDFGVDVGRNIIHGSDSVESANREIALWFKPEELLTEVKPNPNLYE

来源 Source

来源生物 organism	Dictyostelium discoideum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	44689

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	158

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1ndpa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.6 — Nucleoside diphosphate kinase, NDK
家族 Family family	d.58.6.1 — Nucleoside diphosphate kinase, NDK

结构域编号 domain_id	d1ndpb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.6 — Nucleoside diphosphate kinase, NDK
家族 Family family	d.58.6.1 — Nucleoside diphosphate kinase, NDK

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1ndpA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	141 — Nucleoside diphosphate kinase-like domain

结构域编号 domain_id	1ndpB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	141 — Nucleoside diphosphate kinase-like domain

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	73.180 Å
晶胞边长 b length_b	73.180 Å
晶胞边长 c length_c	158.450 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.1930
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/nd/1ndp/1ndp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nd/1ndp/1ndp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nd/1ndp/1ndp.dat

ADENOSINE 5'-DIPHOSPHATE BINDING AND THE ACTIVE SITE OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE