1pdw

Crystal structure of human DJ-1, P 1 21 1 space group

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 151.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DJ-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–189 链 B； UniProt 1–189	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；10% PEG3350, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.243
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–189 链 D； UniProt 1–189	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；10% PEG3350, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.243
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–189 链 F； UniProt 1–189	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；10% PEG3350, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.243
4	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–189 链 H； UniProt 1–189	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；10% PEG3350, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1PDW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1J42 Crystal Structure of Human DJ-1 提交 2003-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；295 K；sodium acetate, EVAPORATION, temperature 295K, pH 4-9, pH 6.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.249
1J42 Crystal Structure of Human DJ-1 提交 2003-02-26	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；295 K；sodium acetate, EVAPORATION, temperature 295K, pH 4-9, pH 6.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.249
1P5F Crystal Structure of Human DJ-1 提交 2003-04-26	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；PEG 400, tris-HCl, sodium citrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 23K	分辨率 1.10 Å R-free 0.161
1P5F Crystal Structure of Human DJ-1 提交 2003-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；PEG 400, tris-HCl, sodium citrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 23K	分辨率 1.10 Å R-free 0.161
1PDV Crystal structure of human DJ-1, P 31 2 1 space group 提交 2003-05-20	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；10% PEG3350, 100 mM Tris, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
1PE0 Crystal structure of the K130R mutant of human DJ-1 提交 2003-05-20	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）链 B 1–189（189 aa）	突变：K130R 突变：K130R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；20% PEG3350, 100 mM Bis-tris(7.0), 50 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.231
1Q2U Crystal structure of DJ-1/RS and implication on familial Parkinson's disease 提交 2003-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；12% PEG 3350, 0.1M Tris.base, 5% MPD, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.202
1Q2U Crystal structure of DJ-1/RS and implication on familial Parkinson's disease 提交 2003-07-26	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；12% PEG 3350, 0.1M Tris.base, 5% MPD, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.202
1SOA Human DJ-1 with sulfinic acid 提交 2004-03-13	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；peg 400, sodium citrate, tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.20 Å R-free 0.141
1UCF The Crystal Structure of DJ-1, a Protein Related to Male Fertility and Parkinson's Disease 提交 2003-04-11	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）链 B 1–189（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；sodium citrate, HEPES, DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.195
2OR3 Pre-oxidation Complex of Human DJ-1 提交 2007-02-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）链 B 1–189（189 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；28% PEG 4000, 200 mM ammonium sulfate, 50 mM sodium acetate, 2.5 mM epigallocatechin 3-gallate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.20 Å R-free 0.182
2R1T dopamine quinone conjugation to DJ-1 提交 2007-08-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–188（187 aa）链 B 2–188（187 aa）	突变：C106A 突变：C106A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；29% PEG4K, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 1.70 Å R-free 0.236
2R1U DJ-1 activation by catechol quinone modification 提交 2007-08-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–188（187 aa）链 B 2–188（187 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；29%PEG4K, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 1.50 Å R-free 0.195
2R1V Norepinephrine quinone conjugation to DJ-1 提交 2007-08-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–188（187 aa）链 B 2–188（187 aa）	突变：C106A 突变：C106A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；29% PEG4K, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 1.70 Å R-free 0.202
2RK3 Structure of A104T DJ-1 提交 2007-10-16	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：A104T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；30% PEG 3000, 100 mM HEPES, 200 mM NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.05 Å R-free 0.150
2RK4 Structure of M26I DJ-1 提交 2007-10-16	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：M26I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；30% PEG 3000, 100 mM HEPES, 200 mM NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.15 Å R-free 0.156
2RK6 Structure of E163K DJ-1 提交 2007-10-16	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：E163K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.5 M sodium citrate, 20 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.15 Å R-free 0.175
3B36 Structure of M26L DJ-1 提交 2007-10-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：M26I	CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；298 K；30% PEG 3000, 100 mM HEPES, 200 mM NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 7.50	分辨率 1.50 Å R-free 0.175
3B38 Structure of A104V DJ-1 提交 2007-10-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：A104V	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；30% PEG 3000, 100 mM HEPES, 200 mM NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.85 Å R-free 0.226
3B3A Structure of E163K/R145E DJ-1 提交 2007-10-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：E163K/R145E	CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；30% PEG 3000, 100 mM HEPES, 200 mM NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.203
3BWE Crystal structure of aggregated form of DJ1 提交 2008-01-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）链 B 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；EVAPORATION	分辨率 2.40 Å R-free 0.282
3BWE Crystal structure of aggregated form of DJ1 提交 2008-01-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–189（189 aa）链 D 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；EVAPORATION	分辨率 2.40 Å R-free 0.282
3BWE Crystal structure of aggregated form of DJ1 提交 2008-01-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–189（189 aa）链 F 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；EVAPORATION	分辨率 2.40 Å R-free 0.282
3BWE Crystal structure of aggregated form of DJ1 提交 2008-01-09	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；EVAPORATION	分辨率 2.40 Å R-free 0.282
3CY6 Crystal Structure of E18Q DJ-1 提交 2008-04-25	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：E18Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.5 M sodium citrate, 50 mM HEPES, 10 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.35 Å R-free 0.168
3CYF Crystal Structure of E18N DJ-1 提交 2008-04-25	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：E18N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；1.6 M sodium citrate, 50 mM HEPES, 10 mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.184
3CZ9 Crystal Structure of E18L DJ-1 提交 2008-04-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：E18L	P4C O-ACETALDEHYDYL-HEXAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.5 M sodium citrate, 50 mM HEPES, 10 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.15 Å R-free 0.140
3CZA Crystal Structure of E18D DJ-1 提交 2008-04-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：E18D	MLA MALONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.5 M sodium citrate, 50 mM HEPES, 10 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.20 Å R-free 0.164
3EZG Crystal structure of E18Q DJ-1 with oxidized C106 提交 2008-10-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：E18Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；298 K；30% PEG400, 50 mM HEPES, 125 mM sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.15 Å R-free 0.145
3F71 Crystal structure of E18D DJ-1 with oxidized C106 提交 2008-11-07	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：E18D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.5 M sodium citrate, 25 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.20 Å R-free 0.155
3SF8 Structural insights into thiol stabilization of DJ-1 提交 2011-06-13	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）链 B 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；293 K；45% (v/v) polyproylene glycol 400, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.56 Å R-free 0.211
4BTE DJ-1 Cu(I) complex 提交 2013-06-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	CU1 COPPER (I) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.38 Å R-free 0.150
4MNT Crystal structure of human DJ-1 in complex with Cu 提交 2013-09-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.2 M Sodium Malonate, 20% w/v PEG 3350, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.58 Å R-free 0.177
4MTC Crystal structure of human C53A DJ-1 提交 2013-09-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：C53A	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.2 M Sodium Malonate, 20% w/v PEG 3350, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.47 Å R-free 0.165
4N0M Crystal structure of human C53A DJ-1 in complex with Cu 提交 2013-10-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：C53A	CU COPPER (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.2 M Sodium Malonate, 20% w/v PEG 3350, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.175
4N12 Crystal structure of human E18D DJ-1 in complex with Cu 提交 2013-10-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：E18D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.2 M Sodium Malonate and 20% w/v PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.48 Å R-free 0.174
4OGF Crystal Structure of Human DJ-1 with glyoxylate as substrate analog 提交 2014-01-16	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–188（187 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；0.1 M HEPES, 1.4 M sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.60 Å R-free 0.235
4OQ4 Crystal Structure of E18A Human DJ-1 提交 2014-02-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：E18A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.3-1.6 M sodium citrate, 50 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.49 Å R-free 0.139
4P2G Crystal structure of DJ-1 in sulfinic acid form (aged crystal) 提交 2014-03-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；200 mM sodium citrate 30% (v:v) PEG400	分辨率 1.35 Å R-free 0.120
4P34 Crystal structure of DJ-1 in sulfenic acid form (fresh crystal) 提交 2014-03-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM sodium citrate 30% (v:v) PEG-400	分辨率 1.55 Å R-free 0.151
4P35 Crystal structure of DJ-1 with Zinc(II) bound (crystal I) 提交 2014-03-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100 mM TRIS 20% (v:v) PEG-400 Co-crystal with 500 uM Zn(II)	分辨率 1.75 Å R-free 0.171
4P36 Crystal structure of DJ-1 With Zn(II) bound (crystal 2) 提交 2014-03-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	P15 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium citrate 30% (v:v) PEG-400 500 uM Zinc sulfate	分辨率 1.18 Å R-free 0.138
4RKW Crystal structure of DJ-1 提交 2014-10-14	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；298 K；28-32% PEG400, 100 mM citrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K	分辨率 1.50 Å R-free 0.153
4RKY Crystal structure of DJ-1 isoform X1 提交 2014-10-14	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；298 K；28-32% PEG400, 100 mM citrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.193
4S0Z Crystal structure of M26V human DJ-1 提交 2015-01-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：M26V	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；298 K；100 mM Tris-HCl pH 9.0, 200 mM sodium acetate trihydrate, 25% PEG 4000 and 3 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.45 Å R-free 0.132
4ZGG Crystal structure of a DJ-1 (PARK7) from Homo sapiens at 1.23 A resolution 提交 2015-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；5.00% polyethylene glycol 6000, 0.1M TRIS pH 8.0	分辨率 1.23 Å R-free 0.134
4ZGG Crystal structure of a DJ-1 (PARK7) from Homo sapiens at 1.23 A resolution 提交 2015-04-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 20	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；5.00% polyethylene glycol 6000, 0.1M TRIS pH 8.0	分辨率 1.23 Å R-free 0.134
5IP5 Human DJ-1 complexed with Na-K-tartrate 提交 2016-03-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；295 K；1.5 M sodium potassium tartrate, 3.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Na-Cacodylate	分辨率 1.66 Å R-free 0.164
5SY6 Atomic resolution structure of human DJ-1, DTT bound 提交 2016-08-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；23-27% PEG 3000, 100 mM HEPES, 200 mM NaCl, 10 mM dithiothreitol (DTT)	分辨率 1.15 Å R-free 0.129
5SY9 Atomic resolution structure of E15Q mutant human DJ-1 提交 2016-08-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：E15Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；25-28% PEG 4000, 0.1 M Tris HCl, 0.1 M sodium citrate	分辨率 1.10 Å R-free 0.137
5SYA Atomic resolution structure of D24N mutant human DJ-1 提交 2016-08-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：D24N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；23-27% polyethylene glycol (PEG) 4000, 0.2 M Sodium Citrate, and 0.1 M Tris HCl	分辨率 1.10 Å R-free 0.128
6AF5 DJ-1 after backsoaking 提交 2018-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	ISN ISATIN × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG 400, 5mM DTT	分辨率 1.65 Å R-free 0.176
6AF7 DJ-1 C106S unbound 提交 2018-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：C106S	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；pH 8.5, 100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG 400, 5mM DTT	分辨率 1.30 Å R-free 0.120
6AF9 DJ-1 with isatin bound (high concentration) 提交 2018-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	ISN ISATIN × 6 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG 400, 5mM DTT	分辨率 1.39 Å R-free 0.135
6AFA DJ-1 with isatin (low concentration) 提交 2018-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	ISN ISATIN × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG 400, 5mM DTT	分辨率 1.65 Å R-free 0.187
6AFB DJ-1 C106S incubated with isatin 提交 2018-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：C106S	ISN ISATIN × 4 CL CHLORIDE ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG-400, 5mM DTT	分辨率 1.60 Å R-free 0.172
6AFC DJ-1 with compound 4 提交 2018-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	72R 5-fluoranyl-1~{H}-indole-2,3-dione × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG-400, 5mM DTT	分辨率 1.45 Å R-free 0.160
6AFD DJ-1 with compound 6 提交 2018-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	72S 7-methyl-1~{H}-indole-2,3-dione × 4 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG-400, 5mM DTT	分辨率 1.48 Å R-free 0.143
6AFE DJ-1 with compound 7 提交 2018-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	72T 7-(trifluoromethyl)-1~{H}-indole-2,3-dione × 4 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG 400, 5mM DTT	分辨率 1.50 Å R-free 0.146
6AFF DJ-1 with compound 8 提交 2018-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	72U methyl 2,3-bis(oxidanylidene)-1~{H}-indole-7-carboxylate × 4 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG 400, 5mM DTT	分辨率 1.60 Å R-free 0.177
6AFG DJ-1 with compound 9 提交 2018-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	72V 1-methylindole-2,3-dione × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG 400, 5mM DTT	分辨率 1.50 Å R-free 0.148
6AFH DJ-1 with compound 10 提交 2018-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	73F 1-(2-phenylethyl)indole-2,3-dione × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG 400, 5mM DTT	分辨率 1.65 Å R-free 0.192
6AFI DJ-1 with compound 11 提交 2018-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	73D 1-ethylindole-2,3-dione × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG 400, 5mM DTT	分辨率 1.65 Å R-free 0.183
6AFJ DJ-1 with compound 13 提交 2018-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	73G butyl 2-[2,3-bis(oxidanylidene)indol-1-yl]ethanoate × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG 400, 5mM DTT	分辨率 1.48 Å R-free 0.172
6AFL DJ-1 with compound 15 提交 2018-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	73H 5-fluoranyl-1-(2-phenylethyl)indole-2,3-dione × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG 400, 5mM DTT	分辨率 1.60 Å R-free 0.174
6E5Z Crystal structure of human DJ-1 with a natural modification on Cys-106 提交 2018-07-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M HEPES-Na, 1.5M Tri-sodium citrate dihydrate pH=7.5	分辨率 1.35 Å R-free 0.139
6M8Z Crystal structure of human DJ-1 without a modification on Cys-106 提交 2018-08-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；500 nL of protein in 50 mM Tris pH 8.0 and 500 mM NaCl were mixed with 500nL of 0.1M Bis-tris pH 5.5, 0.1M KSCN, and 29% PEG MME 2000	分辨率 1.83 Å R-free 0.204
7C62 The Crystal Structure of Parkinson disease protein 7 (DJ-1) from Biortus 提交 2020-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.1 M DL-Malic acid pH 7.0	分辨率 2.03 Å R-free 0.174
7PA2 PARK7 with inhibitor 8RK64 提交 2021-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–189（189 aa）	未记录	6SI (3~{S})-~{N}-[5-[2-[(azanylidene-$l^{4}-azanylidene)amino]ethanoyl]-6,7-dihydro-4~{H}-[1,3]thiazolo[5,4-c]pyridin-2-yl]-1-(iminomethyl)pyrrolidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；0.1 M Bicine pH 9.0 10% (w/v) PEG 20 000 2% (w/v) 1,4-dioxane	分辨率 1.21 Å R-free 0.155
7PA3 PARK7 with covalent inhibitor JYQ-88 提交 2021-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–189（189 aa）	未记录	6SI (3~{S})-~{N}-[5-[2-[(azanylidene-$l^{4}-azanylidene)amino]ethanoyl]-6,7-dihydro-4~{H}-[1,3]thiazolo[5,4-c]pyridin-2-yl]-1-(iminomethyl)pyrrolidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Ammonium sulfate 0.1 M Bis-Tris pH 5.5 25% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.42 Å R-free 0.214
8PPW Structure of human PARK7 in complex with GK16S 提交 2023-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	86F (3~{S})-1-(iminomethyl)-~{N}-pent-4-ynyl-pyrrolidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22.3% (v/v) PEG3350, 230 mM KNO3	分辨率 1.53 Å R-free 0.182
