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1o0l

THE STRUCTURE OF BCL-W REVEALS A ROLE FOR THE C-TERMINAL RESIDUES IN MODULATING BIOLOGICAL ACTIVITY

Method: SOLUTION NMR Dmax: 69.4 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Apoptosis regulator Bcl-W

Homo sapiens

UniProt Q92843

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–183 突变：A128E 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.7；303.15 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR测量条件：pH 6.7；303.15 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR测量条件：pH 6.7；303.15 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成：1 mM Bcl-w | 50mM Sodium Phosphate, 70mM NaCl, 2mM TCEP, 95% H2O, 5% D2O NMR样品组成：1 mM, U-15N Bcl-w | 50mM Sodium Phosphate, 70mM NaCl, 2mM TCEP, 95% H2O, 5% D2O NMR样品组成：1 mM, U-13C, 15N, Bcl-w | 50mM Sodium Phosphate, 70mM NaCl, 2mM TCEP, 95% H2O, 5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1O0L Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1MK3 SOLUTION STRUCTURE OF HUMAN BCL-W PROTEIN 提交 2002-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–171（170 aa）
突变：P116V 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 1.4 mM Bcl-w protein U-15N,13C, 20 mM phosphate buffer | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.3 mM Bcl-w protein U-15N, 20 mM phosphate buffer | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM Bcl-w protein U-15N, 6 MG/ML PF1-PHAGE | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1ZY3 Structural model of complex of Bcl-w protein with Bid BH3-peptide 提交 2005-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–171（170 aa） 片段：residues 2-171
突变：P116V 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 0.7 mM Bcl-w U-15N,13C, 0.7 mM Bid BH3-peptide, 20 mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.7 mM Bcl-w U-15N, 0.7 mM Bid BH3-peptide, 20 mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.7 mM Bid BH3-peptide U-15N, 0.7 mM Bcl-w, 20 mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2Y6W Structure of a Bcl-w dimer 提交 2011-01-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–164（164 aa） 片段：C-TERMINAL TRUNCATION, RESIDUES 1-164
链 B 1–164（164 aa） 片段：C-TERMINAL TRUNCATION, RESIDUES 1-164
突变：YES 突变：YES PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；5% (W/V) PEG 3000, 40% (W/V) PEG 400, 0.1M MES PH 6.5.
分辨率 2.00 Å R-free 0.244
4CIM Complex of a Bcl-w BH3 mutant with a BH3 domain 提交 2013-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–163（163 aa）
链 Q 38–58（21 aa） 片段：RESIDUES 38-58
突变：YES 突变：YES EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；1 M TRISODIUM CITRATE 0.1 M IMIDAZOLE, PH 8.0
分辨率 1.50 Å R-free 0.210
4CIM Complex of a Bcl-w BH3 mutant with a BH3 domain 提交 2013-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–163（163 aa）
链 P 38–58（21 aa） 片段：RESIDUES 38-58
突变：YES 突变：YES EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；1 M TRISODIUM CITRATE 0.1 M IMIDAZOLE, PH 8.0
分辨率 1.50 Å R-free 0.210

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BCLW_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 6–188； UniProt 1–183

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1o0l

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1o0l
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1o0l
沉积日期 deposition_date2003-02-22
结构标题 titleTHE STRUCTURE OF BCL-W REVEALS A ROLE FOR THE C-TERMINAL RESIDUES IN MODULATING BIOLOGICAL ACTIVITY
关键词 keywordsAPOPTOSIS, BCL-2, HELICAL BUNDLE, BINDING GROOVE, BH3; APOPTOSIS
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.66 Å
零角强度 I(0) i02365540000.00
分子量 molecular_weight404600.0 kDa
排除体积 excluded_volume502100 ų
包络体积 envelope_volume66044 ų
水化壳体积 shell_volume23908 ų
包络直径 envelope_diameter80.7 Å
壳层 Rg shell_rg30.38 Å
包络 Rg envelope_rg25.70 Å
形状 Rg shape_rg16.60 Å
总 Rg total_rg17.12 Å
总原子数 total_atoms56080
残基数 n_residues3760
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax69.4 Å
Rg (实空间) rg_real17.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real2.3660e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9530e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2366000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7446
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.9 Å
偏度 Skewness skewness0.539
峰度 Kurtosis kurtosis0.657
角度范围 angular_range— – 0.4650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1189000.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.311; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.742; Smooth: 1.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1o0la1
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.1 — Toxins' membrane translocation domains
超家族 Superfamily superfamilyf.1.4 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
家族 Family familyf.1.4.1 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
结构域编号 domain_idd1o0la2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1o0lA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Blc2-like
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)