SAXSdb — 1pfx

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1pfx
沉积日期 deposition_date	1995-07-19
结构标题 title	PORCINE FACTOR IXA
关键词 keywords	;HEMOPHILIA/EGF, BLOOD COAGULATION, PLASMA, SERINE PROTEASE, CALCIUM-BINDING, HYDROLASE, GLYCOPROTEIN, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX ;; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.58 Å
零角强度 I(0) i0	54187700.00
分子量 molecular_weight	41155.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42263 Å³
包络体积 envelope_volume	71951 Å³
水化壳体积 shell_volume	23539 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.8 Å
壳层 Rg shell_rg	31.68 Å
包络 Rg envelope_rg	28.96 Å
形状 Rg shape_rg	28.54 Å
总 Rg total_rg	28.91 Å
总原子数 total_atoms	3736
残基数 n_residues	360
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.3 Å
Rg (实空间) rg_real	29.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4190e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6870e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	54180000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7596
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.602
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.369
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3783000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.512; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.358; Smooth: 0.980

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	FACTOR IXA
分子量 formula_weight	26054.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.22
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	3738

IVGGENAKPGQFPWQVLLNGKIDAFCGGSIINEKWVVTAAHCIEPGVKITVVAGEYNTEETEPTEQRRNVIRAIPHHSYNATVNKYSHDIALLELDEPLTLNSYVTPICIADKEYTNIFLKFGSGYVSGWGRVFNRGRSATILQYLKVPLVDRATCLRSTKFTIYSNMFCAGFHEGGKDSCQGDSGGPHVTEVEGTSFLTGIISWGEECAVKGKYGIYTKVSRYVNWIKEKTKLT

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
通用名 common_name	pig
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823

Entity 2 polymer

描述 description	FACTOR IXA
分子量 formula_weight	17000.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.22
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

YNSGKLEEFVRGNLERECIEEKCSFEEAREVFENTEKTNEFWKQYVDGDQCEPNPCLNGGLCKDDINSYECWCQVGFEGKNCELDATCNIKNGRCKQFCKTGADSKVLCSCTTGYRLAPDQKSCKPAVPFPCGRVSVSHSPTTLTR

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
通用名 common_name	pig
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823

Entity 3 non-polymer

描述 description	D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide
分子量 formula_weight	454.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1pfxc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d1pfxl1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family family	g.3.11.1 — EGF-type module

结构域编号 domain_id	d1pfxl2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family family	g.3.11.1 — EGF-type module

结构域编号 domain_id	d1pfxl3
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.32 — GLA-domain
超家族 Superfamily superfamily	g.32.1 — GLA-domain
家族 Family family	g.32.1.1 — GLA-domain

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	1pfxC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1pfxC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1pfxL01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	740 — Coagulation Factor IX
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Coagulation Factor IX

结构域编号 domain_id	1pfxL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	1pfxL03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	128.750 Å
晶胞边长 b length_b	128.750 Å
晶胞边长 c length_c	77.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1980
R_work r_work	0.1980
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/pf/1pfx/1pfx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pf/1pfx/1pfx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pf/1pfx/1pfx.dat

PORCINE FACTOR IXA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)