1o9k

Crystal structure of the retinoblastoma tumour suppressor protein bound to E2F peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	TRANSCRIPTION FACTOR E2F1 × 1 （Q01094） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	TRANSCRIPTION FACTOR E2F1 × 1 （Q01094） water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	TRANSCRIPTION FACTOR E2F1 × 1 （Q01094） water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	TRANSCRIPTION FACTOR E2F1 × 1 （Q01094） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–218； UniProt 372–589 作者链 C； PDB构建体 1–218； UniProt 372–589 作者链 E； PDB构建体 1–218； UniProt 372–589 作者链 G； PDB构建体 1–218； UniProt 372–589 作者链 B； PDB构建体 1–152； UniProt 636–787 作者链 D； PDB构建体 1–152； UniProt 636–787 作者链 F； PDB构建体 1–152； UniProt 636–787 作者链 H； PDB构建体 1–152； UniProt 636–787

TRANSCRIPTION FACTOR E2F1

物种未注明

UniProt Q01094

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN × 1 （P06400） RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN × 1 （P06400） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN × 1 （P06400） RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN × 1 （P06400） water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN × 1 （P06400） RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN × 1 （P06400） water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN × 1 （P06400） RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN × 1 （P06400） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	E2F1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–18； UniProt 409–426 作者链 Q； PDB构建体 1–18； UniProt 409–426 作者链 R； PDB构建体 1–18； UniProt 409–426 作者链 S； PDB构建体 1–18； UniProt 409–426

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1o9k
沉积日期 deposition_date	2002-12-16
结构标题 title	Crystal structure of the retinoblastoma tumour suppressor protein bound to E2F peptide
关键词 keywords	APOPTOSIS, TUMOUR SUPPRESSOR, CELL CYCLE REGULATION, DNA-BINDING; APOPTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1o9k__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1o9k__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1o9k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.74 Å
Rg（电子密度）	22.67 Å
总 Rg	23.64 Å
原子数	2931
残基数	356
排除体积	52876 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1o9k__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1o9k__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1o9k__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1o9k__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN
分子量 formula_weight	25100.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	11974

HTPVRTVMNTIQQLMMILNSASDQPSENLISYFNNCTVNPKESILKRVKDIGYIFKEKFAKAVGQGCVEIGSQRYKLGVRLYYRVMESMLKSEEERLSIQNFSKLLNDNIFHMSLLACALEVVMATYSRSTSQNLDSGTDLSFPWILNVLNLKAFDFYKVIESFIKAEGNLTREMIKHLERCEHRIMESLAWLSDSPLFDLIKQSKDREGPTDHLESA

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN
分子量 formula_weight	18265.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

FQTQKPLKSTSLSLFYKKVYRLAYLRLNTLCERLLSEHPELEHIIWTLFQHTLQNEYELMRDRHLDQIMMCSMYGICKVKNIDLKFKIIVTAYKDLPHAVQETFKRVLIKEEEYDSIIVFYNSVFMQRLKTNILQYASTRPPTLSPIPHIPR

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	TRANSCRIPTION FACTOR E2F1
分子量 formula_weight	2127.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q,R,S

LDYHFGLEEGEGIRDLFD

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	250

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1o9ka_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.74.1 — Cyclin-like
家族 Family family	a.74.1.3 — Retinoblastoma tumor suppressor domains

结构域编号 domain_id	d1o9kb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.74.1 — Cyclin-like
家族 Family family	a.74.1.3 — Retinoblastoma tumor suppressor domains

结构域编号 domain_id	d1o9kc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.74.1 — Cyclin-like
家族 Family family	a.74.1.3 — Retinoblastoma tumor suppressor domains

结构域编号 domain_id	d1o9kd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.74.1 — Cyclin-like
家族 Family family	a.74.1.3 — Retinoblastoma tumor suppressor domains

结构域编号 domain_id	d1o9ke_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.74.1 — Cyclin-like
家族 Family family	a.74.1.3 — Retinoblastoma tumor suppressor domains

结构域编号 domain_id	d1o9kf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.74.1 — Cyclin-like
家族 Family family	a.74.1.3 — Retinoblastoma tumor suppressor domains

结构域编号 domain_id	d1o9kg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.74.1 — Cyclin-like
家族 Family family	a.74.1.3 — Retinoblastoma tumor suppressor domains

结构域编号 domain_id	d1o9kh_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.74.1 — Cyclin-like
家族 Family family	a.74.1.3 — Retinoblastoma tumor suppressor domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1o9kA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

结构域编号 domain_id	1o9kB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

结构域编号 domain_id	1o9kC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

结构域编号 domain_id	1o9kD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

结构域编号 domain_id	1o9kE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

结构域编号 domain_id	1o9kF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

结构域编号 domain_id	1o9kG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

结构域编号 domain_id	1o9kH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

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晶胞边长 a length_a	101.996 Å
晶胞边长 b length_b	158.548 Å
晶胞边长 c length_c	110.617 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.70 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2320
R_work r_work	0.2290
R_free r_free	0.2850

Crystal structure of the retinoblastoma tumour suppressor protein bound to E2F peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TRANSCRIPTION FACTOR E2F1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1o9k__assembly_1__model_1

1o9k__assembly_1__model_1 | I(q)

1o9k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the retinoblastoma tumour suppressor protein bound to E2F peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RETINOBLASTOMA-ASSOCIATED PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TRANSCRIPTION FACTOR E2F1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1o9k__assembly_1__model_1

1o9k__assembly_1__model_1 | I(q)

1o9k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)