← 返回搜索
1ooj

Structural genomics of Caenorhabditis elegans : Calmodulin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 70.1 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calmodulin CMD-1

Caenorhabditis elegans

UniProt O16305

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–149 未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；295 K；PH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295.0K, RESERVOIR: MPD, PEG3350, DIOXANE, 5 MM CACL2, 50 MM CITRATE, PH 5.7, PROTEIN STOCK: 5 MG/ML IN 5 MM CACL2, 5 MM CACODYLATE, PH 6, DROPS: 5 MICROLITERS OF PROTEIN STOCK SOLUTION, 5 MICROLITERS OF RESERVOIR. 分辨率 2.11 Å R-free 0.271

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1OOJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5H7D Crystal structure of the YgjG-protein A-Zpa963-calmodulin complex 提交 2016-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 13–75（63 aa） 片段：RESIDUES 104-156,157-219 (UNP RESIDUES 13-75)
链 F 13–75（63 aa） 片段：RESIDUES 104-156,157-219 (UNP RESIDUES 13-75)
链 G 13–75（63 aa） 片段：RESIDUES 104-156,157-219 (UNP RESIDUES 13-75)
链 H 13–75（63 aa） 片段：RESIDUES 104-156,157-219 (UNP RESIDUES 13-75)
未记录 CA CALCIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；296 K；0.1M HEPES pH 7.5, 20.7% PEG 300, 99mM calcium chloride
分辨率 2.57 Å R-free 0.241
5H7D Crystal structure of the YgjG-protein A-Zpa963-calmodulin complex 提交 2016-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 K 13–75（63 aa） 片段：RESIDUES 104-156,157-219 (UNP RESIDUES 13-75)
链 L 13–75（63 aa） 片段：RESIDUES 104-156,157-219 (UNP RESIDUES 13-75)
链 O 13–75（63 aa） 片段：RESIDUES 104-156,157-219 (UNP RESIDUES 13-75)
链 P 13–75（63 aa） 片段：RESIDUES 104-156,157-219 (UNP RESIDUES 13-75)
未记录 CA CALCIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；296 K；0.1M HEPES pH 7.5, 20.7% PEG 300, 99mM calcium chloride
分辨率 2.57 Å R-free 0.241

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CALM_CAEEL
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ooj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ooj
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ooj
沉积日期 deposition_date2003-03-03
结构标题 titleStructural genomics of Caenorhabditis elegans : Calmodulin
关键词 keywords;Structural genomics, Calmodulin, PSI, Protein Structure Initiative, Southeast Collaboratory for Structural Genomics, SECSG, METAL BINDING PROTEIN ;; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.24 Å
零角强度 I(0) i05179590.00
分子量 molecular_weight16055.0 kDa
排除体积 excluded_volume19627 ų
包络体积 envelope_volume26367 ų
水化壳体积 shell_volume10890 ų
包络直径 envelope_diameter69.9 Å
壳层 Rg shell_rg26.43 Å
包络 Rg envelope_rg21.50 Å
形状 Rg shape_rg22.23 Å
总 Rg total_rg22.83 Å
总原子数 total_atoms1115
残基数 n_residues141
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax70.1 Å
Rg (实空间) rg_real23.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real5.1800e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.6070e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5179000.0000
解质量估计 total_estimate0.8094
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary18.1 Å
偏度 Skewness skewness0.289
峰度 Kurtosis kurtosis-0.975
角度范围 angular_range— – 0.3500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha283900.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.704; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.519; Smooth: 0.889
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1ooja_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.5 — Calmodulin-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1oojA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id1oojA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)