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1oib

PHOSPHATE-BINDING PROTEIN MUTANT T141D

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 122.1 Å Quality: SUSPICIOUS
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHATE-BINDING PROTEIN

Escherichia coli

UniProt P06128

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 26–346 突变：T141D 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.40 Å
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 26–346 突变：T141D 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1OIB Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1A40 PHOSPHATE-BINDING PROTEIN WITH ALA 197 REPLACED WITH TRP 提交 1998-02-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–346（321 aa）
突变：A197W PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.269
1A55 PHOSPHATE-BINDING PROTEIN MUTANT A197C 提交 1998-02-19 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–346（321 aa）
突变：A197C 2HP DIHYDROGENPHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5
分辨率 2.40 Å R-free 0.227
1IXG PHOSPHATE-BINDING PROTEIN MUTANT WITH THR 141 REPLACED BY ASP (T141D), COMPLEXED WITH PHOSPATE 提交 1996-08-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–346（321 aa）
突变：T141D PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5
分辨率 1.05 Å R-free 0.139
1IXH PHOSPHATE-BINDING PROTEIN (PBP) COMPLEXED WITH PHOSPHATE 提交 1996-08-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–346（321 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5
分辨率 0.98 Å R-free 0.141
1IXI PHOSPHATE-BINDING PROTEIN MUTANT WITH ASP 56 REPLACED BY ASN COMPLEX WITH MONOBASIC PHOSPHATE ION 提交 1996-10-17 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–346（321 aa）
突变：D56N 2HP DIHYDROGENPHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6
分辨率 1.89 Å R-free 0.294
1PBP FINE TUNING OF THE SPECIFICITY OF THE PERIPLASMIC PHOSPHATE TRANSPORT RECEPTOR: SITE-DIRECTED MUTAGENESIS, LIGAND BINDING, AND CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES 提交 1994-07-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–346（321 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å
1QUI PHOSPHATE-BINDING PROTEIN MUTANT WITH ASP 137 REPLACED BY GLY COMPLEX WITH BROMINE AND PHOSPHATE 提交 1995-11-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–346（321 aa）
突变：D137G BR BROMIDE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å R-free 0.218
1QUJ PHOSPHATE-BINDING PROTEIN MUTANT WITH ASP 137 REPLACED BY GLY COMPLEX WITH CHLORINE AND PHOSPHATE 提交 1995-11-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–346（321 aa）
突变：D137G CL CHLORIDE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å R-free 0.209
1QUK PHOSPHATE-BINDING PROTEIN MUTANT WITH ASP 137 REPLACED BY ASN COMPLEX WITH PHOSPHATE 提交 1995-11-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–346（321 aa）
突变：D137N PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å R-free 0.189
1QUL PHOSPHATE-BINDING PROTEIN MUTANT WITH ASP 137 REPLACED BY THR COMPLEX WITH CHLORINE AND PHOSPHATE 提交 1995-11-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–346（321 aa）
突变：D137T PO4 PHOSPHATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å R-free 0.205
2ABH PHOSPHATE-BINDING PROTEIN (RE-REFINED) 提交 1995-11-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–346（321 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PSTS_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–321； UniProt 26–346 作者链 B； PDB构建体 1–321； UniProt 26–346

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1oib

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1oib
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1oib
沉积日期 deposition_date1995-11-25
结构标题 titlePHOSPHATE-BINDING PROTEIN MUTANT T141D
关键词 keywordsPHOSPHATE TRANSPORT; PHOSPHATE TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.19 Å
零角强度 I(0) i069104400.00
分子量 molecular_weight68870.0 kDa
排除体积 excluded_volume86864 ų
包络体积 envelope_volume114360 ų
水化壳体积 shell_volume26233 ų
包络直径 envelope_diameter130.4 Å
壳层 Rg shell_rg41.56 Å
包络 Rg envelope_rg37.45 Å
形状 Rg shape_rg38.13 Å
总 Rg total_rg38.62 Å
总原子数 total_atoms4878
残基数 n_residues642
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax122.1 Å
Rg (实空间) rg_real38.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.37 Å
I(0) (实空间) i0_real6.9100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1520e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal69080000.0000
解质量估计 total_estimate0.4948
解质量评级 solution_quality SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary26.2 Å
偏度 Skewness skewness0.455
峰度 Kurtosis kurtosis-0.684
角度范围 angular_range— – 0.2100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11700000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.596; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.020; Positv: 1.000; Valcen: 0.474; Smooth: 0.109
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1oiba_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.1 — Phosphate binding protein-like
结构域编号 domain_idd1oibb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.1 — Phosphate binding protein-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1oibA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id1oibA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id1oibB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id1oibB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)