1pgr

2:2 COMPLEX OF G-CSF WITH ITS RECEPTOR

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 238.4 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR)

Homo sapiens

UniProt P09919

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 13–186 链 C; UniProt 13–186 未记录 PROTEIN (G-CSF RECEPTOR) × 2 (P40223) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;pH 7.5 分辨率 3.50 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 13–186 链 G; UniProt 13–186 未记录 PROTEIN (G-CSF RECEPTOR) × 2 (P40223) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;pH 7.5 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CSF3_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–175; UniProt 13–186 作者链 C; PDB构建体 2–175; UniProt 13–186 作者链 E; PDB构建体 2–175; UniProt 13–186 作者链 G; PDB构建体 2–175; UniProt 13–186

PROTEIN (G-CSF RECEPTOR)

Mus musculus

UniProt P40223

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 120–334 链 D; UniProt 120–334 片段:CRH REGION (BN DOMAIN:H1-108, BC DOMAIN:H109-215) PROTEIN (GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR) × 2 (P09919) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;pH 7.5 分辨率 3.50 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 120–334 链 H; UniProt 120–334 片段:CRH REGION (BN DOMAIN:H1-108, BC DOMAIN:H109-215) PROTEIN (GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR) × 2 (P09919) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;pH 7.5 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CSF3R_MOUSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–215; UniProt 120–334 作者链 D; PDB构建体 1–215; UniProt 120–334 作者链 F; PDB构建体 1–215; UniProt 120–334 作者链 H; PDB构建体 1–215; UniProt 120–334

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1pgr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1pgr
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1pgr
沉积日期 deposition_date1999-03-08
结构标题 title2:2 COMPLEX OF G-CSF WITH ITS RECEPTOR
关键词 keywordsCLASS1 CYTOKINE, HEMATOPOIETIC RECEPTOR, SIGNAL TRANSDUCTION, CYTOKINE; CYTOKINE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier64.48
回转半径 Rg (电子) rg_electron65.83
零角强度 I(0) i0363373000.00
分子量 molecular_weight162840.0 kDa
排除体积 excluded_volume204590 ų
包络体积 envelope_volume341990 ų
水化壳体积 shell_volume44108 ų
包络直径 envelope_diameter221.1
壳层 Rg shell_rg64.03
包络 Rg envelope_rg63.27
形状 Rg shape_rg65.83
总 Rg total_rg65.77
总原子数 total_atoms11424
残基数 n_residues1471
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax238.4
Rg (实空间) rg_real65.70
Rg 误差 (实空间) rg_real_error4.71
I(0) (实空间) i0_real3.6340e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.2390e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal63.29
I(0) (倒空间) i0_reciprocal361800000.0000
解质量估计 total_estimate0.5511
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary39.7
偏度 Skewness skewness0.373
峰度 Kurtosis kurtosis-1.069
角度范围 angular_range— – 0.1200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha27490000.0000
实空间数据点数 n_real_points25
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.021; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.095; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_idd1pgra_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamilya.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family familya.26.1.1 — Long-chain cytokines
结构域编号 domain_idd1pgrb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family familyb.1.2.1 — Fibronectin type III
结构域编号 domain_idd1pgrb2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family familyb.1.2.1 — Fibronectin type III
结构域编号 domain_idd1pgrc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamilya.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family familya.26.1.1 — Long-chain cytokines
结构域编号 domain_idd1pgrd1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family familyb.1.2.1 — Fibronectin type III
结构域编号 domain_idd1pgrd2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family familyb.1.2.1 — Fibronectin type III
结构域编号 domain_idd1pgre_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamilya.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family familya.26.1.1 — Long-chain cytokines
结构域编号 domain_idd1pgrf1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family familyb.1.2.1 — Fibronectin type III
结构域编号 domain_idd1pgrf2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family familyb.1.2.1 — Fibronectin type III
结构域编号 domain_idd1pgrg_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamilya.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family familya.26.1.1 — Long-chain cytokines
结构域编号 domain_idd1pgrh1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family familyb.1.2.1 — Fibronectin type III
结构域编号 domain_idd1pgrh2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family familyb.1.2.1 — Fibronectin type III

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id1pgrA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id1pgrB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1pgrB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1pgrC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id1pgrD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1pgrD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1pgrE00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id1pgrF01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1pgrF02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1pgrG00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id1pgrH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1pgrH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)