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COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH ABT-773

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 263.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ribosomal protein L2

物种未注明

UniProt Q9RXJ9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 2–275 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L3 × 1 （Q9RXK2） ribosomal protein L4 × 1 （Q9RXK1） ribosomal protein L5 × 1 （Q9RXJ0） ribosomal protein L6 × 1 （Q9RSL3） ribosomal protein L9 × 1 （Q9RY49） ribosomal protein L11 × 1 （Q9RSS7） ribosomal protein L13 × 1 （Q9RXY1） ribosomal protein L14 × 1 （Q9RXJ2） ribosomal protein L15 × 1 （Q9RSK9） ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） ribosomal protein L17 × 1 （Q9RSJ5） ribosomal protein L18 × 1 （Q9RSL2） ribosomal protein L19 × 1 （Q9RWB4） ribosomal protein L20 × 1 （Q9RSW7） ribosomal protein L21 × 1 （Q9RY64） ribosomal protein L22 × 1 （Q9RXJ7） ribosomal protein L23 × 1 （Q9RXK0） ribosomal protein L24 × 1 （Q9RXJ1） general stress protein Ctc × 1 （Q9RX88） ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） ribosomal protein L29 × 1 （Q9RXJ4） ribosomal protein L30 × 1 （Q9RSL0） ribosomal protein L31 × 1 （Q9RW44） ribosomal protein L32 × 1 （P49228） ribosomal protein L33 × 1 （Q9RSS4） ribosomal protein L34 × 1 （Q9RSH2） ribosomal protein L35 × 1 （Q9RSW6） ribosomal protein L36 × 1 （Q9RSK0） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 A 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 A 2–275（274 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 A 1–275（275 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 A 1–274（274 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 A 2–275（274 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 A 2–275（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 A 2–275（274 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 A 2–275（274 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 A 2–275（274 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 A 2–275（274 aa）
未记录 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 A 2–275（274 aa）
未记录 LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 A 2–275（274 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 A 2–275（274 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 A 2–275（274 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.60 Å R-free 0.239
4U67 Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 提交 2014-07-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 A 1–275（275 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 51 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.65 Å R-free 0.270
4WFN Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 in complex with erythromycin 提交 2014-09-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 A 1–275（275 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 70 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesuim chloride, Hepes, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexadiol
分辨率 3.54 Å R-free 0.282
5DM6 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2015-09-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 A 2–275（274 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 198 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1, 3-hexanediol, ethanol
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
5DM7 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with hygromycin A 提交 2015-09-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 A 2–275（274 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 186 HGR Hygromycin A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1,3-hexanediol, ethanol
分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5JVG The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with avilamycin 提交 2016-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 A 1–275（275 aa）
未记录 6NO Avilamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 446 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.43 Å R-free 0.253
5JVH The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin 提交 2016-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 A 1–275（275 aa）
未记录 6O1 Evernimicin × 1 MG MAGNESIUM ION × 123 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.58 Å R-free 0.247
7A0R 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 A 2–272（271 aa）
未记录 QTZ mycinamicin II × 1 MG MAGNESIUM ION × 345 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.30 Å R-free 0.249
7A0S 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 A 2–275（274 aa）
未记录 QU2 mycinamicin I × 1 MG MAGNESIUM ION × 367 SPD SPERMIDINE × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 1 CA CALCIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.22 Å R-free 0.253
7A18 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV 提交 2020-08-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 A 2–272（271 aa）
未记录 MIV MYCINAMICIN IV × 1 MG MAGNESIUM ION × 277 SPD SPERMIDINE × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.40 Å R-free 0.318

共 23 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL2_DEIRA
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–274； UniProt 2–275

ribosomal protein L3

物种未注明

UniProt Q9RXK2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 B； UniProt 1–211 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L2 × 1 （Q9RXJ9） ribosomal protein L4 × 1 （Q9RXK1） ribosomal protein L5 × 1 （Q9RXJ0） ribosomal protein L6 × 1 （Q9RSL3） ribosomal protein L9 × 1 （Q9RY49） ribosomal protein L11 × 1 （Q9RSS7） ribosomal protein L13 × 1 （Q9RXY1） ribosomal protein L14 × 1 （Q9RXJ2） ribosomal protein L15 × 1 （Q9RSK9） ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） ribosomal protein L17 × 1 （Q9RSJ5） ribosomal protein L18 × 1 （Q9RSL2） ribosomal protein L19 × 1 （Q9RWB4） ribosomal protein L20 × 1 （Q9RSW7） ribosomal protein L21 × 1 （Q9RY64） ribosomal protein L22 × 1 （Q9RXJ7） ribosomal protein L23 × 1 （Q9RXK0） ribosomal protein L24 × 1 （Q9RXJ1） general stress protein Ctc × 1 （Q9RX88） ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） ribosomal protein L29 × 1 （Q9RXJ4） ribosomal protein L30 × 1 （Q9RSL0） ribosomal protein L31 × 1 （Q9RW44） ribosomal protein L32 × 1 （P49228） ribosomal protein L33 × 1 （Q9RSS4） ribosomal protein L34 × 1 （Q9RSH2） ribosomal protein L35 × 1 （Q9RSW6） ribosomal protein L36 × 1 （Q9RSK0） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 B 1–211（211 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 B 1–211（211 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 B 1–211（211 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 B 1–211（211 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360
2OGM The crystal structure of the large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans complexed with the pleuromutilin derivative SB-571519 提交 2007-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 1–211（211 aa）
未记录 G19 (2S,3AR,4R,5S,6S,8R,9R,9AR,10R)-2,5-DIHYDROXY-4,6,9,10-TETRAMETHYL-1-OXO-6-VINYLDECAHYDRO-3A,9-PROP[1]ENOCYCLOPENTA[8]ANNULEN-8-YL [(6-AMINOPYRIDAZIN-3-YL)CARBONYL]CARBAMATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；Ethanol, Dimethylhexanediol, MgCl2, HEPES, NH4Cl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.50 Å R-free 0.334
2OGN The crystal structure of the large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans complexed with the pleuromutilin derivative SB-280080 提交 2007-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 1–211（211 aa）
未记录 G80 (3AS,4R,5S,6S,8R,9R,9AR,10R)-5-HYDROXY-4,6,9,10-TETRAMETHYL-1-OXO-6-VINYLDECAHYDRO-3A,9-PROPANOCYCLOPENTA[8]ANNULEN-8-YL (PIPERIDIN-4-YLTHIO)ACETATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；Ethanol, Dimethylhexanediol, MgCl2, HEPES, NH4Cl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.56 Å R-free 0.338
2OGO The crystal structure of the large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans complexed with the pleuromutilin derivative retapamulin (SB-275833) 提交 2007-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 1–211（211 aa）
未记录 G34 Retapamulin × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；Ethanol, Dimethylhexanediol, MgCl2, HEPES, NH4Cl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.66 Å R-free 0.334
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 B 1–211（211 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 B 1–211（211 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 B 1–211（211 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 B 1–211（211 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 B 1–211（211 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 B 1–211（211 aa）
未记录 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 B 1–211（211 aa）
未记录 LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 B 1–211（211 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 B 1–211（211 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 B 1–211（211 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.60 Å R-free 0.239
4U67 Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 提交 2014-07-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 B 1–211（211 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 51 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.65 Å R-free 0.270
4WFN Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 in complex with erythromycin 提交 2014-09-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 B 1–211（211 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 70 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesuim chloride, Hepes, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexadiol
分辨率 3.54 Å R-free 0.282
5DM6 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 B 1–205（205 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 198 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1, 3-hexanediol, ethanol
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
5DM7 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with hygromycin A 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 B 1–205（205 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 186 HGR Hygromycin A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1,3-hexanediol, ethanol
分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5JVG The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with avilamycin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 B 1–211（211 aa）
未记录 6NO Avilamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 446 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.43 Å R-free 0.253
5JVH The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 B 1–211（211 aa）
未记录 6O1 Evernimicin × 1 MG MAGNESIUM ION × 123 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.58 Å R-free 0.247
7A0R 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 B 1–206（206 aa）
未记录 QTZ mycinamicin II × 1 MG MAGNESIUM ION × 345 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.30 Å R-free 0.249
7A0S 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 B 1–206（206 aa）
未记录 QU2 mycinamicin I × 1 MG MAGNESIUM ION × 367 SPD SPERMIDINE × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 1 CA CALCIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.22 Å R-free 0.253
7A18 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV 提交 2020-08-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 B 1–206（206 aa）
未记录 MIV MYCINAMICIN IV × 1 MG MAGNESIUM ION × 277 SPD SPERMIDINE × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.40 Å R-free 0.318

共 26 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL3_DEIRA
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–211； UniProt 1–211

ribosomal protein L4

物种未注明

UniProt Q9RXK1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 C； UniProt 2–205 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L2 × 1 （Q9RXJ9） ribosomal protein L3 × 1 （Q9RXK2） ribosomal protein L5 × 1 （Q9RXJ0） ribosomal protein L6 × 1 （Q9RSL3） ribosomal protein L9 × 1 （Q9RY49） ribosomal protein L11 × 1 （Q9RSS7） ribosomal protein L13 × 1 （Q9RXY1） ribosomal protein L14 × 1 （Q9RXJ2） ribosomal protein L15 × 1 （Q9RSK9） ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） ribosomal protein L17 × 1 （Q9RSJ5） ribosomal protein L18 × 1 （Q9RSL2） ribosomal protein L19 × 1 （Q9RWB4） ribosomal protein L20 × 1 （Q9RSW7） ribosomal protein L21 × 1 （Q9RY64） ribosomal protein L22 × 1 （Q9RXJ7） ribosomal protein L23 × 1 （Q9RXK0） ribosomal protein L24 × 1 （Q9RXJ1） general stress protein Ctc × 1 （Q9RX88） ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） ribosomal protein L29 × 1 （Q9RXJ4） ribosomal protein L30 × 1 （Q9RSL0） ribosomal protein L31 × 1 （Q9RW44） ribosomal protein L32 × 1 （P49228） ribosomal protein L33 × 1 （Q9RSS4） ribosomal protein L34 × 1 （Q9RSH2） ribosomal protein L35 × 1 （Q9RSW6） ribosomal protein L36 × 1 （Q9RSK0） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1J5A STRUCTURAL BASIS FOR THE INTERACTION OF ANTIBIOTICS WITH THE PEPTIDYL TRANSFERASE CENTER IN EUBACTERIA 提交 2002-03-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 K 1–205（205 aa）
未记录 CTY CLARITHROMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ethanol, dimethylhexanediol, MgCl2, KCl, Hepes, NH4Cl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.50 Å R-free 0.323
1JZX Structural Basis for the Interaction of Antibiotics with the Peptidyl Transferase Center in Eubacteria 提交 2001-09-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 K 1–205（205 aa）
未记录 CLY CLINDAMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ethanol, dimethylhexanediol,MgCl2, KCl, Hepes, NH4Cl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.10 Å R-free 0.303
1JZY Structural Basis for the Interaction of Antibiotics with the Peptidyl Transferase Center in Eubacteria 提交 2001-09-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 K 1–205（205 aa）
未记录 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ethanol, dimethylhexanediol, MgCl2, KCl, Hepes, NH4Cl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.50 Å R-free 0.301
1JZZ Structural Basis for the Interaction of Antibiotics with the Peptidyl Transferase Center in Eubacteria 提交 2001-09-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 K 1–205（205 aa）
未记录 ROX ROXITHROMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ethanol, dimethylhexanediol, MgCl2, KCl, Hepes, NH4Cl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.80 Å R-free 0.274
1K01 Structural Basis for the Interaction of Antibiotics with the Peptidyl Transferase Center in Eubacteria 提交 2001-09-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 K 1–205（205 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 CLM CHLORAMPHENICOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ethanol, dimethylhexanediol, MgCl2, KCl, Hepes, NH4Cl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.50 Å R-free 0.321
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 C 1–204（204 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 C 2–205（204 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 C 1–205（205 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 C 1–204（204 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 C 1–205（205 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 C 1–205（205 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 C 1–205（205 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 C 1–205（205 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 C 1–205（205 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 C 1–205（205 aa）
未记录 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 C 1–205（205 aa）
未记录 LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 C 1–205（205 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 C 1–205（205 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 C 1–205（205 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.60 Å R-free 0.239
4U67 Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 提交 2014-07-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 C 1–205（205 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 51 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.65 Å R-free 0.270
4WFN Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 in complex with erythromycin 提交 2014-09-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 C 1–205（205 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 70 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesuim chloride, Hepes, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexadiol
分辨率 3.54 Å R-free 0.282
5DM6 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 C 2–198（197 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 198 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1, 3-hexanediol, ethanol
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
5DM7 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with hygromycin A 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 C 2–198（197 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 186 HGR Hygromycin A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1,3-hexanediol, ethanol
分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5JVG The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with avilamycin 提交 2016-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 C 1–205（205 aa）
未记录 6NO Avilamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 446 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.43 Å R-free 0.253
5JVH The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin 提交 2016-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 C 1–205（205 aa）
未记录 6O1 Evernimicin × 1 MG MAGNESIUM ION × 123 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.58 Å R-free 0.247
7A0R 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 C 2–198（197 aa）
未记录 QTZ mycinamicin II × 1 MG MAGNESIUM ION × 345 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.30 Å R-free 0.249
7A0S 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 C 1–205（205 aa）
未记录 QU2 mycinamicin I × 1 MG MAGNESIUM ION × 367 SPD SPERMIDINE × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 1 CA CALCIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.22 Å R-free 0.253
7A18 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV 提交 2020-08-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 C 2–196（195 aa）
未记录 MIV MYCINAMICIN IV × 1 MG MAGNESIUM ION × 277 SPD SPERMIDINE × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.40 Å R-free 0.318

共 28 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL4_DEIRA
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–204； UniProt 2–205

ribosomal protein L5

物种未注明

UniProt Q9RXJ0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 D； UniProt 1–180 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L2 × 1 （Q9RXJ9） ribosomal protein L3 × 1 （Q9RXK2） ribosomal protein L4 × 1 （Q9RXK1） ribosomal protein L6 × 1 （Q9RSL3） ribosomal protein L9 × 1 （Q9RY49） ribosomal protein L11 × 1 （Q9RSS7） ribosomal protein L13 × 1 （Q9RXY1） ribosomal protein L14 × 1 （Q9RXJ2） ribosomal protein L15 × 1 （Q9RSK9） ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） ribosomal protein L17 × 1 （Q9RSJ5） ribosomal protein L18 × 1 （Q9RSL2） ribosomal protein L19 × 1 （Q9RWB4） ribosomal protein L20 × 1 （Q9RSW7） ribosomal protein L21 × 1 （Q9RY64） ribosomal protein L22 × 1 （Q9RXJ7） ribosomal protein L23 × 1 （Q9RXK0） ribosomal protein L24 × 1 （Q9RXJ1） general stress protein Ctc × 1 （Q9RX88） ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） ribosomal protein L29 × 1 （Q9RXJ4） ribosomal protein L30 × 1 （Q9RSL0） ribosomal protein L31 × 1 （Q9RW44） ribosomal protein L32 × 1 （P49228） ribosomal protein L33 × 1 （Q9RSS4） ribosomal protein L34 × 1 （Q9RSH2） ribosomal protein L35 × 1 （Q9RSW6） ribosomal protein L36 × 1 （Q9RSK0） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 D 1–180（180 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 D 1–180（180 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 D 1–180（180 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 D 1–180（180 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 D 1–180（180 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 D 1–180（180 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 D 1–180（180 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 D 1–180（180 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 D 1–180（180 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 D 1–180（180 aa）
未记录 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 D 1–180（180 aa）
未记录 LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 D 1–180（180 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 D 1–180（180 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 D 1–180（180 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.60 Å R-free 0.239
4U67 Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 提交 2014-07-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 D 1–180（180 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 51 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.65 Å R-free 0.270
4WFN Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 in complex with erythromycin 提交 2014-09-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 D 1–180（180 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 70 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesuim chloride, Hepes, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexadiol
分辨率 3.54 Å R-free 0.282
5DM6 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 D 3–179（177 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 198 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1, 3-hexanediol, ethanol
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
5DM7 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with hygromycin A 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 D 3–179（177 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 186 HGR Hygromycin A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1,3-hexanediol, ethanol
分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5JVG The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with avilamycin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 D 1–180（180 aa）
未记录 6NO Avilamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 446 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.43 Å R-free 0.253
5JVH The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 D 1–180（180 aa）
未记录 6O1 Evernimicin × 1 MG MAGNESIUM ION × 123 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.58 Å R-free 0.247
7A0R 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 D 3–179（177 aa）
未记录 QTZ mycinamicin II × 1 MG MAGNESIUM ION × 345 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.30 Å R-free 0.249
7A0S 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 D 3–179（177 aa）
未记录 QU2 mycinamicin I × 1 MG MAGNESIUM ION × 367 SPD SPERMIDINE × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 1 CA CALCIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.22 Å R-free 0.253
7A18 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV 提交 2020-08-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 D 2–177（176 aa）
未记录 MIV MYCINAMICIN IV × 1 MG MAGNESIUM ION × 277 SPD SPERMIDINE × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.40 Å R-free 0.318

共 23 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 RL5_DEIRA
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 1–180； UniProt 1–180

ribosomal protein L6

物种未注明

UniProt Q9RSL3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 E； UniProt 28–212 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L2 × 1 （Q9RXJ9） ribosomal protein L3 × 1 （Q9RXK2） ribosomal protein L4 × 1 （Q9RXK1） ribosomal protein L5 × 1 （Q9RXJ0） ribosomal protein L9 × 1 （Q9RY49） ribosomal protein L11 × 1 （Q9RSS7） ribosomal protein L13 × 1 （Q9RXY1） ribosomal protein L14 × 1 （Q9RXJ2） ribosomal protein L15 × 1 （Q9RSK9） ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） ribosomal protein L17 × 1 （Q9RSJ5） ribosomal protein L18 × 1 （Q9RSL2） ribosomal protein L19 × 1 （Q9RWB4） ribosomal protein L20 × 1 （Q9RSW7） ribosomal protein L21 × 1 （Q9RY64） ribosomal protein L22 × 1 （Q9RXJ7） ribosomal protein L23 × 1 （Q9RXK0） ribosomal protein L24 × 1 （Q9RXJ1） general stress protein Ctc × 1 （Q9RX88） ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） ribosomal protein L29 × 1 （Q9RXJ4） ribosomal protein L30 × 1 （Q9RSL0） ribosomal protein L31 × 1 （Q9RW44） ribosomal protein L32 × 1 （P49228） ribosomal protein L33 × 1 （Q9RSS4） ribosomal protein L34 × 1 （Q9RSH2） ribosomal protein L35 × 1 （Q9RSW6） ribosomal protein L36 × 1 （Q9RSK0） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 E 1–185（185 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 E 28–212（185 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 E 1–212（212 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 E 1–185（185 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 E 1–185（185 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 E 1–185（185 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 E 1–185（185 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 E 1–185（185 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 E 1–185（185 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 E 1–185（185 aa）
未记录 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 E 1–185（185 aa）
未记录 LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 E 1–185（185 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 E 1–185（185 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 E 1–185（185 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.60 Å R-free 0.239
4U67 Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 提交 2014-07-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 E 1–185（185 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 51 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.65 Å R-free 0.270
4WFN Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 in complex with erythromycin 提交 2014-09-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 E 1–185（185 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 70 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesuim chloride, Hepes, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexadiol
分辨率 3.54 Å R-free 0.282
5DM6 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 E 5–175（171 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 198 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1, 3-hexanediol, ethanol
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
5DM7 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with hygromycin A 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 E 5–175（171 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 186 HGR Hygromycin A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1,3-hexanediol, ethanol
分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5JVG The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with avilamycin 提交 2016-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 E 1–185（185 aa）
未记录 6NO Avilamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 446 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.43 Å R-free 0.253
5JVH The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin 提交 2016-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 E 1–185（185 aa）
未记录 6O1 Evernimicin × 1 MG MAGNESIUM ION × 123 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.58 Å R-free 0.247
7A0R 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 E 5–175（171 aa）
未记录 QTZ mycinamicin II × 1 MG MAGNESIUM ION × 345 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.30 Å R-free 0.249
7A0S 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 E 5–175（171 aa）
未记录 QU2 mycinamicin I × 1 MG MAGNESIUM ION × 367 SPD SPERMIDINE × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 1 CA CALCIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.22 Å R-free 0.253
7A18 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV 提交 2020-08-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 E 5–175（171 aa）
未记录 MIV MYCINAMICIN IV × 1 MG MAGNESIUM ION × 277 SPD SPERMIDINE × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.40 Å R-free 0.318

共 23 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL6_DEIRA
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–185； UniProt 28–212

ribosomal protein L9

物种未注明

UniProt Q9RY49

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 F； UniProt 1–146 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L2 × 1 （Q9RXJ9） ribosomal protein L3 × 1 （Q9RXK2） ribosomal protein L4 × 1 （Q9RXK1） ribosomal protein L5 × 1 （Q9RXJ0） ribosomal protein L6 × 1 （Q9RSL3） ribosomal protein L11 × 1 （Q9RSS7） ribosomal protein L13 × 1 （Q9RXY1） ribosomal protein L14 × 1 （Q9RXJ2） ribosomal protein L15 × 1 （Q9RSK9） ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） ribosomal protein L17 × 1 （Q9RSJ5） ribosomal protein L18 × 1 （Q9RSL2） ribosomal protein L19 × 1 （Q9RWB4） ribosomal protein L20 × 1 （Q9RSW7） ribosomal protein L21 × 1 （Q9RY64） ribosomal protein L22 × 1 （Q9RXJ7） ribosomal protein L23 × 1 （Q9RXK0） ribosomal protein L24 × 1 （Q9RXJ1） general stress protein Ctc × 1 （Q9RX88） ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） ribosomal protein L29 × 1 （Q9RXJ4） ribosomal protein L30 × 1 （Q9RSL0） ribosomal protein L31 × 1 （Q9RW44） ribosomal protein L32 × 1 （P49228） ribosomal protein L33 × 1 （Q9RSS4） ribosomal protein L34 × 1 （Q9RSH2） ribosomal protein L35 × 1 （Q9RSW6） ribosomal protein L36 × 1 （Q9RSK0） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 F 1–146（146 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 F 1–146（146 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 F 1–146（146 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 F 1–146（146 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL9_DEIRA
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 F； PDB构建体 1–146； UniProt 1–146

ribosomal protein L11

物种未注明

UniProt Q9RSS7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 G； UniProt 1–144 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L2 × 1 （Q9RXJ9） ribosomal protein L3 × 1 （Q9RXK2） ribosomal protein L4 × 1 （Q9RXK1） ribosomal protein L5 × 1 （Q9RXJ0） ribosomal protein L6 × 1 （Q9RSL3） ribosomal protein L9 × 1 （Q9RY49） ribosomal protein L13 × 1 （Q9RXY1） ribosomal protein L14 × 1 （Q9RXJ2） ribosomal protein L15 × 1 （Q9RSK9） ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） ribosomal protein L17 × 1 （Q9RSJ5） ribosomal protein L18 × 1 （Q9RSL2） ribosomal protein L19 × 1 （Q9RWB4） ribosomal protein L20 × 1 （Q9RSW7） ribosomal protein L21 × 1 （Q9RY64） ribosomal protein L22 × 1 （Q9RXJ7） ribosomal protein L23 × 1 （Q9RXK0） ribosomal protein L24 × 1 （Q9RXJ1） general stress protein Ctc × 1 （Q9RX88） ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） ribosomal protein L29 × 1 （Q9RXJ4） ribosomal protein L30 × 1 （Q9RSL0） ribosomal protein L31 × 1 （Q9RW44） ribosomal protein L32 × 1 （P49228） ribosomal protein L33 × 1 （Q9RSS4） ribosomal protein L34 × 1 （Q9RSH2） ribosomal protein L35 × 1 （Q9RSW6） ribosomal protein L36 × 1 （Q9RSK0） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 G 1–144（144 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 G 1–144（144 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 G 1–144（144 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 G 1–144（144 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 F 1–144（144 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 F 1–144（144 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 F 1–144（144 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 F 1–144（144 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 F 1–144（144 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 F 1–144（144 aa）
未记录 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 F 1–144（144 aa）
未记录 LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 F 1–144（144 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 F 1–144（144 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 F 1–144（144 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.60 Å R-free 0.239
5DM6 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 F 4–144（141 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 198 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1, 3-hexanediol, ethanol
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
5DM7 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with hygromycin A 提交 2015-09-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 F 1–144（144 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 186 HGR Hygromycin A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1,3-hexanediol, ethanol
分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5JVG The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with avilamycin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 F 1–144（144 aa）
未记录 6NO Avilamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 446 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.43 Å R-free 0.253

共 17 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL11_DEIRA
Isoform —
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 G； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144

ribosomal protein L13

物种未注明

UniProt Q9RXY1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 H； UniProt 1–174 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L2 × 1 （Q9RXJ9） ribosomal protein L3 × 1 （Q9RXK2） ribosomal protein L4 × 1 （Q9RXK1） ribosomal protein L5 × 1 （Q9RXJ0） ribosomal protein L6 × 1 （Q9RSL3） ribosomal protein L9 × 1 （Q9RY49） ribosomal protein L11 × 1 （Q9RSS7） ribosomal protein L14 × 1 （Q9RXJ2） ribosomal protein L15 × 1 （Q9RSK9） ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） ribosomal protein L17 × 1 （Q9RSJ5） ribosomal protein L18 × 1 （Q9RSL2） ribosomal protein L19 × 1 （Q9RWB4） ribosomal protein L20 × 1 （Q9RSW7） ribosomal protein L21 × 1 （Q9RY64） ribosomal protein L22 × 1 （Q9RXJ7） ribosomal protein L23 × 1 （Q9RXK0） ribosomal protein L24 × 1 （Q9RXJ1） general stress protein Ctc × 1 （Q9RX88） ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） ribosomal protein L29 × 1 （Q9RXJ4） ribosomal protein L30 × 1 （Q9RSL0） ribosomal protein L31 × 1 （Q9RW44） ribosomal protein L32 × 1 （P49228） ribosomal protein L33 × 1 （Q9RSS4） ribosomal protein L34 × 1 （Q9RSH2） ribosomal protein L35 × 1 （Q9RSW6） ribosomal protein L36 × 1 （Q9RSK0） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 H 1–174（174 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 H 1–174（174 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 H 1–174（174 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 H 1–174（174 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 G 1–174（174 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 G 1–174（174 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 G 1–174（174 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 G 1–174（174 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 G 1–174（174 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 G 1–174（174 aa）
未记录 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 G 1–174（174 aa）
未记录 LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 G 1–174（174 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 G 1–174（174 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 G 1–174（174 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.60 Å R-free 0.239
4U67 Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 提交 2014-07-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 G 1–174（174 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 51 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.65 Å R-free 0.270
4WFN Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 in complex with erythromycin 提交 2014-09-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 G 1–174（174 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 70 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesuim chloride, Hepes, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexadiol
分辨率 3.54 Å R-free 0.282
5DM6 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 G 30–171（142 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 198 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1, 3-hexanediol, ethanol
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
5DM7 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with hygromycin A 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 G 30–171（142 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 186 HGR Hygromycin A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1,3-hexanediol, ethanol
分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5JVG The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with avilamycin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 G 1–174（174 aa）
未记录 6NO Avilamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 446 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.43 Å R-free 0.253
5JVH The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 G 1–174（174 aa）
未记录 6O1 Evernimicin × 1 MG MAGNESIUM ION × 123 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.58 Å R-free 0.247
7A0R 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 G 30–172（143 aa）
未记录 QTZ mycinamicin II × 1 MG MAGNESIUM ION × 345 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.30 Å R-free 0.249
7A0S 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 G 30–172（143 aa）
未记录 QU2 mycinamicin I × 1 MG MAGNESIUM ION × 367 SPD SPERMIDINE × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 1 CA CALCIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.22 Å R-free 0.253
7A18 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV 提交 2020-08-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 G 30–171（142 aa）
未记录 MIV MYCINAMICIN IV × 1 MG MAGNESIUM ION × 277 SPD SPERMIDINE × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.40 Å R-free 0.318

