SAXSdb — 1pg4

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1pg4
沉积日期 deposition_date	2003-05-27
结构标题 title	Acetyl CoA Synthetase, Salmonella enterica
关键词 keywords	AMP-forming; Adenylate-forming; thioester-forming, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.97 Å
零角强度 I(0) i0	311743000.00
分子量 molecular_weight	141720.0 kDa
排除体积 excluded_volume	176430 Å³
包络体积 envelope_volume	216050 Å³
水化壳体积 shell_volume	49830 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.0 Å
壳层 Rg shell_rg	42.33 Å
包络 Rg envelope_rg	35.92 Å
形状 Rg shape_rg	35.95 Å
总 Rg total_rg	36.40 Å
总原子数 total_atoms	9988
残基数 n_residues	1272
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	120.3 Å
Rg (实空间) rg_real	36.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1170e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.6980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	311700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8745
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	36.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.392
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.497
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	90610000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.844; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.953; Smooth: 0.881

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	acetyl-CoA synthetase
分子量 formula_weight	72182.4 kDa
EC 编号 ec_number	6.2.1.1
突变 mutation	R174C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10837

MSQTHKHAIPANIADRCLINPEQYETKYKQSINDPDTFWGEQGKILDWITPYQKVKNTSFAPGNVSIKWYEDGTLNLAANCLDRHLQENGDRTAIIWEGDDTSQSKHISYRELHRDVCRFANTLLDLGIKKGDVVAIYMPMVPEAAVAMLACARIGAVHSVIFGGFSPEAVAGCIIDSSSRLVITADEGVRAGRSIPLKKNVDDALKNPNVTSVEHVIVLKRTGSDIDWQEGRDLWWRDLIEKASPEHQPEAMNAEDPLFILYTSGSTGKPKGVLHTTGGYLVYAATTFKYVFDYHPGDIYWCTADVGWVTGHSYLLYGPLACGATTLMFEGVPNWPTPARMCQVVDKHQVNILYTAPTAIRALMAEGDKAIEGTDRSSLRILGSVGEPINPEAWEWYWKKIGKEKCPVVDTWWQTETGGFMITPLPGAIELKAGSATRPFFGVQPALVDNEGHPQEGATEGNLVITDSWPGQARTLFGDHERFEQTYFSTFKNMYFSGDGARRDEDGYYWITGRVDDVLNVSGHRLGTAEIESALVAHPKIAEAAVVGIPHAIKGQAIYAYVTLNHGEEPSPELYAEVRNWVRKEIGPLATPDVLHWTDSLPKTRSGKIMRRILRKIAAGDTSNLGDTSTLADPGVVEKLLEEKQAIAMPS

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella enterica
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	28901
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	COENZYME A
分子量 formula_weight	767.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	;ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE-PROPYL ESTER ;
分子量 formula_weight	389.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	849

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1pg4a_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.23 — Acetyl-CoA synthetase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.23.1 — Acetyl-CoA synthetase-like
家族 Family family	e.23.1.1 — Acetyl-CoA synthetase-like

结构域编号 domain_id	d1pg4b_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.23 — Acetyl-CoA synthetase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.23.1 — Acetyl-CoA synthetase-like
家族 Family family	e.23.1.1 — Acetyl-CoA synthetase-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1pg4A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12780 — ANL, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1pg4A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — ANL, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1pg4B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12780 — ANL, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1pg4B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — ANL, C-terminal domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	59.994 Å
晶胞边长 b length_b	143.016 Å
晶胞边长 c length_c	71.731 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.32 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	29.800 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1840
R_free r_free	0.2110

fit	/app/data/saxs_computation/pg/1pg4/1pg4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pg/1pg4/1pg4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pg/1pg4/1pg4.dat

Acetyl CoA Synthetase, Salmonella enterica

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution