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1p35

CRYSTAL STRUCTURE OF BACULOVIRUS P35

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 133.8 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

P35

Autographa californica nucleopolyhedrovirus

UniProt P08160

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–299 链 C； UniProt 2–299 未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7.0 分辨率 2.20 Å R-free 0.262
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 2–299 未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7.0 分辨率 2.20 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1P35 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1I3P THE 3.1 ANGSTROM RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTATED BACULOVIRUS P35 AFTER CASPASE CLEAVAGE 提交 2001-02-15 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–299（298 aa）
突变：V71P 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；9-13% PEG 20,000, 100-400 mM NaCl, 100 mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.10 Å R-free 0.291
1I3S THE 2.7 ANGSTROM RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTATED BACULOVIRUS P35 AFTER CASPASE CLEAVAGE 提交 2001-02-15 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–299（298 aa）
突变：YES DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；9-13% PEG 20,000, 100-400 mM NaCl, 100 mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.258
1I3S THE 2.7 ANGSTROM RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTATED BACULOVIRUS P35 AFTER CASPASE CLEAVAGE 提交 2001-02-15 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–299（298 aa）
突变：YES DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；9-13% PEG 20,000, 100-400 mM NaCl, 100 mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.258
1I3S THE 2.7 ANGSTROM RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTATED BACULOVIRUS P35 AFTER CASPASE CLEAVAGE 提交 2001-02-15 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 2–299（298 aa）
突变：YES DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；9-13% PEG 20,000, 100-400 mM NaCl, 100 mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.258
1I4E CRYSTAL STRUCTURE OF THE CASPASE-8/P35 COMPLEX 提交 2001-02-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–299（298 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.00 Å R-free 0.296
1I4E CRYSTAL STRUCTURE OF THE CASPASE-8/P35 COMPLEX 提交 2001-02-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–299（298 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.00 Å R-free 0.296
2FUN alternative p35-caspase-8 complex 提交 2006-01-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–299（298 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7, temperature 295K
分辨率 3.00 Å R-free 0.260
2FUN alternative p35-caspase-8 complex 提交 2006-01-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 2–299（298 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7, temperature 295K
分辨率 3.00 Å R-free 0.260

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VP35_NPVAC
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–298； UniProt 2–299 作者链 B； PDB构建体 1–298； UniProt 2–299 作者链 C； PDB构建体 1–298； UniProt 2–299

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1p35

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1p35
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1p35
沉积日期 deposition_date1998-09-18
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF BACULOVIRUS P35
关键词 keywordsAPOPTOSIS, P35, CELL DEATH, BACULOVIRUS; APOPTOSIS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.88 Å
零角强度 I(0) i0159489000.00
分子量 molecular_weight103280.0 kDa
排除体积 excluded_volume129820 ų
包络体积 envelope_volume182640 ų
水化壳体积 shell_volume41336 ų
包络直径 envelope_diameter142.7 Å
壳层 Rg shell_rg41.93 Å
包络 Rg envelope_rg38.61 Å
形状 Rg shape_rg38.87 Å
总 Rg total_rg39.12 Å
总原子数 total_atoms7271
残基数 n_residues892
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax133.8 Å
Rg (实空间) rg_real39.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.05 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5950e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9490e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal159500000.0000
解质量估计 total_estimate0.6235
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary32.6 Å
偏度 Skewness skewness0.460
峰度 Kurtosis kurtosis-0.384
角度范围 angular_range— – 0.2050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha36580000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.794; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.035; Positv: 1.000; Valcen: 0.805; Smooth: 0.809
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1p35a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.28 — Baculovirus p35 protein
超家族 Superfamily superfamilyb.28.1 — Baculovirus p35 protein
家族 Family familyb.28.1.1 — Baculovirus p35 protein
结构域编号 domain_idd1p35b_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.28 — Baculovirus p35 protein
超家族 Superfamily superfamilyb.28.1 — Baculovirus p35 protein
家族 Family familyb.28.1.1 — Baculovirus p35 protein
结构域编号 domain_idd1p35c_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.28 — Baculovirus p35 protein
超家族 Superfamily superfamilyb.28.1 — Baculovirus p35 protein
家族 Family familyb.28.1.1 — Baculovirus p35 protein

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1p35A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology250 — Baculovirus p35
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Baculovirus p35
结构域编号 domain_id1p35B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology250 — Baculovirus p35
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Baculovirus p35
结构域编号 domain_id1p35C00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology250 — Baculovirus p35
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Baculovirus p35
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)