共 23 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL13_DEIRA
Isoform —
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 H； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174

ribosomal protein L14

物种未注明

UniProt Q9RXJ2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 I； UniProt 1–134 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L2 × 1 （Q9RXJ9） ribosomal protein L3 × 1 （Q9RXK2） ribosomal protein L4 × 1 （Q9RXK1） ribosomal protein L5 × 1 （Q9RXJ0） ribosomal protein L6 × 1 （Q9RSL3） ribosomal protein L9 × 1 （Q9RY49） ribosomal protein L11 × 1 （Q9RSS7） ribosomal protein L13 × 1 （Q9RXY1） ribosomal protein L15 × 1 （Q9RSK9） ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） ribosomal protein L17 × 1 （Q9RSJ5） ribosomal protein L18 × 1 （Q9RSL2） ribosomal protein L19 × 1 （Q9RWB4） ribosomal protein L20 × 1 （Q9RSW7） ribosomal protein L21 × 1 （Q9RY64） ribosomal protein L22 × 1 （Q9RXJ7） ribosomal protein L23 × 1 （Q9RXK0） ribosomal protein L24 × 1 （Q9RXJ1） general stress protein Ctc × 1 （Q9RX88） ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） ribosomal protein L29 × 1 （Q9RXJ4） ribosomal protein L30 × 1 （Q9RSL0） ribosomal protein L31 × 1 （Q9RW44） ribosomal protein L32 × 1 （P49228） ribosomal protein L33 × 1 （Q9RSS4） ribosomal protein L34 × 1 （Q9RSH2） ribosomal protein L35 × 1 （Q9RSW6） ribosomal protein L36 × 1 （Q9RSK0） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 I 1–134（134 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 I 1–134（134 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 I 1–134（134 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 I 1–134（134 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 H 1–134（134 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 H 1–134（134 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 H 1–134（134 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 H 1–134（134 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 H 1–134（134 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 H 1–134（134 aa）
未记录 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 H 1–134（134 aa）
未记录 LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 H 1–134（134 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 H 1–134（134 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 H 1–134（134 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.60 Å R-free 0.239
4U67 Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 提交 2014-07-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 H 1–134（134 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 51 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.65 Å R-free 0.270
4WFN Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 in complex with erythromycin 提交 2014-09-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 H 1–134（134 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 70 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesuim chloride, Hepes, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexadiol
分辨率 3.54 Å R-free 0.282
5DM6 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2015-09-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 H 1–134（134 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 198 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1, 3-hexanediol, ethanol
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
5DM7 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with hygromycin A 提交 2015-09-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 H 1–134（134 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 186 HGR Hygromycin A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1,3-hexanediol, ethanol
分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5JVG The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with avilamycin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 H 1–134（134 aa）
未记录 6NO Avilamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 446 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.43 Å R-free 0.253
5JVH The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 H 1–134（134 aa）
未记录 6O1 Evernimicin × 1 MG MAGNESIUM ION × 123 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.58 Å R-free 0.247
7A0R 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 H 1–134（134 aa）
未记录 QTZ mycinamicin II × 1 MG MAGNESIUM ION × 345 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.30 Å R-free 0.249
7A0S 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 H 1–134（134 aa）
未记录 QU2 mycinamicin I × 1 MG MAGNESIUM ION × 367 SPD SPERMIDINE × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 1 CA CALCIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.22 Å R-free 0.253
7A18 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV 提交 2020-08-12 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 H 1–134（134 aa）
未记录 MIV MYCINAMICIN IV × 1 MG MAGNESIUM ION × 277 SPD SPERMIDINE × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.40 Å R-free 0.318

共 23 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL14_DEIRA
Isoform —
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 I； PDB构建体 1–134； UniProt 1–134

ribosomal protein L15

物种未注明

UniProt Q9RSK9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 J； UniProt 1–156 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L2 × 1 （Q9RXJ9） ribosomal protein L3 × 1 （Q9RXK2） ribosomal protein L4 × 1 （Q9RXK1） ribosomal protein L5 × 1 （Q9RXJ0） ribosomal protein L6 × 1 （Q9RSL3） ribosomal protein L9 × 1 （Q9RY49） ribosomal protein L11 × 1 （Q9RSS7） ribosomal protein L13 × 1 （Q9RXY1） ribosomal protein L14 × 1 （Q9RXJ2） ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） ribosomal protein L17 × 1 （Q9RSJ5） ribosomal protein L18 × 1 （Q9RSL2） ribosomal protein L19 × 1 （Q9RWB4） ribosomal protein L20 × 1 （Q9RSW7） ribosomal protein L21 × 1 （Q9RY64） ribosomal protein L22 × 1 （Q9RXJ7） ribosomal protein L23 × 1 （Q9RXK0） ribosomal protein L24 × 1 （Q9RXJ1） general stress protein Ctc × 1 （Q9RX88） ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） ribosomal protein L29 × 1 （Q9RXJ4） ribosomal protein L30 × 1 （Q9RSL0） ribosomal protein L31 × 1 （Q9RW44） ribosomal protein L32 × 1 （P49228） ribosomal protein L33 × 1 （Q9RSS4） ribosomal protein L34 × 1 （Q9RSH2） ribosomal protein L35 × 1 （Q9RSW6） ribosomal protein L36 × 1 （Q9RSK0） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 J 1–156（156 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 J 1–156（156 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 J 1–156（156 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 J 1–156（156 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 I 1–156（156 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 I 1–156（156 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 I 1–156（156 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 I 1–156（156 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 I 1–156（156 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 I 1–156（156 aa）
未记录 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 I 1–156（156 aa）
未记录 LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 I 1–156（156 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 I 1–156（156 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 I 1–156（156 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.60 Å R-free 0.239
4U67 Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 提交 2014-07-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 I 1–156（156 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 51 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.65 Å R-free 0.270
4WFN Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 in complex with erythromycin 提交 2014-09-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 I 1–156（156 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 70 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesuim chloride, Hepes, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexadiol
分辨率 3.54 Å R-free 0.282
5DM6 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 I 4–144（141 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 198 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1, 3-hexanediol, ethanol
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
5DM7 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with hygromycin A 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 I 4–144（141 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 186 HGR Hygromycin A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1,3-hexanediol, ethanol
分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5JVG The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with avilamycin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 I 1–156（156 aa）
未记录 6NO Avilamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 446 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.43 Å R-free 0.253
5JVH The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 I 1–156（156 aa）
未记录 6O1 Evernimicin × 1 MG MAGNESIUM ION × 123 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.58 Å R-free 0.247
7A0R 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 I 1–137（137 aa）
未记录 QTZ mycinamicin II × 1 MG MAGNESIUM ION × 345 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.30 Å R-free 0.249
7A0S 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 I 1–137（137 aa）
未记录 QU2 mycinamicin I × 1 MG MAGNESIUM ION × 367 SPD SPERMIDINE × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 1 CA CALCIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.22 Å R-free 0.253
7A18 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV 提交 2020-08-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 I 1–137（137 aa）
未记录 MIV MYCINAMICIN IV × 1 MG MAGNESIUM ION × 277 SPD SPERMIDINE × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.40 Å R-free 0.318

共 23 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL15_DEIRA
Isoform —
PDB实体 12
链与序列区间 作者链 J； PDB构建体 1–156； UniProt 1–156

ribosomal protein L16

物种未注明

UniProt Q9RXJ5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 K； UniProt 2–142 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L2 × 1 （Q9RXJ9） ribosomal protein L3 × 1 （Q9RXK2） ribosomal protein L4 × 1 （Q9RXK1） ribosomal protein L5 × 1 （Q9RXJ0） ribosomal protein L6 × 1 （Q9RSL3） ribosomal protein L9 × 1 （Q9RY49） ribosomal protein L11 × 1 （Q9RSS7） ribosomal protein L13 × 1 （Q9RXY1） ribosomal protein L14 × 1 （Q9RXJ2） ribosomal protein L15 × 1 （Q9RSK9） ribosomal protein L17 × 1 （Q9RSJ5） ribosomal protein L18 × 1 （Q9RSL2） ribosomal protein L19 × 1 （Q9RWB4） ribosomal protein L20 × 1 （Q9RSW7） ribosomal protein L21 × 1 （Q9RY64） ribosomal protein L22 × 1 （Q9RXJ7） ribosomal protein L23 × 1 （Q9RXK0） ribosomal protein L24 × 1 （Q9RXJ1） general stress protein Ctc × 1 （Q9RX88） ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） ribosomal protein L29 × 1 （Q9RXJ4） ribosomal protein L30 × 1 （Q9RSL0） ribosomal protein L31 × 1 （Q9RW44） ribosomal protein L32 × 1 （P49228） ribosomal protein L33 × 1 （Q9RSS4） ribosomal protein L34 × 1 （Q9RSH2） ribosomal protein L35 × 1 （Q9RSW6） ribosomal protein L36 × 1 （Q9RSK0） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NJM The crystal structure of the 50S Large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans complexed with a tRNA acceptor stem mimic (ASM) and the antibiotic sparsomycin 提交 2003-01-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 K 2–142（141 aa）
未记录 SPS SPARSOMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, SPARSOMYCIN; SOAKING CRYSTALS IN: 0.025mM ASM
分辨率 3.60 Å R-free 0.308
1NJP The crystal structure of the 50S Large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans complexed with a tRNA acceptor stem mimic (ASM) 提交 2003-01-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 K 2–142（141 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, SPARSOMYCIN; SOAKING CRYSTALS IN: 0.025mM ASM , pH 7.80
分辨率 3.50 Å R-free 0.295
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 K 1–140（140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 K 2–142（141 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 K 1–142（142 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 K 2–142（141 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360
1Y69 RRF domain I in complex with the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2004-12-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 K 1–141（141 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；290 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 3.33 Å R-free 0.338
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 J 1–141（141 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 J 1–141（141 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 J 1–141（141 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 J 1–141（141 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 J 1–141（141 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 J 1–141（141 aa）
未记录 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 J 1–141（141 aa）
未记录 LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 J 1–141（141 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 J 1–141（141 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 J 1–141（141 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.60 Å R-free 0.239
4U67 Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 提交 2014-07-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 J 1–141（141 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 51 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.65 Å R-free 0.270
4WFN Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 in complex with erythromycin 提交 2014-09-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 J 1–141（141 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 70 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesuim chloride, Hepes, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexadiol
分辨率 3.54 Å R-free 0.282
5DM6 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 J 5–140（136 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 198 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1, 3-hexanediol, ethanol
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
5DM7 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with hygromycin A 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 J 5–140（136 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 186 HGR Hygromycin A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1,3-hexanediol, ethanol
分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5JVG The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with avilamycin 提交 2016-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 J 1–141（141 aa）
未记录 6NO Avilamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 446 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.43 Å R-free 0.253
5JVH The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin 提交 2016-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 J 1–141（141 aa）
未记录 6O1 Evernimicin × 1 MG MAGNESIUM ION × 123 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.58 Å R-free 0.247
7A0R 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 J 5–140（136 aa）
未记录 QTZ mycinamicin II × 1 MG MAGNESIUM ION × 345 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.30 Å R-free 0.249
7A0S 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 J 5–140（136 aa）
未记录 QU2 mycinamicin I × 1 MG MAGNESIUM ION × 367 SPD SPERMIDINE × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 1 CA CALCIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.22 Å R-free 0.253
7A18 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV 提交 2020-08-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 J 5–138（134 aa）
未记录 MIV MYCINAMICIN IV × 1 MG MAGNESIUM ION × 277 SPD SPERMIDINE × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.40 Å R-free 0.318

