1ojh

Crystal structure of NblA from PCC 7120

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NBLA

ANABAENA SP. PCC 7120

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	1,2-ETHANEDIOL × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8YNP7_NOSS1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65 作者链 B； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65 作者链 C； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65 作者链 D； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65 作者链 E； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65 作者链 F； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65 作者链 G； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65 作者链 H； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65 作者链 I； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65 作者链 J； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65 作者链 K； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65 作者链 L； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ojh
沉积日期 deposition_date	2003-07-10
结构标题 title	Crystal structure of NblA from PCC 7120
关键词 keywords	DEGRADATION PROTEIN, PHYCOBILISOME DEGRADATION, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ojh__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ojh__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ojh__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.12 Å
Rg（电子密度）	15.04 Å
总 Rg	15.83 Å
原子数	840
残基数	99
排除体积	14950 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ojh__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1ojh__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1ojh__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1ojh__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1ojh__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`1ojh__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NBLA
分子量 formula_weight	7690.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	5444

MNQPIELSLEQQFSIRSFATQVQNMSHDQAKDFLVKLYEQMVVREATYQELLKHQWGLDSGSTPA

来源 Source

来源生物 organism	ANABAENA SP. PCC 7120
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	103690
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	254

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1ojha_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.214 — NblA-like
超家族 Superfamily superfamily	a.214.1 — NblA-like
家族 Family family	a.214.1.1 — NblA-like

结构域编号 domain_id	d1ojhb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.214 — NblA-like
超家族 Superfamily superfamily	a.214.1 — NblA-like
家族 Family family	a.214.1.1 — NblA-like

结构域编号 domain_id	d1ojhc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.214 — NblA-like
超家族 Superfamily superfamily	a.214.1 — NblA-like
家族 Family family	a.214.1.1 — NblA-like

结构域编号 domain_id	d1ojhd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.214 — NblA-like
超家族 Superfamily superfamily	a.214.1 — NblA-like
家族 Family family	a.214.1.1 — NblA-like

结构域编号 domain_id	d1ojhe_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.214 — NblA-like
超家族 Superfamily superfamily	a.214.1 — NblA-like
家族 Family family	a.214.1.1 — NblA-like

结构域编号 domain_id	d1ojhf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.214 — NblA-like
超家族 Superfamily superfamily	a.214.1 — NblA-like
家族 Family family	a.214.1.1 — NblA-like

结构域编号 domain_id	d1ojhg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.214 — NblA-like
超家族 Superfamily superfamily	a.214.1 — NblA-like
家族 Family family	a.214.1.1 — NblA-like

结构域编号 domain_id	d1ojhh_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.214 — NblA-like
超家族 Superfamily superfamily	a.214.1 — NblA-like
家族 Family family	a.214.1.1 — NblA-like

结构域编号 domain_id	d1ojhi_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.214 — NblA-like
超家族 Superfamily superfamily	a.214.1 — NblA-like
家族 Family family	a.214.1.1 — NblA-like

结构域编号 domain_id	d1ojhj_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.214 — NblA-like
超家族 Superfamily superfamily	a.214.1 — NblA-like
家族 Family family	a.214.1.1 — NblA-like

结构域编号 domain_id	d1ojhk_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.214 — NblA-like
超家族 Superfamily superfamily	a.214.1 — NblA-like
家族 Family family	a.214.1.1 — NblA-like

结构域编号 domain_id	d1ojhl_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.214 — NblA-like
超家族 Superfamily superfamily	a.214.1 — NblA-like
家族 Family family	a.214.1.1 — NblA-like

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1ojhA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 — Phycobilisome degradation protein NblA

结构域编号 domain_id	1ojhB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 — Phycobilisome degradation protein NblA

结构域编号 domain_id	1ojhC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 — Phycobilisome degradation protein NblA

结构域编号 domain_id	1ojhD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 — Phycobilisome degradation protein NblA

结构域编号 domain_id	1ojhE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 — Phycobilisome degradation protein NblA

结构域编号 domain_id	1ojhF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 — Phycobilisome degradation protein NblA

结构域编号 domain_id	1ojhG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 — Phycobilisome degradation protein NblA

结构域编号 domain_id	1ojhH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 — Phycobilisome degradation protein NblA

结构域编号 domain_id	1ojhI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 — Phycobilisome degradation protein NblA

结构域编号 domain_id	1ojhJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 — Phycobilisome degradation protein NblA

结构域编号 domain_id	1ojhK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 — Phycobilisome degradation protein NblA

结构域编号 domain_id	1ojhL00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 — Phycobilisome degradation protein NblA

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晶胞边长 a length_a	43.176 Å
晶胞边长 b length_b	95.918 Å
晶胞边长 c length_c	104.835 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.05 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1840
R_work r_work	0.1820
R_free r_free	0.2170

Crystal structure of NblA from PCC 7120

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NBLA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ojh__assembly_4__model_1

1ojh__assembly_4__model_1 | I(q)

1ojh__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (3)

Crystal structure of NblA from PCC 7120

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NBLA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ojh__assembly_4__model_1

1ojh__assembly_4__model_1 | I(q)

1ojh__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (3)