SAXSdb — 1oe6

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1oe6
沉积日期 deposition_date	2003-03-19
结构标题 title	Xenopus SMUG1, an anti-mutator uracil-DNA Glycosylase
关键词 keywords	HYDROLASE-DNA COMPLEX, HYDROLASE, DNA GLYCOSYLASE, SINGLE STRANDED; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.91 Å
零角强度 I(0) i0	71503700.00
分子量 molecular_weight	62589.0 kDa
排除体积 excluded_volume	76730 Å³
包络体积 envelope_volume	96998 Å³
水化壳体积 shell_volume	29034 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.8 Å
壳层 Rg shell_rg	34.74 Å
包络 Rg envelope_rg	28.56 Å
形状 Rg shape_rg	28.90 Å
总 Rg total_rg	29.48 Å
总原子数 total_atoms	4377
残基数 n_residues	512
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.6 Å
Rg (实空间) rg_real	29.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.1500e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0350e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	71500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8721
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.413
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.485
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13140000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.881; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.925; Smooth: 0.764

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	SINGLE-STRAND SELECTIVE MONOFUNCTIONAL URACIL DNA GLYCOSYLASE
分子量 formula_weight	27746.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4499

TESPADSFLKVELELNLKLSNLVFQDPVQYVYNPLVYAWAPHENYVQTYCKSKKEVLFLGMNPGPFGMAQTGVPFGEVNHVRDWLQIEGPVSKPEVEHPKRRIRGFECPQSEVSGARFWSLFKSLCGQPETFFKHCFVHNHCPLIFMNHSGKNLTPTDLPKAQRDTLLEICDEALCQAVRVLGVKLVIGVGRFSEQRARKALMAEGIDVTVKGIMHPSPRNPQANKGWEGIVRGQLLELGVLSLLTG

来源 Source

来源生物 organism	XENOPUS LAEVIS
通用名 common_name	AFRICAN CLAWED FROG
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(CPCPCPGPTPGPAPGPTPCPCPG)-3'
分子量 formula_weight	3639.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

CCCGTGAGTCCG

Entity 3 polymer

描述 description	5'-D(CPGPGPAPCPTP3DRPAPCPGPGPG)-3'
分子量 formula_weight	3579.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

CGGACTNACGGG

Entity 4 non-polymer

描述 description	5-HYDROXYMETHYL URACIL
分子量 formula_weight	142.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	ISOPROPYL ALCOHOL
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	110

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1oe6a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.18 — Uracil-DNA glycosylase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.18.1 — Uracil-DNA glycosylase-like
家族 Family family	c.18.1.3 — Single-strand selective monofunctional uracil-DNA glycosylase SMUG1

结构域编号 domain_id	d1oe6b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.18 — Uracil-DNA glycosylase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.18.1 — Uracil-DNA glycosylase-like
家族 Family family	c.18.1.3 — Single-strand selective monofunctional uracil-DNA glycosylase SMUG1

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1oe6A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain

结构域编号 domain_id	1oe6B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	120.969 Å
晶胞边长 b length_b	86.518 Å
晶胞边长 c length_c	78.456 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	118.53 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	69.010 Å
R 因子 r_factor	0.1570
R_work r_work	0.1540
R_free r_free	0.2180

fit	/app/data/saxs_computation/oe/1oe6/1oe6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oe/1oe6/1oe6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oe/1oe6/1oe6.dat

Xenopus SMUG1, an anti-mutator uracil-DNA Glycosylase

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)