共 26 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 RL16_DEIRA
Isoform —
PDB实体 13
链与序列区间 作者链 K； PDB构建体 1–141； UniProt 2–142

ribosomal protein L17

物种未注明

UniProt Q9RSJ5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 L； UniProt 1–116 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L2 × 1 （Q9RXJ9） ribosomal protein L3 × 1 （Q9RXK2） ribosomal protein L4 × 1 （Q9RXK1） ribosomal protein L5 × 1 （Q9RXJ0） ribosomal protein L6 × 1 （Q9RSL3） ribosomal protein L9 × 1 （Q9RY49） ribosomal protein L11 × 1 （Q9RSS7） ribosomal protein L13 × 1 （Q9RXY1） ribosomal protein L14 × 1 （Q9RXJ2） ribosomal protein L15 × 1 （Q9RSK9） ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） ribosomal protein L18 × 1 （Q9RSL2） ribosomal protein L19 × 1 （Q9RWB4） ribosomal protein L20 × 1 （Q9RSW7） ribosomal protein L21 × 1 （Q9RY64） ribosomal protein L22 × 1 （Q9RXJ7） ribosomal protein L23 × 1 （Q9RXK0） ribosomal protein L24 × 1 （Q9RXJ1） general stress protein Ctc × 1 （Q9RX88） ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） ribosomal protein L29 × 1 （Q9RXJ4） ribosomal protein L30 × 1 （Q9RSL0） ribosomal protein L31 × 1 （Q9RW44） ribosomal protein L32 × 1 （P49228） ribosomal protein L33 × 1 （Q9RSS4） ribosomal protein L34 × 1 （Q9RSH2） ribosomal protein L35 × 1 （Q9RSW6） ribosomal protein L36 × 1 （Q9RSK0） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 L 1–116（116 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 L 1–116（116 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 L 1–116（116 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 L 1–116（116 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 K 1–116（116 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 K 1–116（116 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 K 1–116（116 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 K 1–116（116 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 K 1–116（116 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 K 1–116（116 aa）
未记录 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 K 1–116（116 aa）
未记录 LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 K 1–116（116 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 K 1–116（116 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 K 1–116（116 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.60 Å R-free 0.239
4U67 Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 提交 2014-07-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 K 1–116（116 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 51 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.65 Å R-free 0.270
4WFN Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 in complex with erythromycin 提交 2014-09-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 K 1–116（116 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 70 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesuim chloride, Hepes, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexadiol
分辨率 3.54 Å R-free 0.282
5DM6 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 K 3–115（113 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 198 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1, 3-hexanediol, ethanol
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
5DM7 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with hygromycin A 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 K 3–115（113 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 186 HGR Hygromycin A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1,3-hexanediol, ethanol
分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5JVG The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with avilamycin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 K 1–116（116 aa）
未记录 6NO Avilamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 446 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.43 Å R-free 0.253
5JVH The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 K 1–116（116 aa）
未记录 6O1 Evernimicin × 1 MG MAGNESIUM ION × 123 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.58 Å R-free 0.247
7A0R 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 K 1–116（116 aa）
未记录 QTZ mycinamicin II × 1 MG MAGNESIUM ION × 345 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.30 Å R-free 0.249
7A0S 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 K 1–116（116 aa）
未记录 QU2 mycinamicin I × 1 MG MAGNESIUM ION × 367 SPD SPERMIDINE × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 1 CA CALCIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.22 Å R-free 0.253
7A18 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV 提交 2020-08-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 K 1–115（115 aa）
未记录 MIV MYCINAMICIN IV × 1 MG MAGNESIUM ION × 277 SPD SPERMIDINE × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.40 Å R-free 0.318

共 23 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 RL17_DEIRA
Isoform —
PDB实体 14
链与序列区间 作者链 L； PDB构建体 1–116； UniProt 1–116

ribosomal protein L18

物种未注明

UniProt Q9RSL2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 M； UniProt 2–114 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L2 × 1 （Q9RXJ9） ribosomal protein L3 × 1 （Q9RXK2） ribosomal protein L4 × 1 （Q9RXK1） ribosomal protein L5 × 1 （Q9RXJ0） ribosomal protein L6 × 1 （Q9RSL3） ribosomal protein L9 × 1 （Q9RY49） ribosomal protein L11 × 1 （Q9RSS7） ribosomal protein L13 × 1 （Q9RXY1） ribosomal protein L14 × 1 （Q9RXJ2） ribosomal protein L15 × 1 （Q9RSK9） ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） ribosomal protein L17 × 1 （Q9RSJ5） ribosomal protein L19 × 1 （Q9RWB4） ribosomal protein L20 × 1 （Q9RSW7） ribosomal protein L21 × 1 （Q9RY64） ribosomal protein L22 × 1 （Q9RXJ7） ribosomal protein L23 × 1 （Q9RXK0） ribosomal protein L24 × 1 （Q9RXJ1） general stress protein Ctc × 1 （Q9RX88） ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） ribosomal protein L29 × 1 （Q9RXJ4） ribosomal protein L30 × 1 （Q9RSL0） ribosomal protein L31 × 1 （Q9RW44） ribosomal protein L32 × 1 （P49228） ribosomal protein L33 × 1 （Q9RSS4） ribosomal protein L34 × 1 （Q9RSH2） ribosomal protein L35 × 1 （Q9RSW6） ribosomal protein L36 × 1 （Q9RSK0） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 M 1–113（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 M 2–114（113 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 M 1–114（114 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 M 1–113（113 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 L 1–114（114 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 L 1–114（114 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 L 1–114（114 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 L 1–114（114 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 L 1–114（114 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 L 1–114（114 aa）
未记录 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 L 1–114（114 aa）
未记录 LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 L 1–114（114 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 L 1–114（114 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 L 1–114（114 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.60 Å R-free 0.239
4U67 Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 提交 2014-07-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 L 1–114（114 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 51 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.65 Å R-free 0.270
4WFN Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 in complex with erythromycin 提交 2014-09-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 L 1–114（114 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 70 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesuim chloride, Hepes, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexadiol
分辨率 3.54 Å R-free 0.282
5DM6 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 L 8–111（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 198 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1, 3-hexanediol, ethanol
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
5DM7 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with hygromycin A 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 L 8–111（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 186 HGR Hygromycin A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1,3-hexanediol, ethanol
分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5JVG The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with avilamycin 提交 2016-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 L 1–114（114 aa）
未记录 6NO Avilamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 446 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.43 Å R-free 0.253
5JVH The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin 提交 2016-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 L 1–114（114 aa）
未记录 6O1 Evernimicin × 1 MG MAGNESIUM ION × 123 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.58 Å R-free 0.247
7A0R 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 L 8–111（104 aa）
未记录 QTZ mycinamicin II × 1 MG MAGNESIUM ION × 345 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.30 Å R-free 0.249
7A0S 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 L 8–111（104 aa）
未记录 QU2 mycinamicin I × 1 MG MAGNESIUM ION × 367 SPD SPERMIDINE × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 1 CA CALCIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.22 Å R-free 0.253
7A18 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV 提交 2020-08-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 L 8–111（104 aa）
未记录 MIV MYCINAMICIN IV × 1 MG MAGNESIUM ION × 277 SPD SPERMIDINE × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.40 Å R-free 0.318

共 23 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL18_DEIRA
Isoform —
PDB实体 15
链与序列区间 作者链 M； PDB构建体 1–113； UniProt 2–114

ribosomal protein L19

物种未注明

UniProt Q9RWB4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 N； UniProt 1–166 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L2 × 1 （Q9RXJ9） ribosomal protein L3 × 1 （Q9RXK2） ribosomal protein L4 × 1 （Q9RXK1） ribosomal protein L5 × 1 （Q9RXJ0） ribosomal protein L6 × 1 （Q9RSL3） ribosomal protein L9 × 1 （Q9RY49） ribosomal protein L11 × 1 （Q9RSS7） ribosomal protein L13 × 1 （Q9RXY1） ribosomal protein L14 × 1 （Q9RXJ2） ribosomal protein L15 × 1 （Q9RSK9） ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） ribosomal protein L17 × 1 （Q9RSJ5） ribosomal protein L18 × 1 （Q9RSL2） ribosomal protein L20 × 1 （Q9RSW7） ribosomal protein L21 × 1 （Q9RY64） ribosomal protein L22 × 1 （Q9RXJ7） ribosomal protein L23 × 1 （Q9RXK0） ribosomal protein L24 × 1 （Q9RXJ1） general stress protein Ctc × 1 （Q9RX88） ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） ribosomal protein L29 × 1 （Q9RXJ4） ribosomal protein L30 × 1 （Q9RSL0） ribosomal protein L31 × 1 （Q9RW44） ribosomal protein L32 × 1 （P49228） ribosomal protein L33 × 1 （Q9RSS4） ribosomal protein L34 × 1 （Q9RSH2） ribosomal protein L35 × 1 （Q9RSW6） ribosomal protein L36 × 1 （Q9RSK0） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 N 1–166（166 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 N 1–166（166 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 N 1–166（166 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 N 1–166（166 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 M 1–166（166 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 M 1–166（166 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 M 1–166（166 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 M 1–166（166 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 M 1–166（166 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 M 1–166（166 aa）
未记录 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 M 1–166（166 aa）
未记录 LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 M 1–166（166 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 M 1–166（166 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 M 1–166（166 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.60 Å R-free 0.239
4U67 Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 提交 2014-07-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 M 1–166（166 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 51 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.65 Å R-free 0.270
4WFN Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 in complex with erythromycin 提交 2014-09-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 M 2–166（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 70 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesuim chloride, Hepes, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexadiol
分辨率 3.54 Å R-free 0.282
5DM6 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 M 2–106（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 198 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1, 3-hexanediol, ethanol
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
5DM7 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with hygromycin A 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 M 2–115（114 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 186 HGR Hygromycin A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1,3-hexanediol, ethanol
分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5JVG The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with avilamycin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 M 1–166（166 aa）
未记录 6NO Avilamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 446 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.43 Å R-free 0.253
5JVH The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 M 1–166（166 aa）
未记录 6O1 Evernimicin × 1 MG MAGNESIUM ION × 123 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.58 Å R-free 0.247
7A0R 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 M 1–113（113 aa）
未记录 QTZ mycinamicin II × 1 MG MAGNESIUM ION × 345 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.30 Å R-free 0.249
7A0S 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 M 1–166（166 aa）
未记录 QU2 mycinamicin I × 1 MG MAGNESIUM ION × 367 SPD SPERMIDINE × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 1 CA CALCIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.22 Å R-free 0.253
7A18 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV 提交 2020-08-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 M 2–119（118 aa）
未记录 MIV MYCINAMICIN IV × 1 MG MAGNESIUM ION × 277 SPD SPERMIDINE × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.40 Å R-free 0.318

共 23 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL19_DEIRA
Isoform —
PDB实体 16
链与序列区间 作者链 N； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166

ribosomal protein L20

物种未注明

UniProt Q9RSW7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 O； UniProt 1–118 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L2 × 1 （Q9RXJ9） ribosomal protein L3 × 1 （Q9RXK2） ribosomal protein L4 × 1 （Q9RXK1） ribosomal protein L5 × 1 （Q9RXJ0） ribosomal protein L6 × 1 （Q9RSL3） ribosomal protein L9 × 1 （Q9RY49） ribosomal protein L11 × 1 （Q9RSS7） ribosomal protein L13 × 1 （Q9RXY1） ribosomal protein L14 × 1 （Q9RXJ2） ribosomal protein L15 × 1 （Q9RSK9） ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） ribosomal protein L17 × 1 （Q9RSJ5） ribosomal protein L18 × 1 （Q9RSL2） ribosomal protein L19 × 1 （Q9RWB4） ribosomal protein L21 × 1 （Q9RY64） ribosomal protein L22 × 1 （Q9RXJ7） ribosomal protein L23 × 1 （Q9RXK0） ribosomal protein L24 × 1 （Q9RXJ1） general stress protein Ctc × 1 （Q9RX88） ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） ribosomal protein L29 × 1 （Q9RXJ4） ribosomal protein L30 × 1 （Q9RSL0） ribosomal protein L31 × 1 （Q9RW44） ribosomal protein L32 × 1 （P49228） ribosomal protein L33 × 1 （Q9RSS4） ribosomal protein L34 × 1 （Q9RSH2） ribosomal protein L35 × 1 （Q9RSW6） ribosomal protein L36 × 1 （Q9RSK0） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 O 1–118（118 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 O 1–118（118 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 O 1–118（118 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 O 1–118（118 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.60 Å R-free 0.239
4U67 Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 提交 2014-07-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 51 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.65 Å R-free 0.270
4WFN Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 in complex with erythromycin 提交 2014-09-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 70 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesuim chloride, Hepes, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexadiol
分辨率 3.54 Å R-free 0.282
5DM6 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 N 2–118（117 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 198 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1, 3-hexanediol, ethanol
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
5DM7 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with hygromycin A 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 N 2–118（117 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 186 HGR Hygromycin A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1,3-hexanediol, ethanol
分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5JVG The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with avilamycin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 6NO Avilamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 446 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.43 Å R-free 0.253
5JVH The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 N 1–118（118 aa）
未记录 6O1 Evernimicin × 1 MG MAGNESIUM ION × 123 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.58 Å R-free 0.247
7A0R 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 N 2–118（117 aa）
未记录 QTZ mycinamicin II × 1 MG MAGNESIUM ION × 345 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.30 Å R-free 0.249
7A0S 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 N 2–118（117 aa）
未记录 QU2 mycinamicin I × 1 MG MAGNESIUM ION × 367 SPD SPERMIDINE × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 1 CA CALCIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.22 Å R-free 0.253
7A18 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV 提交 2020-08-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 N 2–118（117 aa）
未记录 MIV MYCINAMICIN IV × 1 MG MAGNESIUM ION × 277 SPD SPERMIDINE × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.40 Å R-free 0.318

