SAXSdb — 1p5y

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coat protein VP2

Canine parvovirus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 60 PDB 声明：complete icosahedral assembly（60）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 37–584	片段：SEQUENCE DATABASE RESIDUES 190-737 突变：N93D	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；PEG8000, CaCl2, Tris.HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.253
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 37–584	片段：SEQUENCE DATABASE RESIDUES 190-737 突变：N93D	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；PEG8000, CaCl2, Tris.HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.253
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 37–584	片段：SEQUENCE DATABASE RESIDUES 190-737 突变：N93D	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；PEG8000, CaCl2, Tris.HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.253
4	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 37–584	片段：SEQUENCE DATABASE RESIDUES 190-737 突变：N93D	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；PEG8000, CaCl2, Tris.HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.253
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 37–584	片段：SEQUENCE DATABASE RESIDUES 190-737 突变：N93D	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；PEG8000, CaCl2, Tris.HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.253
6	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric（60）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 37–584	片段：SEQUENCE DATABASE RESIDUES 190-737 突变：N93D	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；PEG8000, CaCl2, Tris.HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1P5Y	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C8D CANINE PANLEUKOPENIA VIRUS EMPTY CAPSID STRUCTURE 提交 2000-05-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：complete icosahedral assembly	链 A 1–584（584 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 60	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.75-1.5% PEG8000, 20 mM TRIS pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.00 Å
1C8D CANINE PANLEUKOPENIA VIRUS EMPTY CAPSID STRUCTURE 提交 2000-05-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–584（584 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.75-1.5% PEG8000, 20 mM TRIS pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.00 Å
1C8D CANINE PANLEUKOPENIA VIRUS EMPTY CAPSID STRUCTURE 提交 2000-05-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–584（584 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.75-1.5% PEG8000, 20 mM TRIS pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.00 Å
1C8D CANINE PANLEUKOPENIA VIRUS EMPTY CAPSID STRUCTURE 提交 2000-05-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–584（584 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.75-1.5% PEG8000, 20 mM TRIS pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.00 Å
1C8D CANINE PANLEUKOPENIA VIRUS EMPTY CAPSID STRUCTURE 提交 2000-05-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–584（584 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.75-1.5% PEG8000, 20 mM TRIS pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.00 Å
1C8D CANINE PANLEUKOPENIA VIRUS EMPTY CAPSID STRUCTURE 提交 2000-05-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–584（584 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 60	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.75-1.5% PEG8000, 20 mM TRIS pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.00 Å
1IJS CPV (STRAIN D) mutant A300D, complex (VIRAL COAT/DNA), VP2, PH=7.5, T=4 DEGREES C 提交 1996-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：180-MERIC	链 P 1–584（584 aa）	突变：A300D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.75% PEG8000, 10MM TRIS-HCL, 8MM CACL2.2H2O, PH=7.5	分辨率 3.25 Å
1IJS CPV (STRAIN D) mutant A300D, complex (VIRAL COAT/DNA), VP2, PH=7.5, T=4 DEGREES C 提交 1996-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 P 1–584（584 aa）	突变：A300D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.75% PEG8000, 10MM TRIS-HCL, 8MM CACL2.2H2O, PH=7.5	分辨率 3.25 Å
1IJS CPV (STRAIN D) mutant A300D, complex (VIRAL COAT/DNA), VP2, PH=7.5, T=4 DEGREES C 提交 1996-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentadecameric	链 P 1–584（584 aa）	突变：A300D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.75% PEG8000, 10MM TRIS-HCL, 8MM CACL2.2H2O, PH=7.5	分辨率 3.25 Å
1IJS CPV (STRAIN D) mutant A300D, complex (VIRAL COAT/DNA), VP2, PH=7.5, T=4 DEGREES C 提交 1996-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：octadecameric	链 P 1–584（584 aa）	突变：A300D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.75% PEG8000, 10MM TRIS-HCL, 8MM CACL2.2H2O, PH=7.5	分辨率 3.25 Å
1IJS CPV (STRAIN D) mutant A300D, complex (VIRAL COAT/DNA), VP2, PH=7.5, T=4 DEGREES C 提交 1996-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 P 1–584（584 aa）	突变：A300D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.75% PEG8000, 10MM TRIS-HCL, 8MM CACL2.2H2O, PH=7.5	分辨率 3.25 Å
1IJS CPV (STRAIN D) mutant A300D, complex (VIRAL COAT/DNA), VP2, PH=7.5, T=4 DEGREES C 提交 1996-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：180-meric	链 P 1–584（584 aa）	突变：A300D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.75% PEG8000, 10MM TRIS-HCL, 8MM CACL2.2H2O, PH=7.5	分辨率 3.25 Å

