SAXSdb — 1o7k

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 1

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–123 链 B； UniProt 1–123 链 C； UniProt 1–123	片段：PX DOMAIN, RESIDUES 1-123 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；1 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M TRIS PH 8.5, 12% GLYCEROL	分辨率 2.00 Å R-free 0.254

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1O7K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GD5 SOLUTION STRUCTURE OF THE PX DOMAIN FROM HUMAN P47PHOX NADPH OXIDASE 提交 2000-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–128（128 aa）片段：PX DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1 NMR样品组成 0.6mM PX domain U-15N,13C; 5mM Na-MES buffer; 95% H2O, 5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
1K4U Solution structure of the C-terminal SH3 domain of p67phox complexed with the C-terminal tail region of p47phox 提交 2001-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 359–390（32 aa）片段：TAIL PEPTIDE (RESIDUES 359-390)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM KCl；压力 1 NMR样品组成 0.7mM p67SH3(C) U-15N,13C; 0.77mM p47 tail peptide; 5mM MOPSO buffer; 30 mM d10-DTT; 100mM KCl \| 90% H2O, 10% D2O; 100% D2O NMR样品组成 0.5mM p47 tail peptide U-15N,13C; 0.55mM p67SH3(C); 5mM MOPSO buffer; 30mM d10-DTT; 100mM KCl \| 90% H2O, 10% D2O; 100% D2O	分辨率未提供
1KQ6 p47phox PX domain 提交 2002-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–141（141 aa）片段：PX domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；PEG 550 DME, glycerol, ammonium sulfate, natrium citrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.18 Å R-free 0.185
1NG2 Structure of autoinhibited p47phox 提交 2002-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 156–340（185 aa）片段：residues 156-340	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；PEG 3000, sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.233
1NG2 Structure of autoinhibited p47phox 提交 2002-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 156–340（185 aa）片段：residues 156-340	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；PEG 3000, sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.233
1OV3 Structure of the p22phox-p47phox complex 提交 2003-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 156–285（130 aa）片段：Residues 156-285 链 B 156–285（130 aa）片段：Residues 156-285	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；1 M Na-Citrate, 0.1 M Na-cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.275
1OV3 Structure of the p22phox-p47phox complex 提交 2003-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 156–285（130 aa）片段：Residues 156-285 链 B 156–285（130 aa）片段：Residues 156-285	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；1 M Na-Citrate, 0.1 M Na-cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.275
1UEC Crystal structure of autoinhibited form of tandem SH3 domain of p47phox 提交 2003-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 151–340（190 aa）片段：autoinhibited tandem SH3 domain, redidues 151-340	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；293 K；16% PEG 6000, 0.1M soduim citrate, 50mM sodium fluoride, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.82 Å R-free 0.236
1UEC Crystal structure of autoinhibited form of tandem SH3 domain of p47phox 提交 2003-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 151–340（190 aa）片段：autoinhibited tandem SH3 domain, redidues 151-340	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；293 K；16% PEG 6000, 0.1M soduim citrate, 50mM sodium fluoride, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.82 Å R-free 0.236
1W70 SH3 domain of p40phox complexed with C-terminal polyProline region of p47phox 提交 2004-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 360–372（13 aa）片段：POLYPROLINE MOTIF, RESIDUES 360-372	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；VAPOR DIFFUSION AT 20 DEGRE C AT 14MG/ML OF P40PHOX SH3 WITH A1/5 RATIO WITH POLYPROLINE PEPTIDE, 20 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL MIXED WITH 100 MM NA-CITRATE/CITRIC ACID PH5, 2.4 M SA	分辨率 1.46 Å R-free 0.207
1W70 SH3 domain of p40phox complexed with C-terminal polyProline region of p47phox 提交 2004-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 360–372（13 aa）片段：POLYPROLINE MOTIF, RESIDUES 360-372	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 TFA trifluoroacetic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；VAPOR DIFFUSION AT 20 DEGRE C AT 14MG/ML OF P40PHOX SH3 WITH A1/5 RATIO WITH POLYPROLINE PEPTIDE, 20 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL MIXED WITH 100 MM NA-CITRATE/CITRIC ACID PH5, 2.4 M SA	分辨率 1.46 Å R-free 0.207
1WLP Solution Structure Of The P22Phox-P47Phox Complex 提交 2004-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 151–286（136 aa）片段：Tandem SH3 domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
7YXW Structure of the p22phox A200G mutant in complex with p47phox peptide 提交 2022-02-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 156–285（130 aa）	突变：A200G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 1.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 1:1 protein:precipitant ratio	分辨率 2.50 Å R-free 0.269
8WEJ Structure of human phagocyte NADPH oxidase in the activated state 提交 2023-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 C 1–286（286 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 FDA DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.79 Å

共 10 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NCF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–131； UniProt 1–123 作者链 B； PDB构建体 9–131； UniProt 1–123 作者链 C； PDB构建体 9–131； UniProt 1–123

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1o7k
沉积日期 deposition_date	2002-11-07
结构标题 title	human p47 PX domain complex with sulphates
关键词 keywords	P47, NADPH OXIDASE, PX DOMAIN, PHOSPHOLIPID-BINDING, PHOSPHOINOSITIDE-BINDING, SH3 DOMAIN; SH3 DOMAIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.89 Å
零角强度 I(0) i0	32901100.00
分子量 molecular_weight	44469.0 kDa
排除体积 excluded_volume	55574 Å³
包络体积 envelope_volume	66728 Å³
水化壳体积 shell_volume	25739 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.3 Å
壳层 Rg shell_rg	28.28 Å
包络 Rg envelope_rg	20.95 Å
形状 Rg shape_rg	20.87 Å
总 Rg total_rg	21.87 Å
总原子数 total_atoms	3098
残基数 n_residues	354
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.3 Å
Rg (实空间) rg_real	21.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5960e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	32900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9040
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.026
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.528
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9766000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 1
分子量 formula_weight	15879.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	3309

MAHHHHHHMGDTFIRHIALLGFEKRFVPSQHYVYMFLVKWQDLSEKVVYRRFTEIYEFHKTLKEMFPIEAGAINPENRIIPHLPAPKWFDGQRAAENRQGTLTEYCSTLMSLPTKISRCPHLLDFFKVRPD

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	194

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1o7ka1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.189 — PX domain
超家族 Superfamily superfamily	d.189.1 — PX domain
家族 Family family	d.189.1.1 — PX domain

结构域编号 domain_id	d1o7ka2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1o7kb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.189 — PX domain
超家族 Superfamily superfamily	d.189.1 — PX domain
家族 Family family	d.189.1.1 — PX domain

结构域编号 domain_id	d1o7kc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.189 — PX domain
超家族 Superfamily superfamily	d.189.1 — PX domain
家族 Family family	d.189.1.1 — PX domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1o7kA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1520 — PX Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phox-like domain

结构域编号 domain_id	1o7kB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1520 — PX Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phox-like domain

结构域编号 domain_id	1o7kC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1520 — PX Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phox-like domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.233 Å
晶胞边长 b length_b	92.175 Å
晶胞边长 c length_c	144.010 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	77.000 Å
R 因子 r_factor	0.2230
R_work r_work	0.2100
R_free r_free	0.2540

fit	/app/data/saxs_computation/o7/1o7k/1o7k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o7/1o7k/1o7k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o7/1o7k/1o7k.dat

human p47 PX domain complex with sulphates

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction