SAXSdb — 1p7t

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Malate synthase G

Escherichia coli str. K12 substr.

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–722	突变：S2A, C-terminal LEHHHHHH tag 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1 ACO ACETYL COENZYME A × 1 PYR* PYRUVIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.9；298 K；MgCl2, Tris, DTT, pyruvate, acetyl-Coenzyme A, HEPES, PEG-8000, sodium acetate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.294
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–722	突变：S2A, C-terminal LEHHHHHH tag 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1 ACO ACETYL COENZYME A × 1 PYR* PYRUVIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.9；298 K；MgCl2, Tris, DTT, pyruvate, acetyl-Coenzyme A, HEPES, PEG-8000, sodium acetate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.294

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1P7T	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1D8C MALATE SYNTHASE G COMPLEXED WITH MAGNESIUM AND GLYOXYLATE 提交 1999-10-22	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–722（722 aa）	突变：S2A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SOR sorbitol × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 5 GLV GLYOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；ammonium sulfate, sorbitol, imidazole, magnesium, DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å
1Y8B Solution NMR-Derived Global Fold of Malate Synthase G from E.coli 提交 2004-12-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–722（722 aa）	突变：S2A	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.1；310 K；离子强度（mmCIF原始值）25 mM sodium phosphate; 20 mM Magnesium Chloride；压力 ambient	分辨率未提供
2JQX Solution structure of Malate Synthase G from joint refinement against NMR and SAXS data 提交 2007-06-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–723（723 aa）	突变：S2A	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.1；293 K；离子强度（mmCIF原始值）170；压力 ambient NMR样品组成 0.17 mM [U-100% 15N], Ile CD1-[13CH3] MALATE SYNTHASE G, 20 mM sodium phosphate, 5 mM DTT, 150 mM sodium chloride, 100% H2O \| 100% H2O	分辨率未提供
7YQM 2.9-angstrom cryo-EM structure of Ecoli malate synthase G 提交 2022-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–723（723 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.89 Å
7YQN Crystal structure of Ecoli malate synthase G 提交 2022-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–723（723 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；19-22% PEG4000, 0.2M NaCl, 0.1M Tris pH 7.6-8.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.172
7YQN Crystal structure of Ecoli malate synthase G 提交 2022-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–723（723 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；19-22% PEG4000, 0.2M NaCl, 0.1M Tris pH 7.6-8.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.172

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MASZ_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–723； UniProt 1–722 作者链 B； PDB构建体 2–723； UniProt 1–722

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1p7t
沉积日期 deposition_date	2003-05-05
结构标题 title	Structure of Escherichia coli malate synthase G:pyruvate:acetyl-Coenzyme A abortive ternary complex at 1.95 angstrom resolution
关键词 keywords	TIM barrel, Glyoxylate cycle, Acetyl-COA, cysteine-sulfenic acid, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.09 Å
零角强度 I(0) i0	375697000.00
分子量 molecular_weight	155390.0 kDa
排除体积 excluded_volume	193170 Å³
包络体积 envelope_volume	237080 Å³
水化壳体积 shell_volume	51393 Å³
包络直径 envelope_diameter	142.9 Å
壳层 Rg shell_rg	43.89 Å
包络 Rg envelope_rg	39.24 Å
形状 Rg shape_rg	39.12 Å
总 Rg total_rg	39.22 Å
总原子数 total_atoms	10921
残基数 n_residues	1408
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	136.0 Å
Rg (实空间) rg_real	39.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.18 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7570e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.6650e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	375600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6187
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.504
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.266
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	87390000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.774; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.013; Positv: 1.000; Valcen: 0.873; Smooth: 0.805

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Malate synthase G
分子量 formula_weight	81652.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.3.9
突变 mutation	S2A, C-terminal LEHHHHHH tag
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	11504