8PQ0 Structure of human PARK7 in complex with GK16R 提交 2023-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	8RX (3~{R})-3-(pent-4-ynylcarbamoyl)pyrrolidine-1-carboximidothioic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；18.6% (v/v) PEG3350, 170 mM NaNO3	分辨率 1.48 Å R-free 0.182
9CEI Human DJ-1, no mixing, pink beam time-resolved serial crystallography 提交 2024-06-26	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES pH=7.5, 200 mM NaCl, and 15% PEG 3350	分辨率 1.77 Å R-free 0.235
9CFI Human DJ-1, 3 sec mixing with methylglyoxal, pink beam time-resolved serial crystallography 提交 2024-06-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	4Y8 1-hydroxypropan-2-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES pH=7.5, 200 mM NaCl, and 15% PEG 3350	分辨率 1.77 Å R-free 0.235
9CFM Human DJ-1, 5 sec mixing with methylglyoxal, pink beam time-resolved serial crystallography 提交 2024-06-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	4Y8 1-hydroxypropan-2-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES pH=7.5, 200 mM NaCl, and 15% PEG 3350	分辨率 1.77 Å R-free 0.240
9CFO Human DJ-1, 10 sec mixing with methylglyoxal, pink beam time-resolved serial crystallography 提交 2024-06-27	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES pH=7.5, 200 mM NaCl, and 15% PEG 3350	分辨率 1.77 Å R-free 0.231
9CFQ Human DJ-1, no mixing, pink beam time-resolved serial crystallography, CrystFEL processed 提交 2024-06-27	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, 200 mM NaCl, 15% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.169
9CFY Human DJ-1, 15 sec mixing with methylglyoxal, pink beam time-resolved serial crystallography 提交 2024-06-27	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES pH=7.5, 200 mM NaCl, and 15% PEG 3350	分辨率 1.77 Å R-free 0.230
9CFZ Human DJ-1, 20 sec mixing with methylglyoxal, pink beam time-resolved serial crystallography 提交 2024-06-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	4Y8 1-hydroxypropan-2-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES pH=7.5, 200 mM NaCl, and 15% PEG 3350	分辨率 1.77 Å R-free 0.237
9CG0 Human DJ-1, 30 sec mixing with methylglyoxal, pink beam time-resolved serial crystallography 提交 2024-06-28	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES pH=7.5, 200 mM NaCl, and 15% PEG 3350	分辨率 1.77 Å R-free 0.236
9CGA Human DJ-1, 3 sec mixing with methylglyoxal, pink beam time-resolved serial crystallography, CrystFEL processed 提交 2024-06-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	4Y8 1-hydroxypropan-2-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, 200 mM NaCl, 15% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.01 Å R-free 0.178
9CGB Human DJ-1, 5 sec mixing with methylglyoxal, pink beam time-resolved serial crystallography, CrystFEL processed 提交 2024-06-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	4Y8 1-hydroxypropan-2-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, 200 mM NaCl, 15% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.01 Å R-free 0.188
9CGD Human DJ-1, 10 sec mixing with methylglyoxal, pink beam time-resolved serial crystallography, CrystFEL processed 提交 2024-06-28	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, 200 mM NaCl, 15% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.97 Å R-free 0.177
9CGE Human DJ-1, 15 sec mixing with methylglyoxal, pink beam time-resolved serial crystallography, CrystFEL processed 提交 2024-06-28	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, 200 mM NaCl, 15% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.176
9CGF Human DJ-1, 20 sec mixing with methylglyoxal, pink beam time-resolved serial crystallography, CrystFEL processed 提交 2024-06-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	4Y8 1-hydroxypropan-2-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, 200 mM NaCl, 15% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.06 Å R-free 0.190
9CGG Human DJ-1, 30 sec mixing with methylglyoxal, pink beam time-resolved serial crystallography, CrystFEL processed 提交 2024-06-28	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, 200 mM NaCl, 15% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.01 Å R-free 0.182
9CMX Human DJ-1, fixed target serial crystallography 提交 2024-07-15	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, 200 mM NaCl, 15% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.63 Å R-free 0.168
9CMY Human DJ-1, 6.5-18.5 min mixing with methylglyoxal, fixed target serial crystallography 提交 2024-07-15	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, 200 mM NaCl, 15% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.69 Å R-free 0.175
9K7Q Parkinson disease protein 7 (DJ-1) and Alpha-synuclein (Alpha-syn) complex 提交 2024-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 2–188（187 aa）链 D 2–188（187 aa）链 E 2–188（187 aa）链 F 2–188（187 aa）链 H 2–188（187 aa）链 J 2–188（187 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Sodium iodide, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350, pH 7.0	分辨率 4.58 Å R-free 0.222
9YCU Protiated human DJ-1, 100K 提交 2025-09-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；22-24% PEG 3000, 200 mM NaCl, and 100 mM HEPES, pH 7.5	分辨率 1.05 Å R-free 0.134
9YFR perdeuterated human DJ-1, 100K 提交 2025-09-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；22-24% PEG 3000, 200 mM NaCl, and 100 mM HEPES, pH 7.5	分辨率 0.92 Å R-free 0.113
9YGX I21T mutant human DJ-1 提交 2025-09-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：I21T	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；22-27% PEG4000, 0.2 M sodium acetate, and 100 mM Tris HCl, pH=7.4	分辨率 0.97 Å R-free 0.113
9YH8 M17T Human DJ-1 提交 2025-09-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：M17T	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；19-22% PEG 4000, 200 mM MgCl2, and 100 mM Tris HCl, pH=8.5	分辨率 1.00 Å R-free 0.130
9YZV Joint Xray/Neutron structure of human DJ-1 at room temperature 提交 2025-10-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	D8U deuterium(1+) × 2	实验方法未声明 X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；20% PEG3350, 100 mM HEPES pH=7.5 and 200 mM KCl	分辨率未提供

共 87 个其他 PDB 条目、94 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PARK7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 B； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 C； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 D； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 E； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 F； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 G； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 H； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1pdw
沉积日期 deposition_date	2003-05-20
结构标题 title	Crystal structure of human DJ-1, P 1 21 1 space group
关键词 keywords	DJ-1, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.37 Å
零角强度 I(0) i0	371832000.00
分子量 molecular_weight	159280.0 kDa
排除体积 excluded_volume	199340 Å³
包络体积 envelope_volume	272670 Å³
水化壳体积 shell_volume	49611 Å³
包络直径 envelope_diameter	145.0 Å
壳层 Rg shell_rg	50.36 Å
包络 Rg envelope_rg	45.05 Å
形状 Rg shape_rg	46.37 Å
总 Rg total_rg	46.50 Å
总原子数 total_atoms	11051
残基数 n_residues	1470
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	151.4 Å
Rg (实空间) rg_real	46.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7180e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.8510e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	371900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7952
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	71.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.026
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.785
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19130000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.786; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d1pdwa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.16 — Class I glutamine amidotransferase-like
家族 Family family	c.23.16.2 — DJ-1/PfpI

结构域编号 domain_id	d1pdwb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.16 — Class I glutamine amidotransferase-like
家族 Family family	c.23.16.2 — DJ-1/PfpI

结构域编号 domain_id	d1pdwc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.16 — Class I glutamine amidotransferase-like
家族 Family family	c.23.16.2 — DJ-1/PfpI

结构域编号 domain_id	d1pdwd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.16 — Class I glutamine amidotransferase-like
家族 Family family	c.23.16.2 — DJ-1/PfpI

结构域编号 domain_id	d1pdwe1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.16 — Class I glutamine amidotransferase-like
家族 Family family	c.23.16.2 — DJ-1/PfpI

结构域编号 domain_id	d1pdwe2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1pdwf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.16 — Class I glutamine amidotransferase-like
家族 Family family	c.23.16.2 — DJ-1/PfpI

结构域编号 domain_id	d1pdwg1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.16 — Class I glutamine amidotransferase-like
家族 Family family	c.23.16.2 — DJ-1/PfpI

结构域编号 domain_id	d1pdwg2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1pdwh_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.16 — Class I glutamine amidotransferase-like
家族 Family family	c.23.16.2 — DJ-1/PfpI

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1pdwA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain

结构域编号 domain_id	1pdwB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain

结构域编号 domain_id	1pdwC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain

结构域编号 domain_id	1pdwD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain

结构域编号 domain_id	1pdwE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain

结构域编号 domain_id	1pdwF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain

结构域编号 domain_id	1pdwG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain

结构域编号 domain_id	1pdwH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	71.256 Å
晶胞边长 b length_b	83.664 Å
晶胞边长 c length_c	114.159 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.56 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	19.910 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1800
R_free r_free	0.2430

描述 description	DJ-1
分子量 formula_weight	21175.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	12021

Crystal structure of human DJ-1, P 1 21 1 space group

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DJ-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	970

fit	/app/data/saxs_computation/pd/1pdw/1pdw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pd/1pdw/1pdw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pd/1pdw/1pdw.dat