SAXSdb — 1nfk

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (NUCLEAR FACTOR KAPPA-B (NF-KB))

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 39–363 链 B； UniProt 39–363	未记录	;DNA (5'-D(TPGPGPGPAPAPTPTPCPCP*C)-3') ; × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.340

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1NFK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BFS STRUCTURE OF NF-KB P50 HOMODIMER BOUND TO A KB SITE 提交 1997-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 245–350（106 aa）片段：DIMERIZATION DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.287
1IKN IKAPPABALPHA/NF-KAPPAB COMPLEX 提交 1998-11-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 245–363（119 aa）片段：N-TERMINAL AND DIMERIZATION DOMAINS	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.00	分辨率 2.30 Å R-free 0.277
1LE5 Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to an IFNb-kB 提交 2002-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 39–350（312 aa）片段：p50 RHR	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；50 mM Na acatate, 50mM CaCl2, 1.0 mM Na spermine, 8% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.75 Å R-free 0.293
1LE5 Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to an IFNb-kB 提交 2002-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 F 39–350（312 aa）片段：p50 RHR	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；50 mM Na acatate, 50mM CaCl2, 1.0 mM Na spermine, 8% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.75 Å R-free 0.293
1LE9 Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to the Ig/HIV-kB siti 提交 2002-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 39–350（312 aa）片段：p50 RHR	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；PEG 3350, CaCl2, Na acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 110K	分辨率 3.00 Å R-free 0.305
1LE9 Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to the Ig/HIV-kB siti 提交 2002-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 F 39–350（312 aa）片段：p50 RHR	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；PEG 3350, CaCl2, Na acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 110K	分辨率 3.00 Å R-free 0.305
1LEI The kB DNA sequence from the HLV-LTR functions as an allosteric regulator of HIV transcription 提交 2002-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 39–350（312 aa）片段：p50 RHR	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 SMALL TUBES；pH 6.5；291 K；PEG 3350, CaCl2, sodium spermine, pH 6.5, SMALL TUBES, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.284
1OOA CRYSTAL STRUCTURE OF NF-kB(p50)2 COMPLEXED TO A HIGH-AFFINITY RNA APTAMER 提交 2003-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 39–363（325 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；PEG 8000, ethylene glycol, ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.45 Å R-free 0.248
1OOA CRYSTAL STRUCTURE OF NF-kB(p50)2 COMPLEXED TO A HIGH-AFFINITY RNA APTAMER 提交 2003-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 39–363（325 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；PEG 8000, ethylene glycol, ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.45 Å R-free 0.248
1U36 Crystal structure of WLAC mutant of dimerisation domain of NF-kB p50 transcription factor 提交 2004-07-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 245–350（106 aa）片段：dimerization domain	突变：Y267W, V310C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG 8000, ammonium sulphate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.89 Å R-free 0.220
1U3J Crystal structure of MLAV mutant of dimerisation domain of NF-kB p50 transcription factor 提交 2004-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 245–350（106 aa）片段：dimerization domain	突变：Y267M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG 8000, ammonium sulphate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.90 Å R-free 0.222
1U3Y Crystal structure of ILAC mutant of dimerisation domain of NF-kB p50 transcription factor 提交 2004-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 245–350（106 aa）片段：dimerization domain	突变：Y267I, V310C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG 8000, ammonium sulphate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.90 Å R-free 0.223
1U3Z Crystal structure of MLAC mutant of dimerisation domain of NF-kB p50 transcription factor 提交 2004-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 245–350（106 aa）片段：dimerization domain	突变：Y267M, V310C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG 8000, ammonium sulphate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.90 Å R-free 0.235
1U41 Crystal structure of YLGV mutant of dimerisation domain of NF-kB p50 transcription factor 提交 2004-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 245–350（106 aa）片段：dimerization domain 链 B 245–350（106 aa）片段：dimerization domain	突变：A308G 突变：A308G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG 8000, ammonium sulphate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.20 Å R-free 0.235
1U41 Crystal structure of YLGV mutant of dimerisation domain of NF-kB p50 transcription factor 提交 2004-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 245–350（106 aa）片段：dimerization domain 链 D 245–350（106 aa）片段：dimerization domain	突变：A308G 突变：A308G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG 8000, ammonium sulphate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.20 Å R-free 0.235
1U42 Crystal structure of MLAM mutant of dimerisation domain of NF-kB p50 transcription factor 提交 2004-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 245–350（106 aa）片段：dimerization domain	突变：Y267M, V310M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG 8000, ammonium sulphate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.70 Å R-free 0.317
1VKX CRYSTAL STRUCTURE OF THE NFKB P50/P65 HETERODIMER COMPLEXED TO THE IMMUNOGLOBULIN KB DNA 提交 1997-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 39–350（312 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.90 Å R-free 0.320
2I9T Structure of NF-kB p65-p50 heterodimer bound to PRDII element of B-interferon promoter 提交 2006-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 39–350（312 aa）片段：residues 39-350	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；293 K；8% PEG 5K monomethylether, 200mM sodium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 5.60	分辨率 2.80 Å R-free 0.288
2V2T X-ray structure of a NF-kB p50-RelB-DNA complex 提交 2007-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 38–363（326 aa）片段：NUCLEAR FACTOR NF-KAPPA-B P50 SUBUNIT, RESIDUES 38-363	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；5% PEG3350 100 MM NACITRATE 1MM SPERMINE 5MM DTT, pH 7	分辨率 3.05 Å R-free 0.276
3JV4 Crystal structure of the dimerization domains p50 and RelB 提交 2009-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 245–359（115 aa）片段：dimerization domain (UNP residues 245-359)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG8000, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.15 Å R-free 0.280
3JV4 Crystal structure of the dimerization domains p50 and RelB 提交 2009-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 245–359（115 aa）片段：dimerization domain (UNP residues 245-359)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG8000, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.15 Å R-free 0.280
3JV4 Crystal structure of the dimerization domains p50 and RelB 提交 2009-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 245–359（115 aa）片段：dimerization domain (UNP residues 245-359)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG8000, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.15 Å R-free 0.280
8TKL Murine NF-kappaB p50 Rel Homology Region homodimer in complex with a Test 16-mer kappaB-like DNA 提交 2023-07-25	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 39–350（312 aa）链 B 39–350（312 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293.15 K；4% Tacsimate pH 6.0, 12% PEG 3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.284
8TKM Murine NF-kappaB p50 Rel Homology Region homodimer in complex with 17-mer kappaB DNA from human interleukin-6 (IL-6) promoter 提交 2023-07-25	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 39–350（312 aa）链 B 39–350（312 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M Na-Acetate pH 4.9, 16% (w/v) PEG 1500	分辨率 2.80 Å R-free 0.273
8TKN Murine NF-kappaB p50 Rel Homology Region homodimer in complex with 10-mer kappaB DNA from human Neutrophil Gelatinase-associated Lipocalin (NGAL) promoter 提交 2023-07-25	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 39–350（312 aa）链 B 39–350（312 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；298 K；0.05 M sodium acetate pH 5.4, 20 mM magnesium sulfate, and 4% PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.288
9BOR IkappaBzeta ankyrin repeat domain:NF-kappaB p50 homodimer complex at 2.0 Angstrom resolution 提交 2024-05-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 245–376（132 aa）链 C 245–376（132 aa）	未记录	HT3 (2R,3S)-heptane-1,2,3-triol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；303 K；20mM acetic acid pH 5.2, 80mM acetic acid pH 5.8, 5.5% PEG 3350, 10mM DTT, 0.5% 1,2,3 heptanetriol	分辨率 2.00 Å R-free 0.208

共 20 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NFKB1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–325； UniProt 39–363 作者链 B； PDB构建体 1–325； UniProt 39–363

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1nfk
沉积日期 deposition_date	1995-02-28
结构标题 title	STRUCTURE OF THE NUCLEAR FACTOR KAPPA-B (NF-KB) P50 HOMODIMER
关键词 keywords	NF-KB P50, COMPLEX (TRANSCRIPTION FACTOR-DNA), TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.87 Å
零角强度 I(0) i0	102944000.00
分子量 molecular_weight	76405.0 kDa
排除体积 excluded_volume	93915 Å³
包络体积 envelope_volume	122650 Å³
水化壳体积 shell_volume	33556 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.6 Å
壳层 Rg shell_rg	36.87 Å
包络 Rg envelope_rg	31.98 Å
形状 Rg shape_rg	31.90 Å
总 Rg total_rg	32.18 Å
总原子数 total_atoms	6526
残基数 n_residues	646
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.5 Å
Rg (实空间) rg_real	31.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.14 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0290e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	102900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8920
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.339
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.456
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16630000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.913

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPGPGPGPAPAPTPTPCPCP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	3349.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D
原子数 atom_count	7477

TGGGAATTCCC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (NUCLEAR FACTOR KAPPA-B (NF-KB))
分子量 formula_weight	36597.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

GPYLQILEQPKQRGFRFRYVCEGPSHGGLPGASSEKNKKSYPQVKICNYVGPAKVIVQLVTNGKNIHLHAHSLVGKHCEDGVCTVTAGPKDMVVGFANLGILHVTKKKVFETLEARMTEACIRGYNPGLLVHSDLAYLQAEGGGDRQLTDREKEIIRQAAVQQTKEMDLSVVRLMFTAFLPDSTGSFTRRLEPVVSDAIYDSKAPNASNLKIVRMDRTAGCVTGGEEIYLLCDKVQKDDIQIRFYEEEENGGVWEGFGDFSPTDVHRQFAIVFKTPKYKDVNITKPASVFVQLRRKSDLETSEPKPFLYYPEIKDKEEVQRKRQK

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	317

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1nfka1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.1 — NF-kappa-B/REL/DORSAL transcription factors, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1nfka2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family family	b.2.5.3 — Rel/Dorsal transcription factors, DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	d1nfkb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.1 — NF-kappa-B/REL/DORSAL transcription factors, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1nfkb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family family	b.2.5.3 — Rel/Dorsal transcription factors, DNA-binding domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1nfkA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1nfkA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1nfkB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1nfkB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	84.200 Å
晶胞边长 b length_b	132.100 Å
晶胞边长 c length_c	80.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.10 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	0.2300
R_work r_work	0.2300
R_free r_free	0.3400

fit	/app/data/saxs_computation/nf/1nfk/1nfk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nf/1nfk/1nfk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nf/1nfk/1nfk.dat

STRUCTURE OF THE NUCLEAR FACTOR KAPPA-B (NF-KB) P50 HOMODIMER

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (NUCLEAR FACTOR KAPPA-B (NF-KB))

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)