SAXSdb — 1pgl

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BEAN POD MOTTLE VIRUS SMALL (S) SUBUNIT

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 同源多聚体蛋白 × 120 RNA 60 PDB 声明：180-MERIC（180）与全部聚合物数一致	链 1； UniProt 821–1005 链 2； UniProt 447–816	未记录	5'-R(APGPUPCPUPC)-3' × 60	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；PEG 8000, POTASIUM PHOSPHATE, PH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7.00	分辨率 2.80 Å
2	蛋白–RNA 同源多聚体蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 1； UniProt 821–1005 链 2； UniProt 447–816	未记录	5'-R(APGPUPCPUPC)-3' × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；PEG 8000, POTASIUM PHOSPHATE, PH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7.00	分辨率 2.80 Å
3	蛋白–RNA 同源多聚体蛋白 × 10 RNA 5 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 1； UniProt 821–1005 链 2； UniProt 447–816	未记录	5'-R(APGPUPCPUPC)-3' × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；PEG 8000, POTASIUM PHOSPHATE, PH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7.00	分辨率 2.80 Å
4	蛋白–RNA 同源多聚体蛋白 × 12 RNA 6 PDB 声明：octadecameric（18）与全部聚合物数一致	链 1； UniProt 821–1005 链 2； UniProt 447–816	未记录	5'-R(APGPUPCPUPC)-3' × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；PEG 8000, POTASIUM PHOSPHATE, PH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7.00	分辨率 2.80 Å
5	蛋白–RNA 同源多聚体蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 1； UniProt 821–1005 链 2； UniProt 447–816	未记录	5'-R(APGPUPCPUPC)-3' × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；PEG 8000, POTASIUM PHOSPHATE, PH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7.00	分辨率 2.80 Å
6	蛋白–RNA 同源多聚体蛋白 × 60 RNA 30 PDB 声明：90-meric（90）与全部聚合物数一致	链 1； UniProt 821–1005 链 2； UniProt 447–816	未记录	5'-R(APGPUPCPUPC)-3' × 30	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；PEG 8000, POTASIUM PHOSPHATE, PH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7.00	分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1PGL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BMV PROTEIN-RNA INTERACTIONS IN AN ICOSAHEDRAL VIRUS AT 3.0 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1989-10-09	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 120 PDB 声明：complete icosahedral assembly	链 1 821–1018（198 aa）链 2 447–820（374 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
1BMV PROTEIN-RNA INTERACTIONS IN AN ICOSAHEDRAL VIRUS AT 3.0 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1989-10-09	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 1 821–1018（198 aa）链 2 447–820（374 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
1BMV PROTEIN-RNA INTERACTIONS IN AN ICOSAHEDRAL VIRUS AT 3.0 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1989-10-09	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：pentadecameric	链 1 821–1018（198 aa）链 2 447–820（374 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
1BMV PROTEIN-RNA INTERACTIONS IN AN ICOSAHEDRAL VIRUS AT 3.0 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1989-10-09	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：octadecameric	链 1 821–1018（198 aa）链 2 447–820（374 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
1BMV PROTEIN-RNA INTERACTIONS IN AN ICOSAHEDRAL VIRUS AT 3.0 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1989-10-09	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 1 821–1018（198 aa）链 2 447–820（374 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
1BMV PROTEIN-RNA INTERACTIONS IN AN ICOSAHEDRAL VIRUS AT 3.0 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1989-10-09	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：90-meric	链 1 821–1018（198 aa）链 2 447–820（374 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
1PGW BEAN POD MOTTLE VIRUS (BPMV), TOP COMPONENT 提交 2003-05-28	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 120 PDB 声明：120-MERIC	链 1 821–1005（185 aa）链 2 466–816（351 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PEG 8000, POTASIUM PHOSPHATE, PH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7.00	分辨率 2.90 Å
1PGW BEAN POD MOTTLE VIRUS (BPMV), TOP COMPONENT 提交 2003-05-28	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 1 821–1005（185 aa）链 2 466–816（351 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PEG 8000, POTASIUM PHOSPHATE, PH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7.00	分辨率 2.90 Å
1PGW BEAN POD MOTTLE VIRUS (BPMV), TOP COMPONENT 提交 2003-05-28	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 1 821–1005（185 aa）链 2 466–816（351 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PEG 8000, POTASIUM PHOSPHATE, PH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7.00	分辨率 2.90 Å
1PGW BEAN POD MOTTLE VIRUS (BPMV), TOP COMPONENT 提交 2003-05-28	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 1 821–1005（185 aa）链 2 466–816（351 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PEG 8000, POTASIUM PHOSPHATE, PH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7.00	分辨率 2.90 Å
1PGW BEAN POD MOTTLE VIRUS (BPMV), TOP COMPONENT 提交 2003-05-28	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 1 821–1005（185 aa）链 2 466–816（351 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PEG 8000, POTASIUM PHOSPHATE, PH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7.00	分辨率 2.90 Å
1PGW BEAN POD MOTTLE VIRUS (BPMV), TOP COMPONENT 提交 2003-05-28	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 1 821–1005（185 aa）链 2 466–816（351 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PEG 8000, POTASIUM PHOSPHATE, PH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7.00	分辨率 2.90 Å

共 2 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VGNM_BPMV
Isoform	—
PDB实体	2, 3
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–185； UniProt 821–1005 作者链 2； PDB构建体 1–370； UniProt 447–816

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1pgl
沉积日期 deposition_date	2003-05-28
结构标题 title	BEAN POD MOTTLE VIRUS (BPMV), MIDDLE COMPONENT
关键词 keywords	COMOVIRUS, VIRUS, VIRAL COAT PROTEIN, BEAN POD MOTTLE VIRUS (BPMV), Icosahedral virus, Virus-RNA COMPLEX; Virus/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.80 Å
零角强度 I(0) i0	66849000.00
分子量 molecular_weight	63209.0 kDa
排除体积 excluded_volume	78773 Å³
包络体积 envelope_volume	95943 Å³
水化壳体积 shell_volume	30615 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.3 Å
壳层 Rg shell_rg	33.27 Å
包络 Rg envelope_rg	27.47 Å
形状 Rg shape_rg	26.81 Å
总 Rg total_rg	27.44 Å
总原子数 total_atoms	4425
残基数 n_residues	561
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.7 Å
Rg (实空间) rg_real	27.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6850e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0680e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	66850000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8538
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.426
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.247
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14030000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.729; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.944; Smooth: 0.964

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-R(APGPUPCPUPC)-3'
分子量 formula_weight	1852.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	3
原子数 atom_count	4616

AGUCUC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	BEAN POD MOTTLE VIRUS SMALL (S) SUBUNIT
分子量 formula_weight	20638.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1

SISQQTVWNQMATVRTPLNFDSSKQSFCQFSVDLLGGGISVDKTGDWITLVQNSPISNLLRVAAWKKGCLMVKVVMSGNAAVKRSDWASLVQVFLTNSNSTEHFDACRWTKSEPHSWELIFPIEVCGPNNGFEMWSSEWANQTSWHLSFLVDNPKQSTTFDVLLGISQNFEIAGNTLMPAFSVPQ

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	BEAN POD MOTTLE VIRUS LARGE (L) SUBUNIT
分子量 formula_weight	40784.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

METNLFKLSLDDVETPKGSMLDLKISQSKIALPKNTVGGTILRSDLLANFLTEGNFRASVDLQRTHRIKGMIKMVATVGIPENTGIALACAMNSSIRGRASSDIYTICSQDCELWNPACTKAMTMSFNPNPCSDAWSLEFLKRTGFHCDIICVTGWTATPMQDVQVTIDWFISSQECVPRTYCVLNPQNPFVLNRWMGKLTFPQGTSRSVKRMPLSIGGGAGAKSAILMNMPNAVLSMWRYFVGDLVFEVSKMTSPYIKCTVSFFIAFGNLADDTINFEAFPHKLVQFGEIQEKVVLKFSQEEFLTAWSTQVRPATTLLADGCPYLYAMVHDSSVSTIPGDFVIGVKLTIIENMCAYGLNPGISGSRLLG

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	191

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1pgl11
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.2 — Comoviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d1pgl21
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.2 — Comoviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d1pgl22
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.2 — Comoviridae-like VP

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1pgl100
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1pgl200
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	311.200 Å
晶胞边长 b length_b	284.200 Å
晶胞边长 c length_c	350.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	120

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.1960
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/pg/1pgl/1pgl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pg/1pgl/1pgl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pg/1pgl/1pgl.dat

BEAN POD MOTTLE VIRUS (BPMV), MIDDLE COMPONENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BEAN POD MOTTLE VIRUS SMALL (S) SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)