1ohf

The refined structure of Nudaurelia capensis omega virus

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

p70

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 480	MAGNESIUM ION × 240 water × 240	待复核
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	MAGNESIUM ION × 4 water × 4	待复核
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 40	MAGNESIUM ION × 20 water × 20	待复核
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 48	MAGNESIUM ION × 24 water × 24	待复核
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	MAGNESIUM ION × 4 water × 4	待复核
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 480	MAGNESIUM ION × 240 water × 240	待复核

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q4TVS9_9VIRU
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–570； UniProt 1–570 作者链 B； PDB构建体 1–570； UniProt 1–570 作者链 C； PDB构建体 1–570； UniProt 1–570 作者链 D； PDB构建体 1–570； UniProt 1–570 作者链 E； PDB构建体 1–74； UniProt 571–644 作者链 F； PDB构建体 1–74； UniProt 571–644 作者链 G； PDB构建体 1–74； UniProt 571–644 作者链 H； PDB构建体 1–74； UniProt 571–644

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ohf
沉积日期 deposition_date	2003-05-26
结构标题 title	The refined structure of Nudaurelia capensis omega virus
关键词 keywords	VIRUS, VIRAL COAT, AUTO-CATALYTIC CLEAVAGE, QUASIEQUIVALENCE, NWV, ICOSAHEDRAL VIRUS; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ohf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ohf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ohf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	168.80 Å
总 Rg	168.50 Å
原子数	1040100
残基数	135780
排除体积	18405000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ohf__assembly_1__model_1`	240-MERIC （240）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1ohf__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`1ohf__assembly_3__model_1`	eicosameric （20）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`1ohf__assembly_4__model_1`	24-meric （24）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`1ohf__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
6	1	`1ohf__assembly_6__model_1`	240-meric （240）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	p70
分子量 formula_weight	62094.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	17851

MDSNSASGKRRSRNVRIAANTVNVAPKQRQARGRRARSRANNIDNVTAAAQELGQSLDANVITFPTNVATMPEFRSWARGKLDIDQDSIGWYFKYLDPAGATESARAVGEYSKIPDGLVKFSVDAEIREIYNEECPTVSDASIPLDGAQWSLSIISYPMFRTAYFAVANVDNKEISLDVTNDLIVWLNNLASWRDVVDSGQWFTFSDDPTWFVRIRVLHPTYDLPDPTEGLLRTVSDYRLTYKSITCEANMPTLVDQGFWIGGHYALTPIATTQNAVEGSGFVHPFNVTRPGIAAGVTLTWASMPPGGSAPSGDPAWIPDSTTQFQWRHGGFDAPTGVITYTIPRGYTMQYFDTTTNEWNGFANPDDVVTFGQTGGAAGTNATITITAPTVTLTILATTTSAANVINFRNLDAETTAASNRSEVPLPPLTFGQTAPNNPKIEQTLVKDTLGSYLVHSKMRNPVFQLTPASSFGAISFTNPGFDRNLDLPGFGGIRDSLDVNMSTAVCHFRSLSKSCSIVTKTYQGWEGVTNVNTPFGQFAHSGLLKNDEILCLADDLATRLTGVYGATDN

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	p70
分子量 formula_weight	7815.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

FAAAVLAFAANMLTSVLKSEATTSVIKELGNQATGLANQGLARLPGLLASIPGKIAARVRARRDRRRAARMNNN

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	516

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1ohfa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.8 — Tetraviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d1ohfb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.8 — Tetraviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d1ohfc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.8 — Tetraviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d1ohfd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.8 — Tetraviridae-like VP

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1ohfA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1ohfA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	270 — Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1ohfB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1ohfB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	270 — Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1ohfC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1ohfC03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	270 — Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1ohfD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1ohfD03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	270 — Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

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晶胞边长 a length_a	413.550 Å
晶胞边长 b length_b	410.220 Å
晶胞边长 c length_c	419.670 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	59.13 °
晶胞夹角 β angle_beta	58.90 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	64.04 °
晶胞分子数 Z z_pdb	240

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2190
R_work r_work	0.2190
R_free r_free	0.2210

The refined structure of Nudaurelia capensis omega virus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

p70

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ohf__assembly_1__model_1

1ohf__assembly_1__model_1 | I(q)

1ohf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (3)

The refined structure of Nudaurelia capensis omega virus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

p70

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ohf__assembly_1__model_1

1ohf__assembly_1__model_1 | I(q)

1ohf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (3)