1om9

Structure of the GGA1-appendage in complex with the p56 binding peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 73.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-ribosylation factor binding protein GGA1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 494–639	片段：appendage domain, Residues 494-639 of SWS Q9UJY5	15-mer peptide fragment of p56 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；288 K；100 mM sodium citrate, 100 mM MgCl2 and 35% PEG 400, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K	分辨率 2.50 Å R-free 0.262
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 494–639	片段：appendage domain, Residues 494-639 of SWS Q9UJY5	15-mer peptide fragment of p56 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；288 K；100 mM sodium citrate, 100 mM MgCl2 and 35% PEG 400, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K	分辨率 2.50 Å R-free 0.262
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 494–639 链 B； UniProt 494–639	片段：appendage domain, Residues 494-639 of SWS Q9UJY5	15-mer peptide fragment of p56 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；288 K；100 mM sodium citrate, 100 mM MgCl2 and 35% PEG 400, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K	分辨率 2.50 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1OM9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1J2J Crystal structure of GGA1 GAT N-terminal region in complex with ARF1 GTP form 提交 2003-01-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 166–210（45 aa）片段：GAT N-terminal region	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 IOD IODIDE ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, KI, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.227
1JWF Crystal Structure of human GGA1 VHS domain. 提交 2001-09-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–147（147 aa）片段：VHS DOMAIN(N-terminal domain)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 3350, potassium dihydrogen phosphate, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.261
1JWG VHS Domain of human GGA1 complexed with cation-independent M6PR C-terminal Peptide 提交 2001-09-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–147（147 aa）片段：VHS DOMAIN(N-terminal domain)	未记录	IOD IODIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 3350, ammonium iodide, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.261
1JWG VHS Domain of human GGA1 complexed with cation-independent M6PR C-terminal Peptide 提交 2001-09-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–147（147 aa）片段：VHS DOMAIN(N-terminal domain)	未记录	IOD IODIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 3350, ammonium iodide, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.261
1NA8 Crystal structure of ADP-ribosylation factor binding protein GGA1 提交 2002-11-27	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 494–639（146 aa）片段：appendage domain, Residues 494-639 of SWS Q9UJY5 链 B 494–639（146 aa）片段：appendage domain, Residues 494-639 of SWS Q9UJY5	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；289 K；sodium citrate, ammonium sulphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 2.30 Å R-free 0.279
1NAF Crystal structure of the human GGA1 GAT domain 提交 2002-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 165–314（150 aa）片段：GAT domain, Residues 165-314 of SWS Q9UJY5	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；289 K；sodium acetate, lithium sulphate, NaH2PO4/K2HPO4, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.80 Å R-free 0.283
1NWM GAT domain of human GGA1 提交 2003-02-06	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 166–302（137 aa）片段：GAT domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；298.15 K；polyethylene glycol 4000, iso-propanol, sodium citrate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K	分辨率 2.40 Å R-free 0.286
1O3X Crystal structure of human GGA1 GAT domain 提交 2003-05-08	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 166–305（140 aa）片段：Gat domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；MPD, PEG6000, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.290
1OXZ Crystal Structure of the Human GGA1 GAT domain 提交 2003-04-03	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 141–326（186 aa）片段：GAT domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；lithium sulfate, MES, ethylene glycol , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1PY1 Complex of GGA1-VHS domain and beta-secretase C-terminal phosphopeptide 提交 2003-07-07	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–157（156 aa）片段：VHS Domain (Residues 2-157) 链 B 2–157（156 aa）片段：VHS Domain (Residues 2-157)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；PEG 3350, AMMONIUM SULFATE, CACODYLATE, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.288
1PY1 Complex of GGA1-VHS domain and beta-secretase C-terminal phosphopeptide 提交 2003-07-07	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 2–157（156 aa）片段：VHS Domain (Residues 2-157) 链 D 2–157（156 aa）片段：VHS Domain (Residues 2-157)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；PEG 3350, AMMONIUM SULFATE, CACODYLATE, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.288
1UJJ VHS domain of human GGA1 complexed with C-terminal peptide from BACE 提交 2003-08-05	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–147（147 aa）片段：VHS domain, N-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.6；293 K；PEG 5000MME, di-Ammonium hydrogen phosphate, Tris-HCl, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.295
1UJJ VHS domain of human GGA1 complexed with C-terminal peptide from BACE 提交 2003-08-05	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–147（147 aa）片段：VHS domain, N-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.6；293 K；PEG 5000MME, di-Ammonium hydrogen phosphate, Tris-HCl, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.295
1UJK VHS domain of human GGA1 complexed with C-terminal phosphopeptide from BACE 提交 2003-08-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–147（147 aa）片段：VHS domain, N-terminal domain	未记录	IOD IODIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG5000MME, Ammonium Iodide, 1,6-hexanediol, MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.245
1UJK VHS domain of human GGA1 complexed with C-terminal phosphopeptide from BACE 提交 2003-08-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–147（147 aa）片段：VHS domain, N-terminal domain	未记录	IOD IODIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG5000MME, Ammonium Iodide, 1,6-hexanediol, MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.245
1UJK VHS domain of human GGA1 complexed with C-terminal phosphopeptide from BACE 提交 2003-08-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–147（147 aa）片段：VHS domain, N-terminal domain 链 B 1–147（147 aa）片段：VHS domain, N-terminal domain	未记录	IOD IODIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG5000MME, Ammonium Iodide, 1,6-hexanediol, MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.245
1X79 Crystal structure of human GGA1 GAT domain complexed with the GAT-binding domain of Rabaptin5 提交 2004-08-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 210–302（93 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；AMMONIUM SULFATE, TRIS, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.41 Å R-free 0.283
2DWX Co-crystal Structure Analysis of GGA1-GAE with the WNSF motif 提交 2006-08-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 507–639（133 aa）片段：GAE DOMAIN, RESIDUES 507-639 链 P 376–388（13 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, DI-AMMONIUM TARTRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.55 Å R-free 0.287
2DWX Co-crystal Structure Analysis of GGA1-GAE with the WNSF motif 提交 2006-08-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 507–639（133 aa）片段：GAE DOMAIN, RESIDUES 507-639	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, DI-AMMONIUM TARTRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.55 Å R-free 0.287
2DWX Co-crystal Structure Analysis of GGA1-GAE with the WNSF motif 提交 2006-08-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 507–639（133 aa）片段：GAE DOMAIN, RESIDUES 507-639 链 Q 376–388（13 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, DI-AMMONIUM TARTRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.55 Å R-free 0.287
2DWX Co-crystal Structure Analysis of GGA1-GAE with the WNSF motif 提交 2006-08-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 507–639（133 aa）片段：GAE DOMAIN, RESIDUES 507-639	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, DI-AMMONIUM TARTRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.55 Å R-free 0.287
2DWY Crystal Structure Analysis of GGA1-GAE 提交 2006-08-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 507–639（133 aa）片段：GAE DOMAIN, RESIDUES 507-639	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, DI-AMMONIUM TARTRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.257
2DWY Crystal Structure Analysis of GGA1-GAE 提交 2006-08-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 507–639（133 aa）片段：GAE DOMAIN, RESIDUES 507-639	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, DI-AMMONIUM TARTRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.257
2DWY Crystal Structure Analysis of GGA1-GAE 提交 2006-08-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 507–639（133 aa）片段：GAE DOMAIN, RESIDUES 507-639	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, DI-AMMONIUM TARTRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.257
2DWY Crystal Structure Analysis of GGA1-GAE 提交 2006-08-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 507–639（133 aa）片段：GAE DOMAIN, RESIDUES 507-639	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, DI-AMMONIUM TARTRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.257
2DWY Crystal Structure Analysis of GGA1-GAE 提交 2006-08-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 507–639（133 aa）片段：GAE DOMAIN, RESIDUES 507-639 链 D 507–639（133 aa）片段：GAE DOMAIN, RESIDUES 507-639	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, DI-AMMONIUM TARTRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.257
2DWY Crystal Structure Analysis of GGA1-GAE 提交 2006-08-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 507–639（133 aa）片段：GAE DOMAIN, RESIDUES 507-639 链 B 507–639（133 aa）片段：GAE DOMAIN, RESIDUES 507-639	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, DI-AMMONIUM TARTRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.257
3G2S VHS Domain of human GGA1 complexed with SorLA C-terminal Peptide 提交 2009-02-01	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–147（147 aa）片段：VHS Domain (N-terminal domain)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；15%(w/v) PEG 5000 mmE, 0.2M NH4I, 0.3M 1,6-hexanediol, 0.1M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 1.70 Å R-free 0.226
3G2S VHS Domain of human GGA1 complexed with SorLA C-terminal Peptide 提交 2009-02-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–147（147 aa）片段：VHS Domain (N-terminal domain)	未记录	HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；15%(w/v) PEG 5000 mmE, 0.2M NH4I, 0.3M 1,6-hexanediol, 0.1M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 1.70 Å R-free 0.226
3G2T VHS Domain of human GGA1 complexed with SorLA C-terminal Phosphopeptide 提交 2009-02-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–147（147 aa）片段：VHS Domain (N-terminal domain)	未记录	IOD IODIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；18%(w/v) PEG 5000 MME, 0.2M NH4I, 0.1M TRIS-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.00 Å R-free 0.233
3G2T VHS Domain of human GGA1 complexed with SorLA C-terminal Phosphopeptide 提交 2009-02-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–147（147 aa）片段：VHS Domain (N-terminal domain)	未记录	IOD IODIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；18%(w/v) PEG 5000 MME, 0.2M NH4I, 0.1M TRIS-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.00 Å R-free 0.233
3G2U VHS Domain of human GGA1 complexed with Sotilin C-terminal Peptide 提交 2009-02-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–147（147 aa）片段：VHS Domain (N-terminal domain)	未记录	IOD IODIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；15%(w/v) PEG 5000 mmE, 0.2M NH4I, 0.3M 1,6-hexanediol, 0.1M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.30 Å R-free 0.246
3G2U VHS Domain of human GGA1 complexed with Sotilin C-terminal Peptide 提交 2009-02-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–147（147 aa）片段：VHS Domain (N-terminal domain)	未记录	IOD IODIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；15%(w/v) PEG 5000 mmE, 0.2M NH4I, 0.3M 1,6-hexanediol, 0.1M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.30 Å R-free 0.246
3G2V VHS Domain of human GGA1 complexed with Sotilin C-terminal Phosphopeptide 提交 2009-02-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–147（147 aa）片段：VHS Domain (N-terminal domain)	未记录	IOD IODIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；16%(w/v) PEG 5000 mmE, 0.2M NH4I, 0.3M 1,6-hexanediol, 0.1M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.10 Å R-free 0.244
3G2V VHS Domain of human GGA1 complexed with Sotilin C-terminal Phosphopeptide 提交 2009-02-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–147（147 aa）片段：VHS Domain (N-terminal domain)	未记录	IOD IODIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；16%(w/v) PEG 5000 mmE, 0.2M NH4I, 0.3M 1,6-hexanediol, 0.1M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.10 Å R-free 0.244
3G2W VHS Domain of human GGA1 complexed with a DXXLL hinge peptide 提交 2009-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–147（147 aa）片段：VHS Domain (N-terminal domain) 链 C 351–364（14 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；15%(w/v) PEG 5000 mmE, 0.2M NH4I, 0.3M 1,6-hexanediol, 0.1M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.40 Å R-free 0.259
3G2W VHS Domain of human GGA1 complexed with a DXXLL hinge peptide 提交 2009-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–147（147 aa）片段：VHS Domain (N-terminal domain) 链 D 351–364（14 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；15%(w/v) PEG 5000 mmE, 0.2M NH4I, 0.3M 1,6-hexanediol, 0.1M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.40 Å R-free 0.259

共 19 个其他 PDB 条目、37 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GGA1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–154； UniProt 494–639 作者链 B； PDB构建体 9–154； UniProt 494–639

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1om9
沉积日期 deposition_date	2003-02-25
结构标题 title	Structure of the GGA1-appendage in complex with the p56 binding peptide
关键词 keywords	beta sandwich, beta augmentation, GGA, adaptin, clathrin adaptor, PROTEIN TRANSPORT, SIGNALING PROTEIN; PROTEIN TRANSPORT, SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.49 Å
零角强度 I(0) i0	18009100.00
分子量 molecular_weight	33711.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42914 Å³
包络体积 envelope_volume	52146 Å³
水化壳体积 shell_volume	20821 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.1 Å
壳层 Rg shell_rg	27.51 Å
包络 Rg envelope_rg	21.70 Å
形状 Rg shape_rg	21.44 Å
总 Rg total_rg	22.48 Å
总原子数 total_atoms	2380
残基数 n_residues	305
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.7 Å
Rg (实空间) rg_real	22.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8010e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5480e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18010000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8874
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.411
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.294
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6318000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.864; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.953

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ADP-ribosylation factor binding protein GGA1
分子量 formula_weight	17323.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2446

MHHHHHHMELSLASITVPLESIKPSNILPVTVYDQHGFRILFHFARDPLPGRSDVLVVVVSMLSTAPQPIRNIVFQSAVPKVMKVKLQPPSGTELPAFNPIVHPSAITQVLLLANPQKEKVRLRYKLTFTMGDQTYNEMGDVDQFPPPETWGSL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	15-mer peptide fragment of p56
分子量 formula_weight	1650.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q

DDDDFGGFEAAETFD

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	66

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1om9a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.10 — Clathrin adaptor appendage domain
家族 Family family	b.1.10.2 — gamma-adaptin C-terminal appendage domain-like

结构域编号 domain_id	d1om9b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.10 — Clathrin adaptor appendage domain
家族 Family family	b.1.10.2 — gamma-adaptin C-terminal appendage domain-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1om9A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1230 — Gamma-adaptin ear (GAE) domain

结构域编号 domain_id	1om9B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1230 — Gamma-adaptin ear (GAE) domain

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	61.414 Å
晶胞边长 b length_b	61.414 Å
晶胞边长 c length_c	145.008 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2157
R_work r_work	0.2134
R_free r_free	0.2620

fit	/app/data/saxs_computation/om/1om9/1om9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/om/1om9/1om9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/om/1om9/1om9.dat

Structure of the GGA1-appendage in complex with the p56 binding peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-ribosylation factor binding protein GGA1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)