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1npu

CRYSTAL STRUCTURE OF THE EXTRACELLULAR DOMAIN OF MURINE PD-1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 59.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Programmed cell death protein 1

Mus musculus

UniProt Q02242

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 34–150 片段：Ig V-type domain 突变：C50S 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG8000, NaAc, NaCacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NPU Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3BIK Crystal Structure of the PD-1/PD-L1 Complex 提交 2007-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 25–157（133 aa） 片段：EXTRACELLULAR DOMAIN
突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；20% PEG 3350, 200MM NH4H2PO4, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.65 Å R-free 0.268
3BIK Crystal Structure of the PD-1/PD-L1 Complex 提交 2007-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 25–157（133 aa） 片段：EXTRACELLULAR DOMAIN
突变：YES GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；20% PEG 3350, 200MM NH4H2PO4, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.65 Å R-free 0.268
3BP5 Crystal structure of the mouse PD-1 and PD-L2 complex 提交 2007-12-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 34–150（117 aa） 片段：Extrocellular domain
突变：C50S GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 Sitting drop；pH 8.5；291 K；20% PEG 6000, 0.1 M Tris pH 8.5, Sitting drop, temperature 291K
分辨率 1.80 Å R-free 0.228
3BP6 Crystal structure of the mouse PD-1 Mutant and PD-L2 complex 提交 2007-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 34–150（117 aa） 片段：Extrocellular domain
突变：C50S, A99L GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 Sitting drop；pH 8.5；291 K；20% PEG 6000, 0.1 M Tris pH 8.5, Sitting drop, temperature 291K
分辨率 1.60 Å R-free 0.218
3RNK Crystal structure of the complex between mouse PD-1 mutant and PD-L2 IgV domain 提交 2011-04-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 34–150（117 aa） 片段：Residues 34-150
突变：C83S, A132L 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.1M HEPES pH 7, 0.1M Magnesium chloride, 15% PEG 4000, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 291K
分辨率 1.74 Å R-free 0.247
3RNQ Crystal structure of the complex between the extracellular domains of mouse PD-1 mutant and PD-L2 提交 2011-04-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 34–150（117 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；0.1M Tris pH 8, 17.5% PEG 6000, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K
分辨率 1.60 Å R-free 0.207
3SBW Crystal structure of the complex between the extracellular domains of mouse PD-1 mutant and human PD-L1 提交 2011-06-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 34–150（117 aa） 片段：UNP residues 34-150
突变：C83S, A132L 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277 K；0.1M Sodium citrate pH 5, 20% PEG 8000, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 277K
分辨率 2.28 Å R-free 0.270
3SBW Crystal structure of the complex between the extracellular domains of mouse PD-1 mutant and human PD-L1 提交 2011-06-06 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 34–150（117 aa） 片段：UNP residues 34-150
突变：C83S, A132L 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277 K；0.1M Sodium citrate pH 5, 20% PEG 8000, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 277K
分辨率 2.28 Å R-free 0.270

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PDCD1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–117； UniProt 34–150

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1npu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1npu
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1npu
沉积日期 deposition_date2003-01-20
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF THE EXTRACELLULAR DOMAIN OF MURINE PD-1
关键词 keywords;Ig V-type domain, Structural Genomics, PSI, Protein Structure Initiative, New York SGX Research Center for Structural Genomics, NYSGXRC, IMMUNE SYSTEM ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.07 Å
零角强度 I(0) i03499970.00
分子量 molecular_weight12861.0 kDa
排除体积 excluded_volume15938 ų
包络体积 envelope_volume17817 ų
水化壳体积 shell_volume11147 ų
包络直径 envelope_diameter57.7 Å
壳层 Rg shell_rg19.44 Å
包络 Rg envelope_rg14.69 Å
形状 Rg shape_rg14.05 Å
总 Rg total_rg15.22 Å
总原子数 total_atoms906
残基数 n_residues116
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.8 Å
Rg (实空间) rg_real15.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real3.5000e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1080e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3500000.0000
解质量估计 total_estimate0.7707
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary17.4 Å
偏度 Skewness skewness0.414
峰度 Kurtosis kurtosis-0.003
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha853500.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.446; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.680; Smooth: 0.998
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1npua_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1npuA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)