1p7t

Structure of Escherichia coli malate synthase G:pyruvate:acetyl-Coenzyme A abortive ternary complex at 1.95 angstrom resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Malate synthase G

Escherichia coli str. K12 substr.

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	MAGNESIUM ION × 1 ACETYL COENZYME *A × 1 PYRUVIC ACID × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	MAGNESIUM ION × 1 ACETYL COENZYME *A × 1 PYRUVIC ACID × 1 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MASZ_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–723； UniProt 1–722 作者链 B； PDB构建体 2–723； UniProt 1–722

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1p7t
沉积日期 deposition_date	2003-05-05
结构标题 title	Structure of Escherichia coli malate synthase G:pyruvate:acetyl-Coenzyme A abortive ternary complex at 1.95 angstrom resolution
关键词 keywords	TIM barrel, Glyoxylate cycle, Acetyl-COA, cysteine-sulfenic acid, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1p7t__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1p7t__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1p7t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.89 Å
Rg（电子密度）	26.01 Å
总 Rg	26.64 Å
原子数	5479
残基数	705
排除体积	96882 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1p7t__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1p7t__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Malate synthase G
分子量 formula_weight	81652.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.3.9
突变 mutation	S2A, C-terminal LEHHHHHH tag
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	11504

MAQTITQSRLRIDANFKRFVDEEVLPGTGLDAAAFWRNFDEIVHDLAPENRQLLAERDRIQAALDEWHRSNPGPVKDKAAYKSFLRELGYLVPQPERVTVETTGIDSEITSQAGPQLVVPAMNARYALNAANARWGSLYDALYGSDIIPQEGAMVSGYDPQRGEQVIAWVRRFLDESLPLENGSYQDVVAFKVVDKQLRIQLKNGKETTLRTPAQFVGYRGDAAAPTCILLKNNGLHIELQIDANGRIGKDDPAHINDVIVEAAISTILDCEDSVAAVDAEDKILLYRNLLGLMQGTLQEKMEKNGRQIVRKLNDDRHYTAADGSEISLHGRSLLFIRNVGHLMTIPVIWDSEGNEIPEGILDGVMTGAIALYDLKVQKNSRTGSVYIVKPKMHGPQEVAFANKLFTRIETMLGMAPNTLKMGIMDEERRTSLNLRSCIAQARNRVAFINTGFLDRTGDEMHSVMEAGPMLRKNQMKSTPWIKAYERNNVLSGLFCGLRGKAQIGKGMWAMPDLMADMYSQKGDQLRAGANTAWVPSPTAATLHALHYHQTNVQSVQANIAQTEFNAEFEPLLDDLLTIPVAENANWSAQEIQQELDNNVQGILGYVVRWVEQGIGCSKVPDIHNVALMEDRATLRISSQHIANWLRHGILTKEQVQASLENMAKVVDQQNAGDPAYRPMAGNFANSCAFKAASDLIFLGVKQPNGYTEPLLHAWRLREKESHLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli str. K12 substr.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	316407
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Malate synthase G
分子量 formula_weight	81668.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.3.9
突变 mutation	S2A, C-terminal LEHHHHHH tag
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli str. K12 substr.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	316407
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETYL COENZYME *A
分子量 formula_weight	809.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PYRUVIC ACID
分子量 formula_weight	88.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	583

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1p7ta_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.13 — Malate synthase G
家族 Family family	c.1.13.1 — Malate synthase G

结构域编号 domain_id	d1p7tb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.13 — Malate synthase G
家族 Family family	c.1.13.1 — Malate synthase G

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1p7tA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Malate synthase, domain 3

结构域编号 domain_id	1p7tA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	170 — Malate synthase G - maily-beta sub-domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Malate synthase G - maily-beta sub-domain

结构域编号 domain_id	1p7tA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Malate Synthase G; Chain: A; Domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — Malate synthase, domain III

结构域编号 domain_id	1p7tB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Malate synthase, domain 3

结构域编号 domain_id	1p7tB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	170 — Malate synthase G - maily-beta sub-domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Malate synthase G - maily-beta sub-domain

结构域编号 domain_id	1p7tB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Malate Synthase G; Chain: A; Domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — Malate synthase, domain III

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晶胞边长 a length_a	73.931 Å
晶胞边长 b length_b	107.394 Å
晶胞边长 c length_c	204.974 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	39.220 Å
R 因子 r_factor	0.1970
R_work r_work	0.1940
R_free r_free	0.2940

Structure of Escherichia coli malate synthase G:pyruvate:acetyl-Coenzyme A abortive ternary complex at 1.95 angstrom resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Malate synthase G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1p7t__assembly_1__model_1

1p7t__assembly_1__model_1 | I(q)

1p7t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Escherichia coli malate synthase G:pyruvate:acetyl-Coenzyme A abortive ternary complex at 1.95 angstrom resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Malate synthase G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1p7t__assembly_1__model_1

1p7t__assembly_1__model_1 | I(q)

1p7t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)