SAXSdb — 1otx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Purine nucleoside phosphorylase

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–238 链 B； UniProt 1–238 链 C； UniProt 1–238	突变：M64V	PO4 PHOSPHATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；295 K；50mM sodium citrate, 30%ammonium sulfate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1OTX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A69 PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE IN COMPLEX WITH FORMYCIN B AND SULPHATE (PHOSPHATE) 提交 1998-03-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–238（238 aa）链 B 1–238（238 aa）链 C 1–238（238 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 FMB FORMYCIN B × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.3；28-35% AMMONIUM SULPHATE, 50 MM CITRATE BUFFER, PH 5.2-5.4, pH 5.3	分辨率 2.10 Å
1ECP PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE 提交 1995-07-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–238（238 aa）链 B 1–238（238 aa）链 C 1–238（238 aa）链 D 1–238（238 aa）链 E 1–238（238 aa）链 F 1–238（238 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.290
1K9S PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE FROM E. COLI IN COMPLEX WITH FORMYCIN A DERIVATIVE AND PHOSPHATE 提交 2001-10-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–237（237 aa）链 B 1–237（237 aa）链 C 1–237（237 aa）链 D 1–237（237 aa）链 E 1–237（237 aa）链 F 1–237（237 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 6 FM2 2-(7-AMINO-6-METHYL-3H-PYRAZOLO[4,3-D]PYRIMIDIN-3-YL)-5-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-FURAN-3,4-DIOL × 3 FM1 2-HYDROXYMETHYL-5-(7-METHYLAMINO-3H-PYRAZOLO[4,3-D]PYRIMIDIN-3-YL)-TETRAHYDRO-FURAN-3,4-DIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；28-35% ammonium sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.184
1OTY Native PNP +ALLO 提交 2003-03-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–238（238 aa）链 B 1–238（238 aa）链 C 1–238（238 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 6 6MP 6-METHYLPURINE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；295 K；50mM sodium citrate, 30% ammonium sulfate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.236
1OU4 Native PNP +Talo 提交 2003-03-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–238（238 aa）链 B 1–238（238 aa）链 C 1–238（238 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 6 6MP 6-METHYLPURINE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；295 K；50mM sodium Citrate, 30% ammonium sulfate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.244
1OUM M64V PNP +Talo 提交 2003-03-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–238（238 aa）链 B 1–238（238 aa）链 C 1–238（238 aa）	突变：M64V 突变：M64V 突变：M64V	TAL 9-(6-DEOXY-ALPHA-L-TALOFURANOSYL)-6-METHYLPURINE × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；295 K；50mM sodium citrate, 30% ammonium sulfate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.260
1OV6 M64V PNP + ALLO 提交 2003-03-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–238（238 aa）片段：Purine Nuleoside Phosphorylase 链 B 1–238（238 aa）片段：Purine Nuleoside Phosphorylase 链 C 1–238（238 aa）片段：Purine Nuleoside Phosphorylase	突变：M64V 突变：M64V 突变：M64V	PO4 PHOSPHATE ION × 6 DBM 9-(6-DEOXY-BETA-D-ALLOFURANOSYL)-6-METHYLPURINE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；295 K；50mM sodium citrate, 30% ammonium sulfate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.258
1OVG M64V PNP +MePdr 提交 2003-03-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–238（238 aa）链 B 1–238（238 aa）链 C 1–238（238 aa）	突变：M64V 突变：M64V 突变：M64V	PO4 PHOSPHATE ION × 6 MDR 9-(2-DEOXY-BETA-D-RIBOFURANOSYL)-6-METHYLPURINE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；295 K；50mM sodium citrate, 30% ammonium sulfate , pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.259
3UT6 Crystal structure of E. Coli PNP complexed with PO4 and formycin A 提交 2011-11-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–238（237 aa）链 B 2–238（237 aa）链 C 2–238（237 aa）	未记录	FMC (1S)-1-(7-amino-1H-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-3-yl)-1,4-anhydro-D-ribitol × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 5.2；291 K；50mM citrate buffer, 35% ammonium phosphate (w/v), pH 5.2, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.187
4TTI Crystal structure of double mutant E. Coli purine nucleoside phosphorylase with 4 FMC molecules 提交 2014-06-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：Hexameric	链 A 2–238（237 aa）链 B 2–238（237 aa）链 C 2–238（237 aa）链 D 2–238（237 aa）链 E 2–238（237 aa）链 F 2–238（237 aa）	未记录	FMC (1S)-1-(7-amino-1H-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-3-yl)-1,4-anhydro-D-ribitol × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 6 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；291 K；50 mM citric buffer, 34 % ammonium sulphate	分辨率 1.89 Å R-free 0.210
4TTJ Crystal structure of double mutant E. Coli purine nucleoside phosphorylase with 6 FMC molecules 提交 2014-06-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：Hexameric	链 A 2–238（237 aa）链 B 2–238（237 aa）链 D 2–238（237 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 6 FMC (1S)-1-(7-amino-1H-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-3-yl)-1,4-anhydro-D-ribitol × 6 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；291 K；50 mM citric buffer, 32 % ammonium sulphate	分辨率 1.87 Å R-free 0.194
5IU6 Crystal structure of E.coli purine nucleoside phosphorylase with 7-deazahypoxanthine 提交 2016-03-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–238（237 aa）链 B 2–238（237 aa）链 C 2–238（237 aa）	未记录	7HX 7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-ol × 6 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；294 K；AMMONIUM SULPHATE	分辨率 2.51 Å R-free 0.200
6XZ2 Crystal structure of E. Coli purine nucleoside phosphorylase mutant Y160W with SO4 and Formycin A 提交 2020-01-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–238（237 aa）链 B 2–238（237 aa）链 C 2–238（237 aa）	突变：Y160W 突变：Y160W 突变：Y160W	SO4 SULFATE ION × 6 FMC (1S)-1-(7-amino-1H-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-3-yl)-1,4-anhydro-D-ribitol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；291 K；50 mM citrate buffer pH 5.2, 14 % ammonium sulphate (w/v)	分辨率 1.65 Å R-free 0.192
6XZ2 Crystal structure of E. Coli purine nucleoside phosphorylase mutant Y160W with SO4 and Formycin A 提交 2020-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–238（237 aa）链 B 2–238（237 aa）链 C 2–238（237 aa）	突变：Y160W 突变：Y160W 突变：Y160W	SO4 SULFATE ION × 3 FMC (1S)-1-(7-amino-1H-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-3-yl)-1,4-anhydro-D-ribitol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；291 K；50 mM citrate buffer pH 5.2, 14 % ammonium sulphate (w/v)	分辨率 1.65 Å R-free 0.192
9FPE Wild type Purine Nucleoside Phosphorylase from E.coli in complex with N2,3-etheno-2-aminopurine 提交 2024-06-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–239（239 aa）链 B 1–239（239 aa）链 C 1–239（239 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 6 A1IEC N,2,3-etheno-2-aminopurine × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 6 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；291 K；Citrate buffer pH 5.2, amonium sulphate 15% w/v	分辨率 1.35 Å R-free 0.213
9FXE D204N mutant of Purine Nucleoside Phosphorylase from E.coli in complex with N2,3-etheno-2-aminopurine 提交 2024-07-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–239（239 aa）链 B 1–239（239 aa）链 C 1–239（239 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 6 A1IEC N,2,3-etheno-2-aminopurine × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；291 K；Citrate buffer pH 5.2, amonium sulphate 24% w/v	分辨率 2.12 Å R-free 0.233

共 15 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DEOD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238 作者链 B； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238 作者链 C； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1otx
沉积日期 deposition_date	2003-03-23
结构标题 title	Purine Nucleoside Phosphorylase M64V mutant
关键词 keywords	empty, PNP, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.48 Å
零角强度 I(0) i0	95698100.00
分子量 molecular_weight	77054.0 kDa
排除体积 excluded_volume	96206 Å³
包络体积 envelope_volume	126100 Å³
水化壳体积 shell_volume	32965 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.8 Å
壳层 Rg shell_rg	38.55 Å
包络 Rg envelope_rg	32.44 Å
形状 Rg shape_rg	33.49 Å
总 Rg total_rg	33.86 Å
总原子数 total_atoms	5389
残基数 n_residues	710
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.4 Å
Rg (实空间) rg_real	33.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.5700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	95700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8220
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	55.0 Å
偏度 Skewness skewness	-0.022
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.920
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21180000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.904; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Purine nucleoside phosphorylase
分子量 formula_weight	25818.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.1
突变 mutation	M64V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	5581

ATPHINAEMGDFADVVLMPGDPLRAKYIAETFLEDAREVNNVRGMLGFTGTYKGRKISVMGHGVGIPSCSIYTKELITDFGVKKIIRVGSCGAVLPHVKLRDVVIGMGACTDSKVNRIRFKDHDFAAIADFDMVRNAVDAAKALGIDARVGNLFSADLFYSPDGEMFDVMEKYGILGVEMEAAGIYGVAAEFGAKALTICTVSDHIRTHEQTTAAERQTTFNDMIKIALESVLLGDKE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	191

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1otxa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.56.2 — Purine and uridine phosphorylases
家族 Family family	c.56.2.1 — Purine and uridine phosphorylases

结构域编号 domain_id	d1otxb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.56.2 — Purine and uridine phosphorylases
家族 Family family	c.56.2.1 — Purine and uridine phosphorylases

结构域编号 domain_id	d1otxc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.56.2 — Purine and uridine phosphorylases
家族 Family family	c.56.2.1 — Purine and uridine phosphorylases

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1otxA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1580 — Nucleoside phosphorylase domain

结构域编号 domain_id	1otxB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1580 — Nucleoside phosphorylase domain

结构域编号 domain_id	1otxC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1580 — Nucleoside phosphorylase domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	119.770 Å
晶胞边长 b length_b	119.770 Å
晶胞边长 c length_c	240.030 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	24.360 Å
R 因子 r_factor	0.2030
R_work r_work	0.2030
R_free r_free	0.2470

fit	/app/data/saxs_computation/ot/1otx/1otx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ot/1otx/1otx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ot/1otx/1otx.dat

Purine Nucleoside Phosphorylase M64V mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Purine nucleoside phosphorylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction