1pig

PIG PANCREATIC ALPHA-AMYLASE COMPLEXED WITH THE OLIGOSACCHARIDE V-1532

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 80.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ALPHA-AMYLASE

物种未注明

UniProt P00690

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 4 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–496 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 4-amino-4,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 4-amino-4,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose × 1 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 HMC 5-HYDROXYMETHYL-CHONDURITOL × 1 BGC beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 6;VAPOR DIFFUSION; 10 MICROLITER OF PROTEIN (15 MG/ML IN 0.1 M AMMONIUM CACODYLATE, PH 10.0 0.001 M V-1532) WERE STEPWISE CONCENTRATED OVER 0.1, 0.15, AND 0.25 M AMMONIUM CACODYLATE, PH 6.0., vapor diffusion 分辨率 2.20 Å R-free 0.210

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AMYP_PIG
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–496; UniProt 2–496

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1pig

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1pig
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1pig
沉积日期 deposition_date1996-06-15
结构标题 titlePIG PANCREATIC ALPHA-AMYLASE COMPLEXED WITH THE OLIGOSACCHARIDE V-1532
关键词 keywordsALPHA-AMYLASE ALPHA-1, 4-GLUCAN-4-GLUCANOHYDROLASE GLYCOSYLTRANSFERASE, GLYCOSYLTRANSFERASE; GLYCOSYLTRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.95
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.84
零角强度 I(0) i056884000.00
分子量 molecular_weight57214.0 kDa
排除体积 excluded_volume70726 ų
包络体积 envelope_volume78517 ų
水化壳体积 shell_volume28339 ų
包络直径 envelope_diameter81.7
壳层 Rg shell_rg30.57
包络 Rg envelope_rg23.02
形状 Rg shape_rg22.82
总 Rg total_rg23.72
总原子数 total_atoms4029
残基数 n_residues495
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax80.6
Rg (实空间) rg_real23.89
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.51
I(0) (实空间) i0_real5.6880e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.5550e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.91
I(0) (倒空间) i0_reciprocal56880000.0000
解质量估计 total_estimate0.8713
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.0
偏度 Skewness skewness0.345
峰度 Kurtosis kurtosis-0.183
角度范围 angular_range— – 0.3300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10810000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.783; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.975

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1piga1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.71 — Glycosyl hydrolase domain
超家族 Superfamily superfamilyb.71.1 — Glycosyl hydrolase domain
家族 Family familyb.71.1.1 — alpha-Amylases, C-terminal beta-sheet domain
结构域编号 domain_idd1piga2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family familyc.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1pigA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Glycosidases
结构域编号 domain_id1pigA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1180 — Golgi alpha-mannosidase II

8. 引用文献 (6)

9. 文件与曲线 (10)