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1nmg

MAJOR COLD-SHOCK PROTEIN, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE

Method: SOLUTION NMR Dmax: 40.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAJOR COLD-SHOCK PROTEIN

Bacillus subtilis

UniProt P32081

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–67 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NMG Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CSP CRYSTAL STRUCTURE OF THE BACILLUS SUBTILIS MAJOR COLD SHOCK PROTEIN, CSPB: A UNIVERSAL NUCLEIC-ACID BINDING DOMAIN 提交 1993-05-12 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–67（67 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.45 Å
1CSQ CRYSTAL STRUCTURE OF THE BACILLUS SUBTILIS MAJOR COLD SHOCK PROTEIN, CSPB: A UNIVERSAL NUCLEIC-ACID BINDING DOMAIN 提交 1993-05-12 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–67（67 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.70 Å
1NMF MAJOR COLD-SHOCK PROTEIN, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1996-02-05 当前字段一致 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–67（67 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
2ES2 Crystal Structure Analysis of the Bacillus Subtilis Cold Shock Protein Bs-CspB in Complex with Hexathymidine 提交 2005-10-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–67（67 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M calcium acetate 18% (w/v) PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.78 Å R-free 0.223
2F52 Solution structure of cold shock protein CspB from Bacillus subtilis in complex with heptathymidine 提交 2005-11-25 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–67（67 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；288 K；离子强度（mmCIF原始值）53mM buffer salt；压力 ambient
NMR样品组成 0.8mM CspB U-15N, 50mM Na-cacodylate, 3mM MgCl2, 1.2mM heptathymidine, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.8mM CspB U-15N, 13C, 50mM Na-cacodylate, 3mM MgCl2, 1.2mM heptathymidine, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2I5L Crystal structure of Bacillus subtilis Cold Shock Protein variant Bs-CspB M1R/E3K/K65I 提交 2006-08-25 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 X 1–67（67 aa）
突变：M1R, E3K, K65I 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；protein solution: 20 mM TRIS pH 7.5, 50 mM sodium chloride, 3 mM magnesium chloride, 20.4 mg/ml protein. crystallization buffer: 25 % PEG 3350, 0.2 M sodium carbonate, 0.1 M TRIS HCl pH 8.5. crystallization setup: 0.8 microliter protein solution:0.8 microliter reservoir solution, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.55 Å R-free 0.244
2I5M Crystal structure of Bacillus subtilis cold shock protein CspB variant A46K S48R 提交 2006-08-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 X 1–67（67 aa）
突变：A46K, S48R MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；reservoir solution: 1.5 M lithium sulfate, 0.1 M TRIS pH 7.5, 15% glycerol for cryoprotection. protein solution: 20 mM TRIS pH 7.5, 50 mM NaCl, 3 mM MgCl2, 17.4 mg/ml protein. crystallization setup: 0.8 microliter protein solution:0.8 microliter reservoir solution, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.30 Å R-free 0.227
2I5M Crystal structure of Bacillus subtilis cold shock protein CspB variant A46K S48R 提交 2006-08-25 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 X 1–67（67 aa）
突变：A46K, S48R MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；reservoir solution: 1.5 M lithium sulfate, 0.1 M TRIS pH 7.5, 15% glycerol for cryoprotection. protein solution: 20 mM TRIS pH 7.5, 50 mM NaCl, 3 mM MgCl2, 17.4 mg/ml protein. crystallization setup: 0.8 microliter protein solution:0.8 microliter reservoir solution, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.30 Å R-free 0.227
3PF4 Crystal structure of Bs-CspB in complex with r(GUCUUUA) 提交 2010-10-27 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–67（67 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；protein buffer: 50mM TRIS, 20mM Na-HEPES, pH 7.5; Bs-CspB.rGUCUUUA complex concentration: 50mg/ml; crystallization buffer: 30% (w/v) PEG 4000, 0.2M MgCl2, 0.1M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.38 Å R-free 0.194
3PF4 Crystal structure of Bs-CspB in complex with r(GUCUUUA) 提交 2010-10-27 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 1–67（67 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；protein buffer: 50mM TRIS, 20mM Na-HEPES, pH 7.5; Bs-CspB.rGUCUUUA complex concentration: 50mg/ml; crystallization buffer: 30% (w/v) PEG 4000, 0.2M MgCl2, 0.1M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.38 Å R-free 0.194
3PF5 Crystal structure of Bs-CspB in complex with rU6 提交 2010-10-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–67（67 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；protein buffer: 50mM TRIS, 20mM Na-HEPES, pH 7.5; Bs-CspB.rU6 complex concentration: 70mg/ml; crystallization buffer: 31% PEG 3350, 0.25M MgCl2, 0.1M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.68 Å R-free 0.235
3PF5 Crystal structure of Bs-CspB in complex with rU6 提交 2010-10-27 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 1–67（67 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；protein buffer: 50mM TRIS, 20mM Na-HEPES, pH 7.5; Bs-CspB.rU6 complex concentration: 70mg/ml; crystallization buffer: 31% PEG 3350, 0.25M MgCl2, 0.1M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.68 Å R-free 0.235

共 9 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CSPB_BACSU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1nmg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1nmg
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1nmg
沉积日期 deposition_date1996-02-05
结构标题 titleMAJOR COLD-SHOCK PROTEIN, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
关键词 keywordsCOLD SHOCK PROTEIN, TRANSCRIPTION REGULATION; TRANSCRIPTION REGULATION
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.25 Å
零角强度 I(0) i01291880.00
分子量 molecular_weight7359.0 kDa
排除体积 excluded_volume9169 ų
包络体积 envelope_volume10679 ų
水化壳体积 shell_volume8331 ų
包络直径 envelope_diameter38.3 Å
壳层 Rg shell_rg16.55 Å
包络 Rg envelope_rg11.68 Å
形状 Rg shape_rg11.21 Å
总 Rg total_rg12.84 Å
总原子数 total_atoms1014
残基数 n_residues67
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax40.2 Å
Rg (实空间) rg_real12.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.21 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2920e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3280e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal12.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1292000.0000
解质量估计 total_estimate0.8939
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary16.3 Å
偏度 Skewness skewness0.162
峰度 Kurtosis kurtosis-0.287
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha391100.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.878; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.996
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1nmga_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.5 — Cold shock DNA-binding domain-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1nmgA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)