1pvc

REFINEMENT OF THE SABIN STRAIN OF TYPE 3 POLIOVIRUS AT 2.4 ANGSTROMS AND THE CRYSTAL STRUCTURES OF ITS VARIANTS AT 2.9 ANGSTROMS RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 97.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POLIOVIRUS TYPE 3, SABIN STRAIN

物种未注明

UniProt P03302

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 300 PDB 声明:300-MERIC(300) 与蛋白拷贝数一致 链 2; UniProt 70–340 链 4; UniProt 2–69 未记录 POLIOVIRUS TYPE 3, SABIN STRAIN × 60 POLIOVIRUS TYPE 3, SABIN STRAIN × 60 POLIOVIRUS TYPE 3, SABIN STRAIN × 60 SPH SPHINGOSINE × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.40 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 2; UniProt 70–340 链 4; UniProt 2–69 未记录 POLIOVIRUS TYPE 3, SABIN STRAIN × 1 POLIOVIRUS TYPE 3, SABIN STRAIN × 1 POLIOVIRUS TYPE 3, SABIN STRAIN × 1 SPH SPHINGOSINE × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.40 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 25 PDB 声明:25-meric(25) 与蛋白拷贝数一致 链 2; UniProt 70–340 链 4; UniProt 2–69 未记录 POLIOVIRUS TYPE 3, SABIN STRAIN × 5 POLIOVIRUS TYPE 3, SABIN STRAIN × 5 POLIOVIRUS TYPE 3, SABIN STRAIN × 5 SPH SPHINGOSINE × 5 MYR MYRISTIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.40 Å
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 30 PDB 声明:30-meric(30) 与蛋白拷贝数一致 链 2; UniProt 70–340 链 4; UniProt 2–69 未记录 POLIOVIRUS TYPE 3, SABIN STRAIN × 6 POLIOVIRUS TYPE 3, SABIN STRAIN × 6 POLIOVIRUS TYPE 3, SABIN STRAIN × 6 SPH SPHINGOSINE × 6 MYR MYRISTIC ACID × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.40 Å
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 2; UniProt 70–340 链 4; UniProt 2–69 未记录 POLIOVIRUS TYPE 3, SABIN STRAIN × 1 POLIOVIRUS TYPE 3, SABIN STRAIN × 1 POLIOVIRUS TYPE 3, SABIN STRAIN × 1 SPH SPHINGOSINE × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.40 Å
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 75 PDB 声明:75-meric(75) 与蛋白拷贝数一致 链 2; UniProt 70–340 链 4; UniProt 2–69 未记录 POLIOVIRUS TYPE 3, SABIN STRAIN × 15 POLIOVIRUS TYPE 3, SABIN STRAIN × 15 POLIOVIRUS TYPE 3, SABIN STRAIN × 15 SPH SPHINGOSINE × 15 MYR MYRISTIC ACID × 15 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、56 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_POL3L
Isoform
PDB实体 3, 5
链与序列区间 作者链 2; PDB构建体 1–271; UniProt 70–340 作者链 4; PDB构建体 1–68; UniProt 2–69

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1pvc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1pvc
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1pvc
沉积日期 deposition_date1995-03-30
结构标题 titleREFINEMENT OF THE SABIN STRAIN OF TYPE 3 POLIOVIRUS AT 2.4 ANGSTROMS AND THE CRYSTAL STRUCTURES OF ITS VARIANTS AT 2.9 ANGSTROMS RESOLUTION
关键词 keywordsVIRUS, Icosahedral virus; VIRUS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.05
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.05
零角强度 I(0) i0141935000.00
分子量 molecular_weight94482.0 kDa
排除体积 excluded_volume118230 ų
包络体积 envelope_volume147860 ų
水化壳体积 shell_volume41285 ų
包络直径 envelope_diameter101.9
壳层 Rg shell_rg37.11
包络 Rg envelope_rg29.68
形状 Rg shape_rg29.03
总 Rg total_rg29.85
总原子数 total_atoms6652
残基数 n_residues846
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax97.0
Rg (实空间) rg_real29.97
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.62
I(0) (实空间) i0_real1.4190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.00
I(0) (倒空间) i0_reciprocal141900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8935
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.6
偏度 Skewness skewness0.288
峰度 Kurtosis kurtosis-0.344
角度范围 angular_range— – 0.2650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha27790000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.886; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.955

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1pvc.1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)
结构域编号 domain_idd1pvc1_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)
结构域编号 domain_idd1pvc3_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1pvc100
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id1pvc200
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id1pvc300
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id1pvc400
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology80 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Picornavirus coat protein VP4

8. 引用文献 (8)

9. 文件与曲线 (10)