1ofi

Asymmetric complex between HslV and I-domain deleted HslU (H. influenzae)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-DEPENDENT HSL PROTEASE ATP-BINDING SUBUNIT HSLU

HAEMOPHILUS INFLUENZAE

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	ATP-DEPENDENT PROTEASE HSLV × 12 （P43772） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MAGNESIUM ION × 24 PHOSPHATE ION × 6 4-IODO-3-NITROPHENYL ACETYL-LEUCINYL-LEUCINYL-LEUCINYL-VINYLSULFONE × 6 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	ATP-DEPENDENT PROTEASE HSLV × 12 （P43772） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MAGNESIUM ION × 24 PHOSPHATE ION × 6 4-IODO-3-NITROPHENYL ACETYL-LEUCINYL-LEUCINYL-LEUCINYL-VINYLSULFONE × 6 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HSLU_HAEIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–107； UniProt 1–107 作者链 A； PDB构建体 110–310； UniProt 244–444 作者链 B； PDB构建体 1–107； UniProt 1–107 作者链 B； PDB构建体 110–310； UniProt 244–444 作者链 C； PDB构建体 1–107； UniProt 1–107 作者链 C； PDB构建体 110–310； UniProt 244–444

ATP-DEPENDENT PROTEASE HSLV

HAEMOPHILUS INFLUENZAE

UniProt P43772

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	ATP-DEPENDENT HSL PROTEASE ATP-BINDING SUBUNIT HSLU × 6 （P43773） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MAGNESIUM ION × 24 PHOSPHATE ION × 6 4-IODO-3-NITROPHENYL ACETYL-LEUCINYL-LEUCINYL-LEUCINYL-VINYLSULFONE × 6 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	ATP-DEPENDENT HSL PROTEASE ATP-BINDING SUBUNIT HSLU × 6 （P43773） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MAGNESIUM ION × 24 PHOSPHATE ION × 6 4-IODO-3-NITROPHENYL ACETYL-LEUCINYL-LEUCINYL-LEUCINYL-VINYLSULFONE × 6 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HSLV_HAEIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174 作者链 H； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174 作者链 I； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174 作者链 L； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174 作者链 M； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174 作者链 N； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ofi
沉积日期 deposition_date	2003-04-14
结构标题 title	Asymmetric complex between HslV and I-domain deleted HslU (H. influenzae)
关键词 keywords	CHAPERONE, HYDROLASE, ATP-BINDING; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ofi__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ofi__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ofi__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	49.86 Å
Rg（电子密度）	48.85 Å
总 Rg	49.07 Å
原子数	30006
残基数	3861
排除体积	534700 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ofi__assembly_1__model_1`	octadecameric （18）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1ofi__assembly_2__model_1`	octadecameric （18）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATP-DEPENDENT HSL PROTEASE ATP-BINDING SUBUNIT HSLU
分子量 formula_weight	34126.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	15050

MSEMTPREIVSELDQHIIGQADAKRAVAIALRNRWRRMQLQEPLRHEVTPKNILMIGPTGVGKTEIARRLAKLANAPFIKVEATKFTEVGYVGKEVDSIIRDLTDSAGGAIDAVEQNGIVFIDEIDKICKKGEYSGADVSREGVQRDLLPLVEGSTVSTKHGMVKTDHILFIASGAFQVARPSDLIPELQGRLPIRVELTALSAADFERILTEPHASLTEQYKALMATEGVNIAFTTDAVKKIAEAAFRVNEKTENIGARRLHTVMERLMDKISFSASDMNGQTVNIDAAYVADALGEVVENEDLSRFIL

来源 Source

来源生物 organism	HAEMOPHILUS INFLUENZAE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	71421
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ATP-DEPENDENT PROTEASE HSLV
分子量 formula_weight	18903.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.25.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,L,M,N

TTIVSVRRNGQVVVGGDGQVSLGNTVMKGNARKVRRLYNGKVLAGFAGGTADAFTLFELFERKLEMHQGHLLKSAVELAKDWRTDRALRKLEAMLIVADEKESLIITGIGDVVQPEEDQILAIGSGGNYALSAARALVENTELSAHEIVEKSLRIAGDICVFTNTNFTIEELPN

来源 Source

来源生物 organism	HAEMOPHILUS INFLUENZAE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	71421
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	4-IODO-3-NITROPHENYL ACETYL-LEUCINYL-LEUCINYL-LEUCINYL-VINYLSULFONE
分子量 formula_weight	722.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	21

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d1ofia_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.20 — Extended AAA-ATPase domain

结构域编号 domain_id	d1ofib_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.20 — Extended AAA-ATPase domain

结构域编号 domain_id	d1ofic_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.20 — Extended AAA-ATPase domain

结构域编号 domain_id	d1ofig_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.153 — Ntn hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.153.1 — N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases)
家族 Family family	d.153.1.4 — Proteasome subunits

结构域编号 domain_id	d1ofih_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.153 — Ntn hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.153.1 — N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases)
家族 Family family	d.153.1.4 — Proteasome subunits

结构域编号 domain_id	d1ofii_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.153 — Ntn hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.153.1 — N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases)
家族 Family family	d.153.1.4 — Proteasome subunits

结构域编号 domain_id	d1ofil_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.153 — Ntn hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.153.1 — N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases)
家族 Family family	d.153.1.4 — Proteasome subunits

结构域编号 domain_id	d1ofim_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.153 — Ntn hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.153.1 — N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases)
家族 Family family	d.153.1.4 — Proteasome subunits

结构域编号 domain_id	d1ofin_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.153 — Ntn hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.153.1 — N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases)
家族 Family family	d.153.1.4 — Proteasome subunits

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1ofiA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1ofiA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	1ofiB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1ofiB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	1ofiC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1ofiC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	1ofiG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain

结构域编号 domain_id	1ofiH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain

结构域编号 domain_id	1ofiI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain

结构域编号 domain_id	1ofiL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain

结构域编号 domain_id	1ofiM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain

结构域编号 domain_id	1ofiN00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain

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晶胞边长 a length_a	190.177 Å
晶胞边长 b length_b	190.177 Å
晶胞边长 c length_c	114.511 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 6
空间群编号 int_tables_number	168
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2320
R_work r_work	0.2320
R_free r_free	0.3270

Asymmetric complex between HslV and I-domain deleted HslU (H. influenzae)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-DEPENDENT HSL PROTEASE ATP-BINDING SUBUNIT HSLU

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ATP-DEPENDENT PROTEASE HSLV

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ofi__assembly_2__model_1

1ofi__assembly_2__model_1 | I(q)

1ofi__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (3)

Asymmetric complex between HslV and I-domain deleted HslU (H. influenzae)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-DEPENDENT HSL PROTEASE ATP-BINDING SUBUNIT HSLU

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP-DEPENDENT PROTEASE HSLV

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ofi__assembly_2__model_1

1ofi__assembly_2__model_1 | I(q)

1ofi__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (3)