← 返回搜索
1obd

SAICAR-synthase complexed with ATP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 69.0 Å Quality: REASONABLE
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHORIBOSYLAMIDOIMIDAZOLE- SUCCINOCARBOXAMIDE SYNTHASE

物种未注明

UniProt P27616

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–306 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；THE HANGING DROPS CONTAINED PROTEIN AT A CONCENTRATION OF 8 - 15 MG/ML, 50 MM TRIS-HCL BUFFER, PH 7.0, 40 MM ASPARTIC ACID AND 1.0 - 1.25 M AMMONIUM SULPHATE. THE WELL CONTAINED THE SAME ABOVE BUFFER PLUS 2.25 M AMMONIUM SULPHATE 分辨率 1.40 Å R-free 0.195

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1OBD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1A48 SAICAR SYNTHASE 提交 1998-02-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–306（305 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å
1OBG SAICAR-synthase complexed with ATP 提交 2003-01-30 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–306（305 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；40MM ASP. ASID, 10MM MGCL2, 25MM ATP, 2.26 M (NH4)2(SO4), 5, pH 4.50
分辨率 2.05 Å R-free 0.206
2CNQ Atomic resolution structure of SAICAR-synthase from Saccharomyces cerevisiae complexed with ADP, AICAR, succinate 提交 2006-05-23 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–306（305 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 AMZ AMINOIMIDAZOLE 4-CARBOXAMIDE RIBONUCLEOTIDE × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 SIN SUCCINIC ACID × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SUPHATE, ATP, AICAR, MG, ASP, pH 7.50
分辨率 1.00 Å R-free 0.130
2CNU Atomic resolution structure of SAICAR-synthase from Saccharomyces cerevisiae complexed with aspartic acid 提交 2006-05-24 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–306（305 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ASP ASPARTIC ACID × 3 SO4 SULFATE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；TRIS-HCL BUFFER, PH 7.5, ASPARTIC ACID, AMMONIUM SULPHATE
分辨率 1.05 Å R-free 0.159
2CNV SAICAR-synthase from Saccharomyces cerevisiae complexed SAICAR 提交 2006-05-24 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–306（305 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ASP ASPARTIC ACID × 2 SSS N-{[5-AMINO-1-(5-O-PHOSPHONO-BETA-D-ARABINOFURANOSYL)-1H-IMIDAZOL-4-YL]CARBONYL}-L-ASPARTIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；AMMONIUM SULPHATE, ASPARTIC ACID, TRIS-HCL BUFFER, pH 7.50
分辨率 2.00 Å R-free 0.238

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PUR7_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–306； UniProt 2–306

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1obd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1obd
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1obd
沉积日期 deposition_date2003-01-30
结构标题 titleSAICAR-synthase complexed with ATP
关键词 keywordsSYNTHETASE, ATP BINDING PROTEIN, PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLESUCCINOCARBOXAMIDE (SAICAR) SYNTHASE, PURINE BIOSYNTHESIS, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.44 Å
零角强度 I(0) i020722200.00
分子量 molecular_weight34785.0 kDa
排除体积 excluded_volume43643 ų
包络体积 envelope_volume50393 ų
水化壳体积 shell_volume21412 ų
包络直径 envelope_diameter69.8 Å
壳层 Rg shell_rg26.15 Å
包络 Rg envelope_rg19.68 Å
形状 Rg shape_rg19.43 Å
总 Rg total_rg20.38 Å
总原子数 total_atoms2447
残基数 n_residues298
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax69.0 Å
Rg (实空间) rg_real20.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real2.0720e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3300e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal20720000.0000
解质量估计 total_estimate0.6314
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary25.6 Å
偏度 Skewness skewness0.197
峰度 Kurtosis kurtosis-0.344
角度范围 angular_range— – 0.3900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5435000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.751; Stabil: 0.998; Sysdev: 0.319; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1obda_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.143 — SAICAR synthase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.143.1 — SAICAR synthase-like
家族 Family familyd.143.1.1 — SAICAR synthase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1obdA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id1obdA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, B domain
▶

8. 引用文献 (2)

▶

9. 文件与曲线 (10)