1nkh

Crystal structure of Lactose synthase complex with UDP and Manganese

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ALPHA-LACTALBUMIN

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	BETA-1,4-GALACTOSYLTRANSFERASE × 1 （P08037） CALCIUM ION × 1 SULFATE ION × 1 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 MANGANESE (II) ION × 1 URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	BETA-1,4-GALACTOSYLTRANSFERASE × 1 （P08037） CALCIUM ION × 1 SULFATE ION × 1 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 MANGANESE (II) ION × 1 URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LALBA_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–123； UniProt 21–143 作者链 C； PDB构建体 1–123； UniProt 21–143

BETA-1,4-GALACTOSYLTRANSFERASE

Bos taurus

UniProt P08037

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ALPHA-LACTALBUMIN × 1 （P29752） CALCIUM ION × 1 SULFATE ION × 1 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 MANGANESE (II) ION × 1 URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ALPHA-LACTALBUMIN × 1 （P29752） CALCIUM ION × 1 SULFATE ION × 1 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 MANGANESE (II) ION × 1 URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B4GT1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 14–286； UniProt 130–402 作者链 D； PDB构建体 14–286； UniProt 130–402

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1nkh
沉积日期 deposition_date	2003-01-03
结构标题 title	Crystal structure of Lactose synthase complex with UDP and Manganese
关键词 keywords	lactose synthease, UDP and MN binding, TRANSFERASE ACTIVATOR-TRANSFERASE COMPLEX; TRANSFERASE ACTIVATOR/TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1nkh__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1nkh__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1nkh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.84 Å
Rg（电子密度）	22.16 Å
总 Rg	23.08 Å
原子数	3294
残基数	395
排除体积	58639 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1nkh__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1nkh__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ALPHA-LACTALBUMIN
分子量 formula_weight	14015.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	7183

TELTKCKVSHAIKDIDGYQGISLLEWACVLFHTSGYDTQAVVNDNGSTEYGLFQISDRFWCKSSEFPESENICGISCDKLLDDELDDDIACAKKILAIKGIDYWKAYKPMCSEKLEQWRCEKP

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	BETA-1,4-GALACTOSYLTRANSFERASE
分子量 formula_weight	32851.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.22, 2.4.1.90, 2.4.1.38
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

ASMTGGQQMGRGSSLTACPEESPLLVGPMLIEFNIPVDLKLVEQQNPKVKLGGRYTPMDCISPHKVAIIIPFRNRQEHLKYWLYYLHPILQRQQLDYGIYVINQAGESMFNRAKLLNVGFKEALKDYDYNCFVFSDVDLIPMNDHNTYRCFSQPRHISVAMDKFGFSLPYVQYFGGVSALSKQQFLSINGFPNNYWGWGGEDDDIYNRLAFRGMSVSRPNAVIGKCRMIRHSRDKKNEPNPQRFDRIAHTKETMLSDGLNSLTYMVLEVQRYPLYTKITVDIGTPS

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	404.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	608

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1nkha_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamily	d.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family family	d.2.1.2 — C-type lysozyme

结构域编号 domain_id	d1nkhb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.68 — Nucleotide-diphospho-sugar transferases
超家族 Superfamily superfamily	c.68.1 — Nucleotide-diphospho-sugar transferases
家族 Family family	c.68.1.2 — beta 1,4 galactosyltransferase (b4GalT1)

结构域编号 domain_id	d1nkhc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamily	d.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family family	d.2.1.2 — C-type lysozyme

结构域编号 domain_id	d1nkhd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.68 — Nucleotide-diphospho-sugar transferases
超家族 Superfamily superfamily	c.68.1 — Nucleotide-diphospho-sugar transferases
家族 Family family	c.68.1.2 — beta 1,4 galactosyltransferase (b4GalT1)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1nkhA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1nkhB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	550 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A

结构域编号 domain_id	1nkhC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1nkhD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	550 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A

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晶胞边长 a length_a	55.469 Å
晶胞边长 b length_b	99.145 Å
晶胞边长 c length_c	102.261 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.14 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	24.710 Å
R 因子 r_factor	0.1960
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	0.2510

Crystal structure of Lactose synthase complex with UDP and Manganese

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ALPHA-LACTALBUMIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

BETA-1,4-GALACTOSYLTRANSFERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1nkh__assembly_1__model_1

1nkh__assembly_1__model_1 | I(q)

1nkh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Lactose synthase complex with UDP and Manganese

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ALPHA-LACTALBUMIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

BETA-1,4-GALACTOSYLTRANSFERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1nkh__assembly_1__model_1

1nkh__assembly_1__model_1 | I(q)

1nkh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)