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1p9l

Structure of M. tuberculosis dihydrodipicolinate reductase in complex with NADH and 2,6 PDC

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 93.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

dihydrodipicolinate reductase

Mycobacterium tuberculosis

UniProt P72024

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–245 链 B； UniProt 1–245 未记录 NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 4 PDC PYRIDINE-2,6-DICARBOXYLIC ACID × 4 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；ammonium Sulfate, PEG 400, Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.30 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1P9L Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1C3V DIHYDRODIPICOLINATE REDUCTASE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS COMPLEXED WITH NADPH AND PDC 提交 1999-07-28 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–245（245 aa）
链 B 1–245（245 aa）
未记录 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 PDC PYRIDINE-2,6-DICARBOXYLIC ACID × 4 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；ammonium sulfate, PEG400, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288.0K
分辨率 2.39 Å R-free 0.243
1YL5 Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis dihydrodipicolinate reductase (RV2773C) (crystal form A) 提交 2005-01-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–245（244 aa）
链 B 2–245（244 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；292 K；100 mM Tris/HCl, 20 % PEG 3350, 120 mM MgCl2 , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.30 Å R-free 0.249
1YL6 crystal structure of Mycobacterium tuberculosis dihydrodipicolinate reductase (Rv2773c) (crystal form B) 提交 2005-01-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–245（244 aa）
链 B 2–245（244 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；292 K；100 mM Tris/HCl, 24 % PEG 3350, 140 mM MgCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.90 Å R-free 0.257
1YL7 the crystal structure of Mycobacterium tuberculosis dihydrodipicolinate reductase (Rv2773c) in complex with NADH (crystal form C) 提交 2005-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–245（244 aa）
链 B 2–245（244 aa）
链 C 2–245（244 aa）
链 D 2–245（244 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；292 K；100 mM Tris/HCl, 26 % PEG 3350, 140 mM MgCl2 + 3 mM NADH in the protein solution, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.34 Å R-free 0.238
1YL7 the crystal structure of Mycobacterium tuberculosis dihydrodipicolinate reductase (Rv2773c) in complex with NADH (crystal form C) 提交 2005-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 2–245（244 aa）
链 F 2–245（244 aa）
链 G 2–245（244 aa）
链 H 2–245（244 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；292 K；100 mM Tris/HCl, 26 % PEG 3350, 140 mM MgCl2 + 3 mM NADH in the protein solution, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.34 Å R-free 0.238

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DAPB_MYCTU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245 作者链 B； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1p9l

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1p9l
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1p9l
沉积日期 deposition_date2003-05-12
结构标题 titleStructure of M. tuberculosis dihydrodipicolinate reductase in complex with NADH and 2,6 PDC
关键词 keywords;OXIDOREDUCTASE, REDUCTASE, LYSINE BIOSYNTHESIS, NADH BINDING SPECIFICITY, TB Structural Genomics Consortium, TBSGC, Structural Genomics, PSI, Protein Structure Initiative ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.73 Å
零角强度 I(0) i048246000.00
分子量 molecular_weight53251.0 kDa
排除体积 excluded_volume66454 ų
包络体积 envelope_volume80411 ų
水化壳体积 shell_volume26524 ų
包络直径 envelope_diameter97.3 Å
壳层 Rg shell_rg32.36 Å
包络 Rg envelope_rg26.67 Å
形状 Rg shape_rg26.72 Å
总 Rg total_rg27.37 Å
总原子数 total_atoms3749
残基数 n_residues490
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax93.0 Å
Rg (实空间) rg_real27.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.78 Å
I(0) (实空间) i0_real4.8250e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.7820e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal48240000.0000
解质量估计 total_estimate0.8670
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.3 Å
偏度 Skewness skewness0.485
峰度 Kurtosis kurtosis-0.313
角度范围 angular_range— – 0.2900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8900000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.803; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.907; Smooth: 0.952
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1p9la1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamilyc.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family familyc.2.1.3 — Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase-like, N-terminal domain
结构域编号 domain_idd1p9la2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.81 — FwdE/GAPDH domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.81.1 — Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase-like, C-terminal domain
家族 Family familyd.81.1.3 — Dihydrodipicolinate reductase-like
结构域编号 domain_idd1p9lb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamilyc.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family familyc.2.1.3 — Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase-like, N-terminal domain
结构域编号 domain_idd1p9lb2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.81 — FwdE/GAPDH domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.81.1 — Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase-like, C-terminal domain
家族 Family familyd.81.1.3 — Dihydrodipicolinate reductase-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1p9lA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id1p9lA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
结构域编号 domain_id1p9lB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id1p9lB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)