MAQTITQSRLRIDANFKRFVDEEVLPGTGLDAAAFWRNFDEIVHDLAPENRQLLAERDRIQAALDEWHRSNPGPVKDKAAYKSFLRELGYLVPQPERVTVETTGIDSEITSQAGPQLVVPAMNARYALNAANARWGSLYDALYGSDIIPQEGAMVSGYDPQRGEQVIAWVRRFLDESLPLENGSYQDVVAFKVVDKQLRIQLKNGKETTLRTPAQFVGYRGDAAAPTCILLKNNGLHIELQIDANGRIGKDDPAHINDVIVEAAISTILDCEDSVAAVDAEDKILLYRNLLGLMQGTLQEKMEKNGRQIVRKLNDDRHYTAADGSEISLHGRSLLFIRNVGHLMTIPVIWDSEGNEIPEGILDGVMTGAIALYDLKVQKNSRTGSVYIVKPKMHGPQEVAFANKLFTRIETMLGMAPNTLKMGIMDEERRTSLNLRSCIAQARNRVAFINTGFLDRTGDEMHSVMEAGPMLRKNQMKSTPWIKAYERNNVLSGLFCGLRGKAQIGKGMWAMPDLMADMYSQKGDQLRAGANTAWVPSPTAATLHALHYHQTNVQSVQANIAQTEFNAEFEPLLDDLLTIPVAENANWSAQEIQQELDNNVQGILGYVVRWVEQGIGCSKVPDIHNVALMEDRATLRISSQHIANWLRHGILTKEQVQASLENMAKVVDQQNAGDPAYRPMAGNFANSCAFKAASDLIFLGVKQPNGYTEPLLHAWRLREKESHLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli str. K12 substr.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	316407
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Malate synthase G
分子量 formula_weight	81668.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.3.9
突变 mutation	S2A, C-terminal LEHHHHHH tag
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAQTITQSRLRIDANFKRFVDEEVLPGTGLDAAAFWRNFDEIVHDLAPENRQLLAERDRIQAALDEWHRSNPGPVKDKAAYKSFLRELGYLVPQPERVTVETTGIDSEITSQAGPQLVVPAMNARYALNAANARWGSLYDALYGSDIIPQEGAMVSGYDPQRGEQVIAWVRRFLDESLPLENGSYQDVVAFKVVDKQLRIQLKNGKETTLRTPAQFVGYRGDAAAPTCILLKNNGLHIELQIDANGRIGKDDPAHINDVIVEAAISTILDCEDSVAAVDAEDKILLYRNLLGLMQGTLQEKMEKNGRQIVRKLNDDRHYTAADGSEISLHGRSLLFIRNVGHLMTIPVIWDSEGNEIPEGILDGVMTGAIALYDLKVQKNSRTGSVYIVKPKMHGPQEVAFANKLFTRIETMLGMAPNTLKMGIMDEERRTSLNLRSCIAQARNRVAFINTGFLDRTGDEMHSVMEAGPMLRKNQMKSTPWIKAYERNNVLSGLFCGLRGKAQIGKGMWAMPDLMADMYSQKGDQLRAGANTAWVPSPTAATLHALHYHQTNVQSVQANIAQTEFNAEFEPLLDDLLTIPVAENANWSAQEIQQELDNNVQGILGYVVRWVEQGIGCSKVPDIHNVALMEDRATLRISSQHIANWLRHGILTKEQVQASLENMAKVVDQQNAGDPAYRPMAGNFANSCAFKAASDLIFLGVKQPNGYTEPLLHAWRLREKESHLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli str. K12 substr.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	316407
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETYL COENZYME *A
分子量 formula_weight	809.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PYRUVIC ACID
分子量 formula_weight	88.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	583

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1p7ta_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.13 — Malate synthase G
家族 Family family	c.1.13.1 — Malate synthase G

结构域编号 domain_id	d1p7tb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.13 — Malate synthase G
家族 Family family	c.1.13.1 — Malate synthase G

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1p7tA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Malate synthase, domain 3

结构域编号 domain_id	1p7tA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	170 — Malate synthase G - maily-beta sub-domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Malate synthase G - maily-beta sub-domain

结构域编号 domain_id	1p7tA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Malate Synthase G; Chain: A; Domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — Malate synthase, domain III

结构域编号 domain_id	1p7tB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Malate synthase, domain 3

结构域编号 domain_id	1p7tB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	170 — Malate synthase G - maily-beta sub-domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Malate synthase G - maily-beta sub-domain

结构域编号 domain_id	1p7tB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Malate Synthase G; Chain: A; Domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — Malate synthase, domain III

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.931 Å
晶胞边长 b length_b	107.394 Å
晶胞边长 c length_c	204.974 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	39.220 Å
R 因子 r_factor	0.1970
R_work r_work	0.1940
R_free r_free	0.2940

fit	/app/data/saxs_computation/p7/1p7t/1p7t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p7/1p7t/1p7t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p7/1p7t/1p7t.dat

Structure of Escherichia coli malate synthase G:pyruvate:acetyl-Coenzyme A abortive ternary complex at 1.95 angstrom resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Malate synthase G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)