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1paq

CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC FRAGMENT OF EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 2B EPSILON

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 53.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Translation initiation factor eIF-2B epsilon subunit

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P32501

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 524–712 片段：catalytic domain, residues (524-712) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.75；277 K；PEG 2000MME, ammonium acetate, Tris-HCl, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.30 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1PAQ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6I3M eIF2B:eIF2 complex, phosphorylated on eIF2 alpha serine 52. 提交 2018-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 G 1–712（712 aa）
链 H 1–712（712 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solutions for sample preparation were made fresh, filter sterilized, and degassed.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 2 seconds before plunging
分辨率 3.93 Å
6I7T eIF2B:eIF2 complex 提交 2018-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 G 1–712（712 aa）
链 H 1–712（712 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solutions for sample preparation were made fresh, filter sterilized, and degassed.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 1 second before plunging
分辨率 4.61 Å
6QG0 Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model 1) 提交 2019-01-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 I 1–712（712 aa）
链 J 1–712（712 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.15 Å
6QG1 Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model 2) 提交 2019-01-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 I 1–712（712 aa）
链 J 1–712（712 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.25 Å
6QG2 Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model A) 提交 2019-01-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 I 1–712（712 aa）
链 J 1–712（712 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.55 Å
6QG3 Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model B) 提交 2019-01-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 I 1–712（712 aa）
链 J 1–712（712 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.40 Å
6QG5 Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model C) 提交 2019-01-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 I 1–712（712 aa）
链 J 1–712（712 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 10.10 Å
6QG6 Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model D) 提交 2019-01-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 I 1–712（712 aa）
链 J 1–712（712 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 10.40 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EI2BE_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–189； UniProt 524–712

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1paq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1paq
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1paq
沉积日期 deposition_date2003-05-14
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC FRAGMENT OF EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 2B EPSILON
关键词 keywordsheat repeat, aa motif, TRANSLATION; TRANSLATION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.40 Å
零角强度 I(0) i06818180.00
分子量 molecular_weight19230.0 kDa
排除体积 excluded_volume24055 ų
包络体积 envelope_volume26397 ų
水化壳体积 shell_volume14475 ų
包络直径 envelope_diameter51.2 Å
壳层 Rg shell_rg21.36 Å
包络 Rg envelope_rg15.69 Å
形状 Rg shape_rg15.39 Å
总 Rg total_rg16.52 Å
总原子数 total_atoms1341
残基数 n_residues156
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax53.2 Å
Rg (实空间) rg_real16.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real6.8180e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.2900e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6818000.0000
解质量估计 total_estimate0.8955
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary51.1 Å
偏度 Skewness skewness0.131
峰度 Kurtosis kurtosis-0.439
角度范围 angular_range— – 0.4700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1160000.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.893; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.962
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1paqa_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.1 — ARM repeat
家族 Family familya.118.1.14 — MIF4G domain-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1paqA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily180 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)