共 2 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COAT_PAVC2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–548； UniProt 37–584

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1p5y
沉积日期 deposition_date	2003-04-28
结构标题 title	The structures of host range controlling regions of the capsids of canine and feline parvoviruses and mutants
关键词 keywords	parvovirade, CPV, FPV, Icosahedral virus, Virus; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.32 Å
零角强度 I(0) i0	62859100.00
分子量 molecular_weight	61227.0 kDa
排除体积 excluded_volume	76254 Å³
包络体积 envelope_volume	107010 Å³
水化壳体积 shell_volume	32403 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.3 Å
壳层 Rg shell_rg	34.28 Å
包络 Rg envelope_rg	28.80 Å
形状 Rg shape_rg	28.27 Å
总 Rg total_rg	29.07 Å
总原子数 total_atoms	4328
残基数 n_residues	545
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.3 Å
Rg (实空间) rg_real	29.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.2860e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.8440e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	62860000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8451
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.513
峰度 Kurtosis kurtosis	0.101
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7367000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.751; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.937; Smooth: 0.791

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Coat protein VP2
分子量 formula_weight	61564.4 kDa
突变 mutation	N93D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4393

GVGISTGTFNNQTEFKFLENGWVEITANSSRLVHLNMPESENYRRVVVNNMDKTAVDGNMALDDIHAEIVTPWSLVDANAWGVWFNPGDWQLIVNTMSELHLVSFEQEIFNVVLKTVSESATQPPTKVYNNDLTASLMVALDSNNTMPFTPAAMRSETLGFYPWKPTIPTPWRYYFQWDRTLIPSHTGTSGTPTNIYHGTDPDDVQFYTIENSVPVHLLRTGDEFATGTFFFDCKPCRLTHTWQTNRALGLPPFLNSLPQSEGATNFGDIGVQQDKRRGVTQMGNTNYITEATIMRPAEVGYSAPYYSFEASTQGPFKTPIAAGRGGAQTDENQAADGNPRYAFGRQHGKKTTTTGETPERFTYIAHQDTGRYPEGDWIQNINFNLPVTNDNVLLPTDPIGGKTGINYTNIFNTYGPLTALNNVPPVYPNGQIWDKEFDTDLKPRLHVNAPFVCQNNCPGQLFVKVAPNLTNQYDPDASANMSRIVTYSDFWWKGKLVFKAKLRASHTWNPIQQMSINVDNQFNYVPSNIGGMKIVYEKSQLAPRKLY

来源 Source

来源生物 organism	Canine parvovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10788

实体 2 Entity 2 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	65

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1p5ya_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family family	b.121.5.2 — Parvoviridae-like VP

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1p5yA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	30 — Empty Capsid Viral Protein 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Parvovirus coat protein VP1/VP2

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8. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	440.450 Å
晶胞边长 b length_b	246.810 Å
晶胞边长 c length_c	443.650 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.54 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	240

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2520
R_free r_free	0.2530

fit	/app/data/saxs_computation/p5/1p5y/1p5y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p5/1p5y/1p5y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p5/1p5y/1p5y.dat

The structures of host range controlling regions of the capsids of canine and feline parvoviruses and mutants

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coat protein VP2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement