SAXSdb — 1pew

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Jto2, a LAMBDA-6 TYPE IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN, VARIABLE DOMAIN

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–111 链 B； UniProt 2–111	片段：IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN, VARIABLE DOMAIN 突变：D29A	CD CADMIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；0.1M Na Acetate, 0.8M Amm. Sulfate, 100mM Cadmium chloride, 10% n-Decyl-B-D-maltoside, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.273
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–111 链 B； UniProt 2–111	片段：IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN, VARIABLE DOMAIN 突变：D29A	CD CADMIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；0.1M Na Acetate, 0.8M Amm. Sulfate, 100mM Cadmium chloride, 10% n-Decyl-B-D-maltoside, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.273
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–111 链 B； UniProt 2–111	片段：IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN, VARIABLE DOMAIN 突变：D29A	CD CADMIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；0.1M Na Acetate, 0.8M Amm. Sulfate, 100mM Cadmium chloride, 10% n-Decyl-B-D-maltoside, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1PEW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CD0 STRUCTURE OF HUMAN LAMDA-6 LIGHT CHAIN DIMER JTO 提交 1999-03-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–111（111 aa）片段：IMMUNOGLOBULIN VARIABLE DOMAIN 链 B 1–111（111 aa）片段：IMMUNOGLOBULIN VARIABLE DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；27.5% PEG6000, 0.08 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 0.1 M SODIUM ACETATE	分辨率 1.90 Å R-free 0.240

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LV6C_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–109； UniProt 2–111 作者链 B； PDB构建体 2–109； UniProt 2–111

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1pew
沉积日期 deposition_date	2003-05-22
结构标题 title	High Resolution Crystal Structure of Jto2, a mutant of the non-amyloidogenic Lamba6 Light Chain, Jto
关键词 keywords	Beta Sheet, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.73 Å
零角强度 I(0) i0	12087700.00
分子量 molecular_weight	23867.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28773 Å³
包络体积 envelope_volume	34833 Å³
水化壳体积 shell_volume	15493 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.4 Å
壳层 Rg shell_rg	24.86 Å
包络 Rg envelope_rg	19.93 Å
形状 Rg shape_rg	19.72 Å
总 Rg total_rg	20.44 Å
总原子数 total_atoms	1651
残基数 n_residues	208
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.9 Å
Rg (实空间) rg_real	20.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2090e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5480e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12090000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8894
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.367
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.440
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2238000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.948; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Jto2, a LAMBDA-6 TYPE IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN, VARIABLE DOMAIN
分子量 formula_weight	11899.0 kDa
突变 mutation	D29A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1755

NFMLNQPHSVSESPGKTVTISCTRSSGNIASNYVQWYQQRSAPITVIYEDNQRPSGVPDRFAGSIDRSSNSASLTISGLKTEDEADYYCQSYDARNVVFGGGTRLTVLG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CADMIUM ION
分子量 formula_weight	112.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	104

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1pewa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1pewb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1pewA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1pewB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.577 Å
晶胞边长 b length_b	73.577 Å
晶胞边长 c length_c	92.298 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	91
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2533
R_work r_work	0.2522
R_free r_free	0.2729

fit	/app/data/saxs_computation/pe/1pew/1pew.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pe/1pew/1pew.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pe/1pew/1pew.dat

High Resolution Crystal Structure of Jto2, a mutant of the non-amyloidogenic Lamba6 Light Chain, Jto

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Jto2, a LAMBDA-6 TYPE IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN, VARIABLE DOMAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction