SAXSdb — 1oad

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1oad
沉积日期 deposition_date	2003-01-08
结构标题 title	Glucose isomerase from Streptomyces rubiginosus in P21212 crystal form
关键词 keywords	ISOMERASE, GLUCOSE ISOMERASE, XYLOSE ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.96 Å
零角强度 I(0) i0	127513000.00
分子量 molecular_weight	86868.0 kDa
排除体积 excluded_volume	107620 Å³
包络体积 envelope_volume	146180 Å³
水化壳体积 shell_volume	39646 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.1 Å
壳层 Rg shell_rg	37.70 Å
包络 Rg envelope_rg	30.71 Å
形状 Rg shape_rg	29.95 Å
总 Rg total_rg	30.68 Å
总原子数 total_atoms	6133
残基数 n_residues	773
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.8 Å
Rg (实空间) rg_real	30.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2750e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8030e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	127500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8994
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.235
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.489
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	29400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.940; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.871

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	XYLOSE ISOMERASE
分子量 formula_weight	43284.3 kDa
EC 编号 ec_number	5.3.1.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7120

MNYQPTPEDRFTFGLWTVGWEGRDPFGDATRRALDPVESVRRLAELGAHGVTFHDDDLIPFGSSDSEREEHVKRFRQALDDTGMKVPMATTNLFTHPVFKDGGFTANDRDVRRYALRKTIRNIDLAVELGAETYVAWGGREGAESGGAKDVRDALDRMKEAFDLLGEYVTSQGYDIRFAIEPKPNEPRGDILLPTVGHALAFIERLERPELYGVNPEVGHEQMAGLNFPHGIAQALWAGKLFHIDLNGQNGIKYDQDLRFGAGDLRAAFWLVDLLESAGYSGPRHFDFKPPRTEDFDGVWASAAGCMRNYLILKERAAAFRADPEVQEALRASRLDELARPTAADGLQALLDDRSAFEEFDVDAAAARGMAFERLDQLAMDHLLGARG

Entity 2 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	(4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-METHYLPENTANE-1,2,4-TRIOL
分子量 formula_weight	134.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	911

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1oada_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.15 — Xylose isomerase-like
家族 Family family	c.1.15.3 — Xylose isomerase

结构域编号 domain_id	d1oadb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.15 — Xylose isomerase-like
家族 Family family	c.1.15.3 — Xylose isomerase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1oadA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes

结构域编号 domain_id	1oadB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	98.450 Å
晶胞边长 b length_b	129.590 Å
晶胞边长 c length_c	78.330 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1630
R_work r_work	0.1630
R_free r_free	0.1860

fit	/app/data/saxs_computation/oa/1oad/1oad.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oa/1oad/1oad.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oa/1oad/1oad.dat

Glucose isomerase from Streptomyces rubiginosus in P21212 crystal form

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution