1nlx

Crystal Structure of PHL P 6, A Major Timothy Grass Pollen Allergen Co-Crystallized with Zinc

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pollen allergen Phl p 6

Phleum pratense

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 14	ZINC ION × 28 ARSENIC × 7	与蛋白数一致
10	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	ZINC ION × 4 ARSENIC × 2	与蛋白数一致
11	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	ZINC ION × 4	与蛋白数一致
12	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	ZINC ION × 4 ARSENIC × 1	与蛋白数一致
13	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	ZINC ION × 4	与蛋白数一致
14	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	ZINC ION × 4 ARSENIC × 1	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	ZINC ION × 4 ARSENIC × 1	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	ZINC ION × 4 ARSENIC × 1	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	ZINC ION × 4 ARSENIC × 1	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	ZINC ION × 4 ARSENIC × 1	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	ZINC ION × 4 ARSENIC × 1	与蛋白数一致
7	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	ZINC ION × 4 ARSENIC × 1	与蛋白数一致
8	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	ZINC ION × 4 ARSENIC × 1	与蛋白数一致
9	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	ZINC ION × 4 ARSENIC × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MPAP6_PHLPR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–111； UniProt 23–132 作者链 B； PDB构建体 2–111； UniProt 23–132 作者链 C； PDB构建体 2–111； UniProt 23–132 作者链 D； PDB构建体 2–111； UniProt 23–132 作者链 E； PDB构建体 2–111； UniProt 23–132 作者链 F； PDB构建体 2–111； UniProt 23–132 作者链 G； PDB构建体 2–111； UniProt 23–132 作者链 H； PDB构建体 2–111； UniProt 23–132 作者链 I； PDB构建体 2–111； UniProt 23–132 作者链 J； PDB构建体 2–111； UniProt 23–132 作者链 K； PDB构建体 2–111； UniProt 23–132 作者链 L； PDB构建体 2–111； UniProt 23–132 作者链 M； PDB构建体 2–111； UniProt 23–132 作者链 N； PDB构建体 2–111； UniProt 23–132

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1nlx
沉积日期 deposition_date	2003-01-07
结构标题 title	Crystal Structure of PHL P 6, A Major Timothy Grass Pollen Allergen Co-Crystallized with Zinc
关键词 keywords	;Allergen Phl p 6, four-helix-bundle, Structural Genomics, PSI, Protein Structure Initiative, New York SGX Research Center for Structural Genomics, NYSGXRC, ALLERGEN ;; ALLERGEN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1nlx__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1nlx__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1nlx__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.71 Å
Rg（电子密度）	18.01 Å
总 Rg	18.88 Å
原子数	1593
残基数	208
排除体积	28284 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1nlx__assembly_1__model_1`	tetradecameric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1nlx__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1nlx__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1nlx__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1nlx__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`1nlx__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`1nlx__assembly_7__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`1nlx__assembly_8__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`1nlx__assembly_9__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
10	1	`1nlx__assembly_10__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
11	1	`1nlx__assembly_11__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
12	1	`1nlx__assembly_12__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
13	1	`1nlx__assembly_13__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
14	1	`1nlx__assembly_14__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Pollen allergen Phl p 6
分子量 formula_weight	11936.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N
原子数 atom_count	11151

MGKATTEEQKLIEDVNASFRAAMATTANVPPADKYKTFEAAFTVSSKRNLADAVSKAPQLVPKLDEVYNAAYNAADHAAPEDKYEAFVLHFSEALRIIAGTPEVHAVKPGA

来源 Source

来源生物 organism	Phleum pratense
通用名 common_name	timothy grass
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	15957
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	28

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ARSENIC
分子量 formula_weight	74.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

结构域编号 domain_id	d1nlxa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.17 — Group V grass pollen allergen
家族 Family family	a.24.17.1 — Group V grass pollen allergen

结构域编号 domain_id	d1nlxb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.17 — Group V grass pollen allergen
家族 Family family	a.24.17.1 — Group V grass pollen allergen

结构域编号 domain_id	d1nlxc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.17 — Group V grass pollen allergen
家族 Family family	a.24.17.1 — Group V grass pollen allergen

结构域编号 domain_id	d1nlxd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.17 — Group V grass pollen allergen
家族 Family family	a.24.17.1 — Group V grass pollen allergen

结构域编号 domain_id	d1nlxe_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.17 — Group V grass pollen allergen
家族 Family family	a.24.17.1 — Group V grass pollen allergen

结构域编号 domain_id	d1nlxf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.17 — Group V grass pollen allergen
家族 Family family	a.24.17.1 — Group V grass pollen allergen

结构域编号 domain_id	d1nlxg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.17 — Group V grass pollen allergen
家族 Family family	a.24.17.1 — Group V grass pollen allergen

结构域编号 domain_id	d1nlxh_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.17 — Group V grass pollen allergen
家族 Family family	a.24.17.1 — Group V grass pollen allergen

结构域编号 domain_id	d1nlxi_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.17 — Group V grass pollen allergen
家族 Family family	a.24.17.1 — Group V grass pollen allergen

结构域编号 domain_id	d1nlxj_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.17 — Group V grass pollen allergen
家族 Family family	a.24.17.1 — Group V grass pollen allergen

结构域编号 domain_id	d1nlxk_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.17 — Group V grass pollen allergen
家族 Family family	a.24.17.1 — Group V grass pollen allergen

结构域编号 domain_id	d1nlxl_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.17 — Group V grass pollen allergen
家族 Family family	a.24.17.1 — Group V grass pollen allergen

结构域编号 domain_id	d1nlxm_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.17 — Group V grass pollen allergen
家族 Family family	a.24.17.1 — Group V grass pollen allergen

结构域编号 domain_id	d1nlxn_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.17 — Group V grass pollen allergen
家族 Family family	a.24.17.1 — Group V grass pollen allergen

CATH v4.4 (14 domains)

结构域编号 domain_id	1nlxA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 — Group V grass pollen allergen

结构域编号 domain_id	1nlxB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 — Group V grass pollen allergen

结构域编号 domain_id	1nlxC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 — Group V grass pollen allergen

结构域编号 domain_id	1nlxD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 — Group V grass pollen allergen

结构域编号 domain_id	1nlxE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 — Group V grass pollen allergen

结构域编号 domain_id	1nlxF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 — Group V grass pollen allergen

结构域编号 domain_id	1nlxG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 — Group V grass pollen allergen

结构域编号 domain_id	1nlxH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 — Group V grass pollen allergen

结构域编号 domain_id	1nlxI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 — Group V grass pollen allergen

结构域编号 domain_id	1nlxJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 — Group V grass pollen allergen

结构域编号 domain_id	1nlxK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 — Group V grass pollen allergen

结构域编号 domain_id	1nlxL00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 — Group V grass pollen allergen

结构域编号 domain_id	1nlxM00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 — Group V grass pollen allergen

结构域编号 domain_id	1nlxN00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 — Group V grass pollen allergen

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晶胞边长 a length_a	110.809 Å
晶胞边长 b length_b	110.335 Å
晶胞边长 c length_c	159.420 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	56

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2480
R_work r_work	0.2430
R_free r_free	0.2720

Crystal Structure of PHL P 6, A Major Timothy Grass Pollen Allergen Co-Crystallized with Zinc

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pollen allergen Phl p 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1nlx__assembly_4__model_1

1nlx__assembly_4__model_1 | I(q)

1nlx__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

CATH v4.4 (14 domains)

7. 引用文献 (4)

Crystal Structure of PHL P 6, A Major Timothy Grass Pollen Allergen Co-Crystallized with Zinc

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pollen allergen Phl p 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1nlx__assembly_4__model_1

1nlx__assembly_4__model_1 | I(q)

1nlx__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

CATH v4.4 (14 domains)

7. 引用文献 (4)