共 23 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL20_DEIRA
Isoform —
PDB实体 17
链与序列区间 作者链 O； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118

ribosomal protein L21

物种未注明

UniProt Q9RY64

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 P； UniProt 70–169 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L2 × 1 （Q9RXJ9） ribosomal protein L3 × 1 （Q9RXK2） ribosomal protein L4 × 1 （Q9RXK1） ribosomal protein L5 × 1 （Q9RXJ0） ribosomal protein L6 × 1 （Q9RSL3） ribosomal protein L9 × 1 （Q9RY49） ribosomal protein L11 × 1 （Q9RSS7） ribosomal protein L13 × 1 （Q9RXY1） ribosomal protein L14 × 1 （Q9RXJ2） ribosomal protein L15 × 1 （Q9RSK9） ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） ribosomal protein L17 × 1 （Q9RSJ5） ribosomal protein L18 × 1 （Q9RSL2） ribosomal protein L19 × 1 （Q9RWB4） ribosomal protein L20 × 1 （Q9RSW7） ribosomal protein L22 × 1 （Q9RXJ7） ribosomal protein L23 × 1 （Q9RXK0） ribosomal protein L24 × 1 （Q9RXJ1） general stress protein Ctc × 1 （Q9RX88） ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） ribosomal protein L29 × 1 （Q9RXJ4） ribosomal protein L30 × 1 （Q9RSL0） ribosomal protein L31 × 1 （Q9RW44） ribosomal protein L32 × 1 （P49228） ribosomal protein L33 × 1 （Q9RSS4） ribosomal protein L34 × 1 （Q9RSH2） ribosomal protein L35 × 1 （Q9RSW6） ribosomal protein L36 × 1 （Q9RSK0） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 P 1–100（100 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 P 70–169（100 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 P 70–169（100 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 P 1–100（100 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 O 1–100（100 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 O 1–100（100 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 O 1–100（100 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 O 1–100（100 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 O 1–100（100 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 O 1–100（100 aa）
未记录 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 O 1–100（100 aa）
未记录 LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 O 1–100（100 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 O 1–100（100 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 O 1–100（100 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.60 Å R-free 0.239
4U67 Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 提交 2014-07-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 O 1–100（100 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 51 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.65 Å R-free 0.270
4WFN Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 in complex with erythromycin 提交 2014-09-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 O 1–100（100 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 70 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesuim chloride, Hepes, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexadiol
分辨率 3.54 Å R-free 0.282
5DM6 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 O 5–98（94 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 198 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1, 3-hexanediol, ethanol
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
5DM7 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with hygromycin A 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 O 5–98（94 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 186 HGR Hygromycin A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1,3-hexanediol, ethanol
分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5JVG The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with avilamycin 提交 2016-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 O 1–100（100 aa）
未记录 6NO Avilamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 446 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.43 Å R-free 0.253
5JVH The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin 提交 2016-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 O 1–100（100 aa）
未记录 6O1 Evernimicin × 1 MG MAGNESIUM ION × 123 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.58 Å R-free 0.247
7A0R 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 O 1–98（98 aa）
未记录 QTZ mycinamicin II × 1 MG MAGNESIUM ION × 345 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.30 Å R-free 0.249
7A0S 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 O 1–98（98 aa）
未记录 QU2 mycinamicin I × 1 MG MAGNESIUM ION × 367 SPD SPERMIDINE × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 1 CA CALCIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.22 Å R-free 0.253
7A18 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV 提交 2020-08-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 O 1–98（98 aa）
未记录 MIV MYCINAMICIN IV × 1 MG MAGNESIUM ION × 277 SPD SPERMIDINE × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.40 Å R-free 0.318

共 23 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL21_DEIRA
Isoform —
PDB实体 18
链与序列区间 作者链 P； PDB构建体 1–100； UniProt 70–169

ribosomal protein L22

物种未注明

UniProt Q9RXJ7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 Q； UniProt 1–134 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L2 × 1 （Q9RXJ9） ribosomal protein L3 × 1 （Q9RXK2） ribosomal protein L4 × 1 （Q9RXK1） ribosomal protein L5 × 1 （Q9RXJ0） ribosomal protein L6 × 1 （Q9RSL3） ribosomal protein L9 × 1 （Q9RY49） ribosomal protein L11 × 1 （Q9RSS7） ribosomal protein L13 × 1 （Q9RXY1） ribosomal protein L14 × 1 （Q9RXJ2） ribosomal protein L15 × 1 （Q9RSK9） ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） ribosomal protein L17 × 1 （Q9RSJ5） ribosomal protein L18 × 1 （Q9RSL2） ribosomal protein L19 × 1 （Q9RWB4） ribosomal protein L20 × 1 （Q9RSW7） ribosomal protein L21 × 1 （Q9RY64） ribosomal protein L23 × 1 （Q9RXK0） ribosomal protein L24 × 1 （Q9RXJ1） general stress protein Ctc × 1 （Q9RX88） ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） ribosomal protein L29 × 1 （Q9RXJ4） ribosomal protein L30 × 1 （Q9RSL0） ribosomal protein L31 × 1 （Q9RW44） ribosomal protein L32 × 1 （P49228） ribosomal protein L33 × 1 （Q9RSS4） ribosomal protein L34 × 1 （Q9RSH2） ribosomal protein L35 × 1 （Q9RSW6） ribosomal protein L36 × 1 （Q9RSK0） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1J5A STRUCTURAL BASIS FOR THE INTERACTION OF ANTIBIOTICS WITH THE PEPTIDYL TRANSFERASE CENTER IN EUBACTERIA 提交 2002-03-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 L 1–134（134 aa）
未记录 CTY CLARITHROMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ethanol, dimethylhexanediol, MgCl2, KCl, Hepes, NH4Cl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.50 Å R-free 0.323
1JZX Structural Basis for the Interaction of Antibiotics with the Peptidyl Transferase Center in Eubacteria 提交 2001-09-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 L 1–134（134 aa）
未记录 CLY CLINDAMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ethanol, dimethylhexanediol,MgCl2, KCl, Hepes, NH4Cl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.10 Å R-free 0.303
1JZY Structural Basis for the Interaction of Antibiotics with the Peptidyl Transferase Center in Eubacteria 提交 2001-09-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 L 1–134（134 aa）
未记录 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ethanol, dimethylhexanediol, MgCl2, KCl, Hepes, NH4Cl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.50 Å R-free 0.301
1JZZ Structural Basis for the Interaction of Antibiotics with the Peptidyl Transferase Center in Eubacteria 提交 2001-09-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 L 1–134（134 aa）
未记录 ROX ROXITHROMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ethanol, dimethylhexanediol, MgCl2, KCl, Hepes, NH4Cl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.80 Å R-free 0.274
1K01 Structural Basis for the Interaction of Antibiotics with the Peptidyl Transferase Center in Eubacteria 提交 2001-09-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 L 1–134（134 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 CLM CHLORAMPHENICOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ethanol, dimethylhexanediol, MgCl2, KCl, Hepes, NH4Cl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.50 Å R-free 0.321
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 Q 1–134（134 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 Q 1–134（134 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1OND THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE 50S LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS COMPLEXED WITH TROLEANDOMYCIN MACROLIDE ANTIBIOTIC 提交 2003-02-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 Q 1–134（134 aa）
未记录 TAO TROLEANDOMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；EVAPORATION
分辨率 3.40 Å R-free 0.310
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 Q 1–134（134 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 Q 1–134（134 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 P 1–134（134 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 P 1–134（134 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 P 1–134（134 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 P 1–134（134 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 P 1–134（134 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 P 1–134（134 aa）
未记录 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 P 1–134（134 aa）
未记录 LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 P 1–134（134 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 P 1–134（134 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 P 1–134（134 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.60 Å R-free 0.239
4U67 Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 提交 2014-07-28 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 P 1–134（134 aa）
突变：Insertion of VPR after R109 MG MAGNESIUM ION × 51 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.65 Å R-free 0.270
4WFN Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 in complex with erythromycin 提交 2014-09-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 P 1–109（109 aa）
链 P 110–134（25 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 70 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesuim chloride, Hepes, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexadiol
分辨率 3.54 Å R-free 0.282
5DM6 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 P 8–134（127 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 198 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1, 3-hexanediol, ethanol
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
5DM7 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with hygromycin A 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 P 8–134（127 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 186 HGR Hygromycin A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1,3-hexanediol, ethanol
分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5JVG The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with avilamycin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 P 1–134（134 aa）
未记录 6NO Avilamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 446 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.43 Å R-free 0.253
5JVH The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 P 1–134（134 aa）
未记录 6O1 Evernimicin × 1 MG MAGNESIUM ION × 123 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.58 Å R-free 0.247
7A0R 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 P 6–133（128 aa）
未记录 QTZ mycinamicin II × 1 MG MAGNESIUM ION × 345 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.30 Å R-free 0.249
7A0S 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 P 1–134（134 aa）
未记录 QU2 mycinamicin I × 1 MG MAGNESIUM ION × 367 SPD SPERMIDINE × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 1 CA CALCIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.22 Å R-free 0.253
7A18 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV 提交 2020-08-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 P 6–134（129 aa）
未记录 MIV MYCINAMICIN IV × 1 MG MAGNESIUM ION × 277 SPD SPERMIDINE × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.40 Å R-free 0.318

共 29 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL22_DEIRA
Isoform —
PDB实体 19
链与序列区间 作者链 Q； PDB构建体 1–134； UniProt 1–134

ribosomal protein L23

物种未注明

UniProt Q9RXK0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 R； UniProt 2–95 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L2 × 1 （Q9RXJ9） ribosomal protein L3 × 1 （Q9RXK2） ribosomal protein L4 × 1 （Q9RXK1） ribosomal protein L5 × 1 （Q9RXJ0） ribosomal protein L6 × 1 （Q9RSL3） ribosomal protein L9 × 1 （Q9RY49） ribosomal protein L11 × 1 （Q9RSS7） ribosomal protein L13 × 1 （Q9RXY1） ribosomal protein L14 × 1 （Q9RXJ2） ribosomal protein L15 × 1 （Q9RSK9） ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） ribosomal protein L17 × 1 （Q9RSJ5） ribosomal protein L18 × 1 （Q9RSL2） ribosomal protein L19 × 1 （Q9RWB4） ribosomal protein L20 × 1 （Q9RSW7） ribosomal protein L21 × 1 （Q9RY64） ribosomal protein L22 × 1 （Q9RXJ7） ribosomal protein L24 × 1 （Q9RXJ1） general stress protein Ctc × 1 （Q9RX88） ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） ribosomal protein L29 × 1 （Q9RXJ4） ribosomal protein L30 × 1 （Q9RSL0） ribosomal protein L31 × 1 （Q9RW44） ribosomal protein L32 × 1 （P49228） ribosomal protein L33 × 1 （Q9RSS4） ribosomal protein L34 × 1 （Q9RSH2） ribosomal protein L35 × 1 （Q9RSW6） ribosomal protein L36 × 1 （Q9RSK0） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 R 1–94（94 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 R 2–95（94 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 R 1–95（95 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 R 1–94（94 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360
2AAR Structure of trigger factor binding domain in biologically homologous complex with eubacterial ribosome. 提交 2005-07-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 R 1–95（95 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
分辨率 3.50 Å R-free 0.320
2D3O Structure of Ribosome Binding Domain of the Trigger Factor on the 50S ribosomal subunit from D. radiodurans 提交 2005-09-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric
链 R 0–94（95 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；290 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
分辨率 3.35 Å R-free 0.322
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 Q 1–95（95 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 Q 1–95（95 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 Q 1–95（95 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 Q 1–95（95 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 Q 1–95（95 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 Q 1–95（95 aa）
未记录 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 Q 1–95（95 aa）
未记录 LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 Q 1–95（95 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 Q 1–95（95 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 Q 1–95（95 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.60 Å R-free 0.239
4U67 Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 提交 2014-07-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 Q 1–95（95 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 51 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.65 Å R-free 0.270
4WFN Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 in complex with erythromycin 提交 2014-09-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 Q 1–95（95 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 70 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesuim chloride, Hepes, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexadiol
分辨率 3.54 Å R-free 0.282
5DM6 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 Q 2–94（93 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 198 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1, 3-hexanediol, ethanol
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
5DM7 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with hygromycin A 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 Q 2–94（93 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 186 HGR Hygromycin A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1,3-hexanediol, ethanol
分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5JVG The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with avilamycin 提交 2016-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 Q 1–95（95 aa）
未记录 6NO Avilamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 446 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.43 Å R-free 0.253
5JVH The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin 提交 2016-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 Q 1–95（95 aa）
未记录 6O1 Evernimicin × 1 MG MAGNESIUM ION × 123 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.58 Å R-free 0.247
7A0R 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 Q 2–94（93 aa）
未记录 QTZ mycinamicin II × 1 MG MAGNESIUM ION × 345 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.30 Å R-free 0.249
7A0S 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 Q 2–94（93 aa）
未记录 QU2 mycinamicin I × 1 MG MAGNESIUM ION × 367 SPD SPERMIDINE × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 1 CA CALCIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.22 Å R-free 0.253
7A18 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV 提交 2020-08-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 Q 2–94（93 aa）
未记录 MIV MYCINAMICIN IV × 1 MG MAGNESIUM ION × 277 SPD SPERMIDINE × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.40 Å R-free 0.318

共 25 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 RL23_DEIRA
Isoform —
PDB实体 20
链与序列区间 作者链 R； PDB构建体 1–94； UniProt 2–95

ribosomal protein L24

物种未注明

UniProt Q9RXJ1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 S； UniProt 1–115 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L2 × 1 （Q9RXJ9） ribosomal protein L3 × 1 （Q9RXK2） ribosomal protein L4 × 1 （Q9RXK1） ribosomal protein L5 × 1 （Q9RXJ0） ribosomal protein L6 × 1 （Q9RSL3） ribosomal protein L9 × 1 （Q9RY49） ribosomal protein L11 × 1 （Q9RSS7） ribosomal protein L13 × 1 （Q9RXY1） ribosomal protein L14 × 1 （Q9RXJ2） ribosomal protein L15 × 1 （Q9RSK9） ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） ribosomal protein L17 × 1 （Q9RSJ5） ribosomal protein L18 × 1 （Q9RSL2） ribosomal protein L19 × 1 （Q9RWB4） ribosomal protein L20 × 1 （Q9RSW7） ribosomal protein L21 × 1 （Q9RY64） ribosomal protein L22 × 1 （Q9RXJ7） ribosomal protein L23 × 1 （Q9RXK0） general stress protein Ctc × 1 （Q9RX88） ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） ribosomal protein L29 × 1 （Q9RXJ4） ribosomal protein L30 × 1 （Q9RSL0） ribosomal protein L31 × 1 （Q9RW44） ribosomal protein L32 × 1 （P49228） ribosomal protein L33 × 1 （Q9RSS4） ribosomal protein L34 × 1 （Q9RSH2） ribosomal protein L35 × 1 （Q9RSW6） ribosomal protein L36 × 1 （Q9RSK0） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 S 1–115（115 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 S 1–115（115 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 S 1–115（115 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 S 1–115（115 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360
2D3O Structure of Ribosome Binding Domain of the Trigger Factor on the 50S ribosomal subunit from D. radiodurans 提交 2005-09-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric
链 S 1–115（115 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；290 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
分辨率 3.35 Å R-free 0.322
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 R 1–115（115 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 R 1–115（115 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 R 1–115（115 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 R 1–115（115 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 R 1–115（115 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 R 1–115（115 aa）
未记录 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 R 1–115（115 aa）
未记录 LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 R 1–115（115 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 R 1–115（115 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 R 1–115（115 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.60 Å R-free 0.239
4U67 Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 提交 2014-07-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 R 2–115（114 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 51 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.65 Å R-free 0.270
4WFN Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 in complex with erythromycin 提交 2014-09-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 R 1–115（115 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 70 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesuim chloride, Hepes, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexadiol
分辨率 3.54 Å R-free 0.282
5DM6 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 R 4–113（110 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 198 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1, 3-hexanediol, ethanol
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
5DM7 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with hygromycin A 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 R 4–113（110 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 186 HGR Hygromycin A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1,3-hexanediol, ethanol
分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5JVG The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with avilamycin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 R 1–115（115 aa）
未记录 6NO Avilamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 446 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.43 Å R-free 0.253
5JVH The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 R 1–115（115 aa）
未记录 6O1 Evernimicin × 1 MG MAGNESIUM ION × 123 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.58 Å R-free 0.247
7A0R 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 R 4–113（110 aa）
未记录 QTZ mycinamicin II × 1 MG MAGNESIUM ION × 345 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.30 Å R-free 0.249
7A0S 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 R 4–113（110 aa）
未记录 QU2 mycinamicin I × 1 MG MAGNESIUM ION × 367 SPD SPERMIDINE × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 1 CA CALCIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.22 Å R-free 0.253
7A18 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV 提交 2020-08-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 R 4–113（110 aa）
未记录 MIV MYCINAMICIN IV × 1 MG MAGNESIUM ION × 277 SPD SPERMIDINE × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.40 Å R-free 0.318

共 24 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 RL24_DEIRA
Isoform —
PDB实体 21
链与序列区间 作者链 S； PDB构建体 1–115； UniProt 1–115

general stress protein Ctc

物种未注明

UniProt Q9RX88

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 T； UniProt 17–253 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L2 × 1 （Q9RXJ9） ribosomal protein L3 × 1 （Q9RXK2） ribosomal protein L4 × 1 （Q9RXK1） ribosomal protein L5 × 1 （Q9RXJ0） ribosomal protein L6 × 1 （Q9RSL3） ribosomal protein L9 × 1 （Q9RY49） ribosomal protein L11 × 1 （Q9RSS7） ribosomal protein L13 × 1 （Q9RXY1） ribosomal protein L14 × 1 （Q9RXJ2） ribosomal protein L15 × 1 （Q9RSK9） ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） ribosomal protein L17 × 1 （Q9RSJ5） ribosomal protein L18 × 1 （Q9RSL2） ribosomal protein L19 × 1 （Q9RWB4） ribosomal protein L20 × 1 （Q9RSW7） ribosomal protein L21 × 1 （Q9RY64） ribosomal protein L22 × 1 （Q9RXJ7） ribosomal protein L23 × 1 （Q9RXK0） ribosomal protein L24 × 1 （Q9RXJ1） ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） ribosomal protein L29 × 1 （Q9RXJ4） ribosomal protein L30 × 1 （Q9RSL0） ribosomal protein L31 × 1 （Q9RW44） ribosomal protein L32 × 1 （P49228） ribosomal protein L33 × 1 （Q9RSS4） ribosomal protein L34 × 1 （Q9RSH2） ribosomal protein L35 × 1 （Q9RSW6） ribosomal protein L36 × 1 （Q9RSK0） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NJM The crystal structure of the 50S Large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans complexed with a tRNA acceptor stem mimic (ASM) and the antibiotic sparsomycin 提交 2003-01-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 T 17–253（237 aa）
未记录 SPS SPARSOMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, SPARSOMYCIN; SOAKING CRYSTALS IN: 0.025mM ASM
分辨率 3.60 Å R-free 0.308
1NJP The crystal structure of the 50S Large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans complexed with a tRNA acceptor stem mimic (ASM) 提交 2003-01-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 T 17–253（237 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, SPARSOMYCIN; SOAKING CRYSTALS IN: 0.025mM ASM , pH 7.80
分辨率 3.50 Å R-free 0.295
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 T 1–237（237 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 T 17–253（237 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 T 1–253（253 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 T 1–237（237 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 S 1–237（237 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 S 1–237（237 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 S 1–237（237 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 S 1–237（237 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 S 1–237（237 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 S 1–237（237 aa）
未记录 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 S 1–237（237 aa）
未记录 LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 S 1–237（237 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 S 1–237（237 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 S 1–237（237 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.60 Å R-free 0.239
4U67 Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 提交 2014-07-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 S 1–237（237 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 51 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.65 Å R-free 0.270
4WFN Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 in complex with erythromycin 提交 2014-09-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 S 1–237（237 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 70 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesuim chloride, Hepes, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexadiol
分辨率 3.54 Å R-free 0.282
5DM6 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 S 1–175（175 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 198 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1, 3-hexanediol, ethanol
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
5DM7 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with hygromycin A 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 S 1–175（175 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 186 HGR Hygromycin A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1,3-hexanediol, ethanol
分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5JVG The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with avilamycin 提交 2016-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 S 1–237（237 aa）
未记录 6NO Avilamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 446 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.43 Å R-free 0.253
5JVH The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin 提交 2016-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 S 1–237（237 aa）
未记录 6O1 Evernimicin × 1 MG MAGNESIUM ION × 123 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.58 Å R-free 0.247
7A0R 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 S 1–175（175 aa）
未记录 QTZ mycinamicin II × 1 MG MAGNESIUM ION × 345 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.30 Å R-free 0.249
7A0S 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 S 1–175（175 aa）
未记录 QU2 mycinamicin I × 1 MG MAGNESIUM ION × 367 SPD SPERMIDINE × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 1 CA CALCIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.22 Å R-free 0.253
7A18 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV 提交 2020-08-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 S 1–175（175 aa）
未记录 MIV MYCINAMICIN IV × 1 MG MAGNESIUM ION × 277 SPD SPERMIDINE × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.40 Å R-free 0.318

共 25 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 RL25_DEIRA
Isoform —
PDB实体 22
链与序列区间 作者链 T； PDB构建体 1–237； UniProt 17–253

ribosomal protein L27

物种未注明

UniProt Q9RY65

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 U； UniProt 1–91 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L2 × 1 （Q9RXJ9） ribosomal protein L3 × 1 （Q9RXK2） ribosomal protein L4 × 1 （Q9RXK1） ribosomal protein L5 × 1 （Q9RXJ0） ribosomal protein L6 × 1 （Q9RSL3） ribosomal protein L9 × 1 （Q9RY49） ribosomal protein L11 × 1 （Q9RSS7） ribosomal protein L13 × 1 （Q9RXY1） ribosomal protein L14 × 1 （Q9RXJ2） ribosomal protein L15 × 1 （Q9RSK9） ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） ribosomal protein L17 × 1 （Q9RSJ5） ribosomal protein L18 × 1 （Q9RSL2） ribosomal protein L19 × 1 （Q9RWB4） ribosomal protein L20 × 1 （Q9RSW7） ribosomal protein L21 × 1 （Q9RY64） ribosomal protein L22 × 1 （Q9RXJ7） ribosomal protein L23 × 1 （Q9RXK0） ribosomal protein L24 × 1 （Q9RXJ1） general stress protein Ctc × 1 （Q9RX88） ribosomal protein L29 × 1 （Q9RXJ4） ribosomal protein L30 × 1 （Q9RSL0） ribosomal protein L31 × 1 （Q9RW44） ribosomal protein L32 × 1 （P49228） ribosomal protein L33 × 1 （Q9RSS4） ribosomal protein L34 × 1 （Q9RSH2） ribosomal protein L35 × 1 （Q9RSW6） ribosomal protein L36 × 1 （Q9RSK0） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 U 1–91（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 U 1–91（91 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 U 1–91（91 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 U 1–91（91 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360
1Y69 RRF domain I in complex with the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2004-12-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 U 1–91（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；290 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 3.33 Å R-free 0.338
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 T 1–91（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 T 1–91（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 T 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 T 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 T 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 T 1–91（91 aa）
未记录 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 T 1–91（91 aa）
未记录 LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 T 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 T 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 T 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.60 Å R-free 0.239
4U67 Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 提交 2014-07-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 T 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 51 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.65 Å R-free 0.270
4WFN Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 in complex with erythromycin 提交 2014-09-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 T 1–91（91 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 70 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesuim chloride, Hepes, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexadiol
分辨率 3.54 Å R-free 0.282
5DM6 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 T 2–85（84 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 198 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1, 3-hexanediol, ethanol
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
5DM7 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with hygromycin A 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 T 2–85（84 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 186 HGR Hygromycin A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1,3-hexanediol, ethanol
分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5JVG The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with avilamycin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 T 1–91（91 aa）
未记录 6NO Avilamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 446 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.43 Å R-free 0.253
5JVH The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 T 1–91（91 aa）
未记录 6O1 Evernimicin × 1 MG MAGNESIUM ION × 123 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.58 Å R-free 0.247
7A0R 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 T 12–85（74 aa）
未记录 QTZ mycinamicin II × 1 MG MAGNESIUM ION × 345 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.30 Å R-free 0.249
7A0S 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 T 1–91（91 aa）
未记录 QU2 mycinamicin I × 1 MG MAGNESIUM ION × 367 SPD SPERMIDINE × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 1 CA CALCIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.22 Å R-free 0.253
7A18 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV 提交 2020-08-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 T 12–83（72 aa）
未记录 MIV MYCINAMICIN IV × 1 MG MAGNESIUM ION × 277 SPD SPERMIDINE × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.40 Å R-free 0.318

共 24 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL27_DEIRA
Isoform —
PDB实体 23
链与序列区间 作者链 U； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91

ribosomal protein L29

物种未注明

UniProt Q9RXJ4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 W； UniProt 1–67 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L2 × 1 （Q9RXJ9） ribosomal protein L3 × 1 （Q9RXK2） ribosomal protein L4 × 1 （Q9RXK1） ribosomal protein L5 × 1 （Q9RXJ0） ribosomal protein L6 × 1 （Q9RSL3） ribosomal protein L9 × 1 （Q9RY49） ribosomal protein L11 × 1 （Q9RSS7） ribosomal protein L13 × 1 （Q9RXY1） ribosomal protein L14 × 1 （Q9RXJ2） ribosomal protein L15 × 1 （Q9RSK9） ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） ribosomal protein L17 × 1 （Q9RSJ5） ribosomal protein L18 × 1 （Q9RSL2） ribosomal protein L19 × 1 （Q9RWB4） ribosomal protein L20 × 1 （Q9RSW7） ribosomal protein L21 × 1 （Q9RY64） ribosomal protein L22 × 1 （Q9RXJ7） ribosomal protein L23 × 1 （Q9RXK0） ribosomal protein L24 × 1 （Q9RXJ1） general stress protein Ctc × 1 （Q9RX88） ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） ribosomal protein L30 × 1 （Q9RSL0） ribosomal protein L31 × 1 （Q9RW44） ribosomal protein L32 × 1 （P49228） ribosomal protein L33 × 1 （Q9RSS4） ribosomal protein L34 × 1 （Q9RSH2） ribosomal protein L35 × 1 （Q9RSW6） ribosomal protein L36 × 1 （Q9RSK0） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 W 1–67（67 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 W 1–67（67 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 W 1–67（67 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 W 1–67（67 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360
2AAR Structure of trigger factor binding domain in biologically homologous complex with eubacterial ribosome. 提交 2005-07-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 W 1–67（67 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
分辨率 3.50 Å R-free 0.320
2D3O Structure of Ribosome Binding Domain of the Trigger Factor on the 50S ribosomal subunit from D. radiodurans 提交 2005-09-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric
链 W 1–67（67 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；290 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
分辨率 3.35 Å R-free 0.322
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 V 1–67（67 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 V 1–67（67 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 V 1–67（67 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 V 1–67（67 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 V 1–67（67 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 V 1–67（67 aa）
未记录 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 V 1–67（67 aa）
未记录 LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 V 1–67（67 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 V 1–67（67 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 V 1–67（67 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.60 Å R-free 0.239
4U67 Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 提交 2014-07-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 V 1–67（67 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 51 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.65 Å R-free 0.270
4WFN Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 in complex with erythromycin 提交 2014-09-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 V 1–67（67 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 70 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesuim chloride, Hepes, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexadiol
分辨率 3.54 Å R-free 0.282
5DM6 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 V 1–66（66 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 198 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1, 3-hexanediol, ethanol
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
5DM7 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with hygromycin A 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 V 1–66（66 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 186 HGR Hygromycin A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1,3-hexanediol, ethanol
分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5JVG The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with avilamycin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 V 1–67（67 aa）
未记录 6NO Avilamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 446 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.43 Å R-free 0.253
5JVH The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 V 1–67（67 aa）
未记录 6O1 Evernimicin × 1 MG MAGNESIUM ION × 123 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.58 Å R-free 0.247
7A0R 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 V 6–66（61 aa）
未记录 QTZ mycinamicin II × 1 MG MAGNESIUM ION × 345 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.30 Å R-free 0.249
7A0S 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 V 6–66（61 aa）
未记录 QU2 mycinamicin I × 1 MG MAGNESIUM ION × 367 SPD SPERMIDINE × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 1 CA CALCIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.22 Å R-free 0.253
7A18 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV 提交 2020-08-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 V 13–66（54 aa）
未记录 MIV MYCINAMICIN IV × 1 MG MAGNESIUM ION × 277 SPD SPERMIDINE × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.40 Å R-free 0.318

共 25 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL29_DEIRA
Isoform —
PDB实体 24
链与序列区间 作者链 W； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67

ribosomal protein L30

物种未注明

UniProt Q9RSL0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 X； UniProt 1–55 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L2 × 1 （Q9RXJ9） ribosomal protein L3 × 1 （Q9RXK2） ribosomal protein L4 × 1 （Q9RXK1） ribosomal protein L5 × 1 （Q9RXJ0） ribosomal protein L6 × 1 （Q9RSL3） ribosomal protein L9 × 1 （Q9RY49） ribosomal protein L11 × 1 （Q9RSS7） ribosomal protein L13 × 1 （Q9RXY1） ribosomal protein L14 × 1 （Q9RXJ2） ribosomal protein L15 × 1 （Q9RSK9） ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） ribosomal protein L17 × 1 （Q9RSJ5） ribosomal protein L18 × 1 （Q9RSL2） ribosomal protein L19 × 1 （Q9RWB4） ribosomal protein L20 × 1 （Q9RSW7） ribosomal protein L21 × 1 （Q9RY64） ribosomal protein L22 × 1 （Q9RXJ7） ribosomal protein L23 × 1 （Q9RXK0） ribosomal protein L24 × 1 （Q9RXJ1） general stress protein Ctc × 1 （Q9RX88） ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） ribosomal protein L29 × 1 （Q9RXJ4） ribosomal protein L31 × 1 （Q9RW44） ribosomal protein L32 × 1 （P49228） ribosomal protein L33 × 1 （Q9RSS4） ribosomal protein L34 × 1 （Q9RSH2） ribosomal protein L35 × 1 （Q9RSW6） ribosomal protein L36 × 1 （Q9RSK0） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 X 1–55（55 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 X 1–55（55 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 X 1–55（55 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 X 1–55（55 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 W 1–55（55 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 W 1–55（55 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 W 1–55（55 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 W 1–55（55 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 W 1–55（55 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 W 1–55（55 aa）
未记录 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 W 1–55（55 aa）
未记录 LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 W 1–55（55 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 W 1–55（55 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 W 1–55（55 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.60 Å R-free 0.239
4U67 Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 提交 2014-07-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 W 1–55（55 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 51 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.65 Å R-free 0.270
4WFN Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 in complex with erythromycin 提交 2014-09-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 W 1–55（55 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 70 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesuim chloride, Hepes, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexadiol
分辨率 3.54 Å R-free 0.282
5DM6 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2015-09-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 W 1–55（55 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 198 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1, 3-hexanediol, ethanol
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
5DM7 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with hygromycin A 提交 2015-09-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 W 1–55（55 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 186 HGR Hygromycin A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1,3-hexanediol, ethanol
分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5JVG The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with avilamycin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 W 1–55（55 aa）
未记录 6NO Avilamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 446 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.43 Å R-free 0.253
5JVH The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 W 1–55（55 aa）
未记录 6O1 Evernimicin × 1 MG MAGNESIUM ION × 123 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.58 Å R-free 0.247
7A0R 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 W 1–55（55 aa）
未记录 QTZ mycinamicin II × 1 MG MAGNESIUM ION × 345 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.30 Å R-free 0.249
7A0S 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 W 1–55（55 aa）
未记录 QU2 mycinamicin I × 1 MG MAGNESIUM ION × 367 SPD SPERMIDINE × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 1 CA CALCIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.22 Å R-free 0.253
7A18 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV 提交 2020-08-12 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 W 1–55（55 aa）
未记录 MIV MYCINAMICIN IV × 1 MG MAGNESIUM ION × 277 SPD SPERMIDINE × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.40 Å R-free 0.318

共 23 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL30_DEIRA
Isoform —
PDB实体 25
链与序列区间 作者链 X； PDB构建体 1–55； UniProt 1–55

ribosomal protein L31

物种未注明

UniProt Q9RW44

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 Y； UniProt 1–73 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L2 × 1 （Q9RXJ9） ribosomal protein L3 × 1 （Q9RXK2） ribosomal protein L4 × 1 （Q9RXK1） ribosomal protein L5 × 1 （Q9RXJ0） ribosomal protein L6 × 1 （Q9RSL3） ribosomal protein L9 × 1 （Q9RY49） ribosomal protein L11 × 1 （Q9RSS7） ribosomal protein L13 × 1 （Q9RXY1） ribosomal protein L14 × 1 （Q9RXJ2） ribosomal protein L15 × 1 （Q9RSK9） ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） ribosomal protein L17 × 1 （Q9RSJ5） ribosomal protein L18 × 1 （Q9RSL2） ribosomal protein L19 × 1 （Q9RWB4） ribosomal protein L20 × 1 （Q9RSW7） ribosomal protein L21 × 1 （Q9RY64） ribosomal protein L22 × 1 （Q9RXJ7） ribosomal protein L23 × 1 （Q9RXK0） ribosomal protein L24 × 1 （Q9RXJ1） general stress protein Ctc × 1 （Q9RX88） ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） ribosomal protein L29 × 1 （Q9RXJ4） ribosomal protein L30 × 1 （Q9RSL0） ribosomal protein L32 × 1 （P49228） ribosomal protein L33 × 1 （Q9RSS4） ribosomal protein L34 × 1 （Q9RSH2） ribosomal protein L35 × 1 （Q9RSW6） ribosomal protein L36 × 1 （Q9RSK0） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 Y 1–73（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 Y 1–73（73 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 Y 1–73（73 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 Y 1–73（73 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL31_DEIRA
Isoform —
PDB实体 26
链与序列区间 作者链 Y； PDB构建体 1–73； UniProt 1–73

ribosomal protein L32

物种未注明

UniProt P49228

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 Z； UniProt 2–60 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L2 × 1 （Q9RXJ9） ribosomal protein L3 × 1 （Q9RXK2） ribosomal protein L4 × 1 （Q9RXK1） ribosomal protein L5 × 1 （Q9RXJ0） ribosomal protein L6 × 1 （Q9RSL3） ribosomal protein L9 × 1 （Q9RY49） ribosomal protein L11 × 1 （Q9RSS7） ribosomal protein L13 × 1 （Q9RXY1） ribosomal protein L14 × 1 （Q9RXJ2） ribosomal protein L15 × 1 （Q9RSK9） ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） ribosomal protein L17 × 1 （Q9RSJ5） ribosomal protein L18 × 1 （Q9RSL2） ribosomal protein L19 × 1 （Q9RWB4） ribosomal protein L20 × 1 （Q9RSW7） ribosomal protein L21 × 1 （Q9RY64） ribosomal protein L22 × 1 （Q9RXJ7） ribosomal protein L23 × 1 （Q9RXK0） ribosomal protein L24 × 1 （Q9RXJ1） general stress protein Ctc × 1 （Q9RX88） ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） ribosomal protein L29 × 1 （Q9RXJ4） ribosomal protein L30 × 1 （Q9RSL0） ribosomal protein L31 × 1 （Q9RW44） ribosomal protein L33 × 1 （Q9RSS4） ribosomal protein L34 × 1 （Q9RSH2） ribosomal protein L35 × 1 （Q9RSW6） ribosomal protein L36 × 1 （Q9RSK0） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1J5A STRUCTURAL BASIS FOR THE INTERACTION OF ANTIBIOTICS WITH THE PEPTIDYL TRANSFERASE CENTER IN EUBACTERIA 提交 2002-03-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 M 1–60（60 aa）
未记录 CTY CLARITHROMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ethanol, dimethylhexanediol, MgCl2, KCl, Hepes, NH4Cl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.50 Å R-free 0.323
1JZX Structural Basis for the Interaction of Antibiotics with the Peptidyl Transferase Center in Eubacteria 提交 2001-09-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 M 1–60（60 aa）
未记录 CLY CLINDAMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ethanol, dimethylhexanediol,MgCl2, KCl, Hepes, NH4Cl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.10 Å R-free 0.303
1JZY Structural Basis for the Interaction of Antibiotics with the Peptidyl Transferase Center in Eubacteria 提交 2001-09-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 M 1–60（60 aa）
未记录 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ethanol, dimethylhexanediol, MgCl2, KCl, Hepes, NH4Cl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.50 Å R-free 0.301
1JZZ Structural Basis for the Interaction of Antibiotics with the Peptidyl Transferase Center in Eubacteria 提交 2001-09-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 M 1–60（60 aa）
未记录 ROX ROXITHROMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ethanol, dimethylhexanediol, MgCl2, KCl, Hepes, NH4Cl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.80 Å R-free 0.274
1K01 Structural Basis for the Interaction of Antibiotics with the Peptidyl Transferase Center in Eubacteria 提交 2001-09-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 M 1–60（60 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 CLM CHLORAMPHENICOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ethanol, dimethylhexanediol, MgCl2, KCl, Hepes, NH4Cl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.50 Å R-free 0.321
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 Z 1–59（59 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 Z 2–60（59 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1OND THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE 50S LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS COMPLEXED WITH TROLEANDOMYCIN MACROLIDE ANTIBIOTIC 提交 2003-02-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 Z 1–60（60 aa）
未记录 TAO TROLEANDOMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；EVAPORATION
分辨率 3.40 Å R-free 0.310
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 Z 1–60（60 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 Z 1–59（59 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 Y 1–60（60 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 Z 1–60（60 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 Z 1–60（60 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 Y 1–60（60 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 Y 1–60（60 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 Z 1–60（60 aa）
未记录 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 Z 1–60（60 aa）
未记录 LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 Z 1–60（60 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 Z 1–60（60 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 Z 1–60（60 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.60 Å R-free 0.239
4U67 Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 提交 2014-07-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 Z 1–60（60 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 51 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.65 Å R-free 0.270
4WFN Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 in complex with erythromycin 提交 2014-09-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 Z 1–60（60 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 70 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesuim chloride, Hepes, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexadiol
分辨率 3.54 Å R-free 0.282
5DM6 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 Z 3–59（57 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 198 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1, 3-hexanediol, ethanol
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
5DM7 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with hygromycin A 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 Z 3–59（57 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 186 HGR Hygromycin A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1,3-hexanediol, ethanol
分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5JVG The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with avilamycin 提交 2016-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 Z 1–60（60 aa）
未记录 6NO Avilamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 446 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.43 Å R-free 0.253
5JVH The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin 提交 2016-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 Z 1–60（60 aa）
未记录 6O1 Evernimicin × 1 MG MAGNESIUM ION × 123 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.58 Å R-free 0.247
7A0R 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 Z 2–59（58 aa）
未记录 QTZ mycinamicin II × 1 MG MAGNESIUM ION × 345 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.30 Å R-free 0.249
7A0S 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 Z 2–59（58 aa）
未记录 QU2 mycinamicin I × 1 MG MAGNESIUM ION × 367 SPD SPERMIDINE × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 1 CA CALCIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.22 Å R-free 0.253
7A18 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV 提交 2020-08-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 Z 3–59（57 aa）
未记录 MIV MYCINAMICIN IV × 1 MG MAGNESIUM ION × 277 SPD SPERMIDINE × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.40 Å R-free 0.318

共 29 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL32_DEIRA
Isoform —
PDB实体 27
链与序列区间 作者链 Z； PDB构建体 1–59； UniProt 2–60

ribosomal protein L33

物种未注明

UniProt Q9RSS4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 1； UniProt 1–55 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L2 × 1 （Q9RXJ9） ribosomal protein L3 × 1 （Q9RXK2） ribosomal protein L4 × 1 （Q9RXK1） ribosomal protein L5 × 1 （Q9RXJ0） ribosomal protein L6 × 1 （Q9RSL3） ribosomal protein L9 × 1 （Q9RY49） ribosomal protein L11 × 1 （Q9RSS7） ribosomal protein L13 × 1 （Q9RXY1） ribosomal protein L14 × 1 （Q9RXJ2） ribosomal protein L15 × 1 （Q9RSK9） ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） ribosomal protein L17 × 1 （Q9RSJ5） ribosomal protein L18 × 1 （Q9RSL2） ribosomal protein L19 × 1 （Q9RWB4） ribosomal protein L20 × 1 （Q9RSW7） ribosomal protein L21 × 1 （Q9RY64） ribosomal protein L22 × 1 （Q9RXJ7） ribosomal protein L23 × 1 （Q9RXK0） ribosomal protein L24 × 1 （Q9RXJ1） general stress protein Ctc × 1 （Q9RX88） ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） ribosomal protein L29 × 1 （Q9RXJ4） ribosomal protein L30 × 1 （Q9RSL0） ribosomal protein L31 × 1 （Q9RW44） ribosomal protein L32 × 1 （P49228） ribosomal protein L34 × 1 （Q9RSH2） ribosomal protein L35 × 1 （Q9RSW6） ribosomal protein L36 × 1 （Q9RSK0） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 1 1–55（55 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 1 1–55（55 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 1 1–82（82 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 1 1–55（55 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 1 1–55（55 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 1 1–55（55 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 1 1–55（55 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 1 1–55（55 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 1 1–55（55 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 1 1–55（55 aa）
未记录 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 1 1–55（55 aa）
未记录 LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 1 1–55（55 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 1 1–55（55 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 1 1–55（55 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.60 Å R-free 0.239
4U67 Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 提交 2014-07-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 1 1–55（55 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 51 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.65 Å R-free 0.270
4WFN Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 in complex with erythromycin 提交 2014-09-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 1 1–55（55 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 70 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesuim chloride, Hepes, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexadiol
分辨率 3.54 Å R-free 0.282
5DM7 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with hygromycin A 提交 2015-09-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 1 2–50（49 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 186 HGR Hygromycin A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1,3-hexanediol, ethanol
分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5JVG The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with avilamycin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 1 1–55（55 aa）
未记录 6NO Avilamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 446 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.43 Å R-free 0.253
5JVH The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin 提交 2016-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 1 2–55（54 aa）
未记录 6O1 Evernimicin × 1 MG MAGNESIUM ION × 123 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.58 Å R-free 0.247
7A0R 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 1 6–54（49 aa）
未记录 QTZ mycinamicin II × 1 MG MAGNESIUM ION × 345 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.30 Å R-free 0.249
7A0S 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 1 6–54（49 aa）
未记录 QU2 mycinamicin I × 1 MG MAGNESIUM ION × 367 SPD SPERMIDINE × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 1 CA CALCIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.22 Å R-free 0.253
7A18 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV 提交 2020-08-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 1 6–54（49 aa）
未记录 MIV MYCINAMICIN IV × 1 MG MAGNESIUM ION × 277 SPD SPERMIDINE × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.40 Å R-free 0.318

共 22 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL33_DEIRA
Isoform —
PDB实体 28
链与序列区间 作者链 1； PDB构建体 1–55； UniProt 1–55

ribosomal protein L34

物种未注明

UniProt Q9RSH2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 2； UniProt 1–47 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L2 × 1 （Q9RXJ9） ribosomal protein L3 × 1 （Q9RXK2） ribosomal protein L4 × 1 （Q9RXK1） ribosomal protein L5 × 1 （Q9RXJ0） ribosomal protein L6 × 1 （Q9RSL3） ribosomal protein L9 × 1 （Q9RY49） ribosomal protein L11 × 1 （Q9RSS7） ribosomal protein L13 × 1 （Q9RXY1） ribosomal protein L14 × 1 （Q9RXJ2） ribosomal protein L15 × 1 （Q9RSK9） ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） ribosomal protein L17 × 1 （Q9RSJ5） ribosomal protein L18 × 1 （Q9RSL2） ribosomal protein L19 × 1 （Q9RWB4） ribosomal protein L20 × 1 （Q9RSW7） ribosomal protein L21 × 1 （Q9RY64） ribosomal protein L22 × 1 （Q9RXJ7） ribosomal protein L23 × 1 （Q9RXK0） ribosomal protein L24 × 1 （Q9RXJ1） general stress protein Ctc × 1 （Q9RX88） ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） ribosomal protein L29 × 1 （Q9RXJ4） ribosomal protein L30 × 1 （Q9RSL0） ribosomal protein L31 × 1 （Q9RW44） ribosomal protein L32 × 1 （P49228） ribosomal protein L33 × 1 （Q9RSS4） ribosomal protein L35 × 1 （Q9RSW6） ribosomal protein L36 × 1 （Q9RSK0） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 2 1–47（47 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 2 1–47（47 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 2 1–47（47 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 2 1–47（47 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 2 1–47（47 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 2 1–47（47 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 2 1–47（47 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 2 1–47（47 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 2 1–47（47 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 2 1–47（47 aa）
未记录 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 2 1–47（47 aa）
未记录 LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 2 1–47（47 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 2 1–47（47 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 2 1–47（47 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.60 Å R-free 0.239
4U67 Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 提交 2014-07-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 2 1–47（47 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 51 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.65 Å R-free 0.270
4WFN Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 in complex with erythromycin 提交 2014-09-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 2 1–47（47 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 70 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesuim chloride, Hepes, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexadiol
分辨率 3.54 Å R-free 0.282
5DM6 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2015-09-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 2 1–47（47 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 198 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1, 3-hexanediol, ethanol
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
5DM7 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with hygromycin A 提交 2015-09-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 2 1–47（47 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 186 HGR Hygromycin A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1,3-hexanediol, ethanol
分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5JVG The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with avilamycin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 2 1–47（47 aa）
未记录 6NO Avilamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 446 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.43 Å R-free 0.253
5JVH The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin 提交 2016-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 2 1–47（47 aa）
未记录 6O1 Evernimicin × 1 MG MAGNESIUM ION × 123 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.58 Å R-free 0.247
7A0R 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 2 1–47（47 aa）
未记录 QTZ mycinamicin II × 1 MG MAGNESIUM ION × 345 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.30 Å R-free 0.249
7A0S 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 2 1–47（47 aa）
未记录 QU2 mycinamicin I × 1 MG MAGNESIUM ION × 367 SPD SPERMIDINE × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 1 CA CALCIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.22 Å R-free 0.253
7A18 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV 提交 2020-08-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 2 1–46（46 aa）
未记录 MIV MYCINAMICIN IV × 1 MG MAGNESIUM ION × 277 SPD SPERMIDINE × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.40 Å R-free 0.318

共 23 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 RL34_DEIRA
Isoform —
PDB实体 29
链与序列区间 作者链 2； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47

ribosomal protein L35

物种未注明

UniProt Q9RSW6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 3； UniProt 2–66 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L2 × 1 （Q9RXJ9） ribosomal protein L3 × 1 （Q9RXK2） ribosomal protein L4 × 1 （Q9RXK1） ribosomal protein L5 × 1 （Q9RXJ0） ribosomal protein L6 × 1 （Q9RSL3） ribosomal protein L9 × 1 （Q9RY49） ribosomal protein L11 × 1 （Q9RSS7） ribosomal protein L13 × 1 （Q9RXY1） ribosomal protein L14 × 1 （Q9RXJ2） ribosomal protein L15 × 1 （Q9RSK9） ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） ribosomal protein L17 × 1 （Q9RSJ5） ribosomal protein L18 × 1 （Q9RSL2） ribosomal protein L19 × 1 （Q9RWB4） ribosomal protein L20 × 1 （Q9RSW7） ribosomal protein L21 × 1 （Q9RY64） ribosomal protein L22 × 1 （Q9RXJ7） ribosomal protein L23 × 1 （Q9RXK0） ribosomal protein L24 × 1 （Q9RXJ1） general stress protein Ctc × 1 （Q9RX88） ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） ribosomal protein L29 × 1 （Q9RXJ4） ribosomal protein L30 × 1 （Q9RSL0） ribosomal protein L31 × 1 （Q9RW44） ribosomal protein L32 × 1 （P49228） ribosomal protein L33 × 1 （Q9RSS4） ribosomal protein L34 × 1 （Q9RSH2） ribosomal protein L36 × 1 （Q9RSK0） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 3 1–63（63 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 3 2–66（65 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 3 1–66（66 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 3 1–65（65 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 3 1–66（66 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 3 1–66（66 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 3 1–66（66 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 3 1–66（66 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 3 1–66（66 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 3 1–66（66 aa）
未记录 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 3 1–66（66 aa）
未记录 LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 3 1–66（66 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 3 1–66（66 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 3 1–66（66 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.60 Å R-free 0.239
4U67 Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 提交 2014-07-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 3 1–66（66 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 51 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.65 Å R-free 0.270
4WFN Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 in complex with erythromycin 提交 2014-09-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 3 1–65（65 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 70 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesuim chloride, Hepes, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexadiol
分辨率 3.54 Å R-free 0.282
5DM6 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2015-09-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 3 2–66（65 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 198 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1, 3-hexanediol, ethanol
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
5DM7 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with hygromycin A 提交 2015-09-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 3 2–66（65 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 186 HGR Hygromycin A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1,3-hexanediol, ethanol
分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5JVG The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with avilamycin 提交 2016-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric
链 3 1–66（66 aa）
未记录 6NO Avilamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 446 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.43 Å R-free 0.253
5JVH The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin 提交 2016-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 3 1–66（66 aa）
未记录 6O1 Evernimicin × 1 MG MAGNESIUM ION × 123 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol
分辨率 3.58 Å R-free 0.247
7A0R 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 3 2–64（63 aa）
未记录 QTZ mycinamicin II × 1 MG MAGNESIUM ION × 345 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.30 Å R-free 0.249
7A0S 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 3 2–64（63 aa）
未记录 QU2 mycinamicin I × 1 MG MAGNESIUM ION × 367 SPD SPERMIDINE × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 1 CA CALCIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.22 Å R-free 0.253
7A18 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV 提交 2020-08-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 3 2–64（63 aa）
未记录 MIV MYCINAMICIN IV × 1 MG MAGNESIUM ION × 277 SPD SPERMIDINE × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.
分辨率 3.40 Å R-free 0.318

共 23 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL35_DEIRA
Isoform —
PDB实体 30
链与序列区间 作者链 3； PDB构建体 1–65； UniProt 2–66

ribosomal protein L36

物种未注明

UniProt Q9RSK0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 29 RNA 2 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物数一致 链 4； UniProt 1–37 未记录 23S RIBOSOMAL RNA × 1 5S RIBOSOMAL RNA × 1 ribosomal protein L2 × 1 （Q9RXJ9） ribosomal protein L3 × 1 （Q9RXK2） ribosomal protein L4 × 1 （Q9RXK1） ribosomal protein L5 × 1 （Q9RXJ0） ribosomal protein L6 × 1 （Q9RSL3） ribosomal protein L9 × 1 （Q9RY49） ribosomal protein L11 × 1 （Q9RSS7） ribosomal protein L13 × 1 （Q9RXY1） ribosomal protein L14 × 1 （Q9RXJ2） ribosomal protein L15 × 1 （Q9RSK9） ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） ribosomal protein L17 × 1 （Q9RSJ5） ribosomal protein L18 × 1 （Q9RSL2） ribosomal protein L19 × 1 （Q9RWB4） ribosomal protein L20 × 1 （Q9RSW7） ribosomal protein L21 × 1 （Q9RY64） ribosomal protein L22 × 1 （Q9RXJ7） ribosomal protein L23 × 1 （Q9RXK0） ribosomal protein L24 × 1 （Q9RXJ1） general stress protein Ctc × 1 （Q9RX88） ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） ribosomal protein L29 × 1 （Q9RXJ4） ribosomal protein L30 × 1 （Q9RSL0） ribosomal protein L31 × 1 （Q9RW44） ribosomal protein L32 × 1 （P49228） ribosomal protein L33 × 1 （Q9RSS4） ribosomal protein L34 × 1 （Q9RSH2） ribosomal protein L35 × 1 （Q9RSW6） 773 CETHROMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K 分辨率 3.50 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 4 1–36（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 4 1–37（37 aa）
未记录 ZIT AZITHROMYCIN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric
链 4 1–37（37 aa）
未记录 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 4 1–37（37 aa）
未记录 MUL TIAMULIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
分辨率 3.50 Å R-free 0.360
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 4 1–37（37 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 4 1–37（37 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 4 1–37（37 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 4 1–37（37 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 4 1–37（37 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 4 1–37（37 aa）
未记录 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 4 1–37（37 aa）
未记录 LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.
分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 4 1–37（37 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 4 1–37（37 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 4 1–37（37 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.60 Å R-free 0.239

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL36_DEIRA
Isoform —
PDB实体 31
链与序列区间 作者链 4； PDB构建体 1–37； UniProt 1–37

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1nwx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1nwx
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1nwx
沉积日期 deposition_date2003-02-07
结构标题 titleCOMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH ABT-773
关键词 keywordsABT-773, MACROLIDE, KETOLIDE, RIBOSOME, 50S, RIBOSOMAL SUBUNIT; RIBOSOME
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier68.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron69.58 Å
零角强度 I(0) i057507200000.00
分子量 molecular_weight1315000.0 kDa
排除体积 excluded_volume1337100 ų
包络体积 envelope_volume2098800 ų
水化壳体积 shell_volume235320 ų
包络直径 envelope_diameter250.0 Å
壳层 Rg shell_rg80.35 Å
包络 Rg envelope_rg68.50 Å
形状 Rg shape_rg66.77 Å
总 Rg total_rg72.91 Å
总原子数 total_atoms61933
残基数 n_residues2884
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax263.0 Å
Rg (实空间) rg_real72.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.70 Å
I(0) (实空间) i0_real5.7790e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1880e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal69.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal57580000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8643
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary91.5 Å
偏度 Skewness skewness0.630
峰度 Kurtosis kurtosis0.609
角度范围 angular_range— – 0.1150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.8358
最高正则化参数 α highest_alpha11270000000.0000
实空间数据点数 n_real_points24
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.576; Stabil: 0.878; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.917
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (32)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 29 domains

SCOP 2.08 (29 domains)

结构域编号 domain_idd1nwx1_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
结构域编号 domain_idd1nwx2_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
结构域编号 domain_idd1nwx3_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
结构域编号 domain_idd1nwx4_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
结构域编号 domain_idd1nwxa_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
结构域编号 domain_idd1nwxb_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
结构域编号 domain_idd1nwxc_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
结构域编号 domain_idd1nwxd_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
结构域编号 domain_idd1nwxe_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
结构域编号 domain_idd1nwxf_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
结构域编号 domain_idd1nwxg_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
结构域编号 domain_idd1nwxh_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
结构域编号 domain_idd1nwxi_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
结构域编号 domain_idd1nwxj_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
结构域编号 domain_idd1nwxk_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
结构域编号 domain_idd1nwxl_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
结构域编号 domain_idd1nwxm_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
结构域编号 domain_idd1nwxn_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
结构域编号 domain_idd1nwxo_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
结构域编号 domain_idd1nwxp_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
结构域编号 domain_idd1nwxq_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
结构域编号 domain_idd1nwxr_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
结构域编号 domain_idd1nwxs_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
结构域编号 domain_idd1nwxt_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
结构域编号 domain_idd1nwxu_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
结构域编号 domain_idd1nwxw_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
结构域编号 domain_idd1nwxx_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
结构域编号 domain_idd1nwxy_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
结构域编号 domain_idd1nwxz_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.2 — Large subunit
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)