1pyt

TERNARY COMPLEX OF PROCARBOXYPEPTIDASE A, PROPROTEINASE E, AND CHYMOTRYPSINOGEN C

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 98.2 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROCARBOXYPEPTIDASE A

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 17–110 链 B； UniProt 111–419	未记录	PROPROTEINASE E × 1 （P05805） CHYMOTRYPSINOGEN C × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.35 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1PYT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ARL CARBOXYPEPTIDASE A WITH ZN REMOVED 提交 1994-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.88 Å
1ARM CARBOXYPEPTIDASE A WITH ZN REPLACED BY HG 提交 1994-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–419（309 aa）	未记录	HG MERCURY (II) ION × 4 CU COPPER (II) ION × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.76 Å
1BAV CARBOXYPEPTIDASE A COMPLEXED WITH 2-BENZYL-3-IODO-PROPANOIC ACID (BIP) 提交 1996-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–419（309 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 BIP 2-BENZYL-3-IODOPROPANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å R-free 0.213
1BAV CARBOXYPEPTIDASE A COMPLEXED WITH 2-BENZYL-3-IODO-PROPANOIC ACID (BIP) 提交 1996-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 111–419（309 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 BIP 2-BENZYL-3-IODOPROPANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å R-free 0.213
1BAV CARBOXYPEPTIDASE A COMPLEXED WITH 2-BENZYL-3-IODO-PROPANOIC ACID (BIP) 提交 1996-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 111–419（309 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 BIP 2-BENZYL-3-IODOPROPANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å R-free 0.213
1BAV CARBOXYPEPTIDASE A COMPLEXED WITH 2-BENZYL-3-IODO-PROPANOIC ACID (BIP) 提交 1996-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 111–419（309 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 BIP 2-BENZYL-3-IODOPROPANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å R-free 0.213
1CBX CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN CARBOXYPEPTIDASE A AND THE BIPRODUCT ANALOG INHIBITOR L-BENZYLSUCCINATE AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1991-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 BZS L-BENZYLSUCCINIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1CPS STRUCTURAL COMPARISON OF SULFODIIMINE AND SULFONAMIDE INHIBITORS IN THEIR COMPLEXES WITH ZINC ENZYMES 提交 1992-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CPM S-(2-CARBOXY-3-PHENYLPROPYL)THIODIIMINE-S-METHANE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.25 Å
1CPX BETA FORM OF CARBOXYPEPTIDASE A (RESIDUES 3-307) FROM BOVINE PANCREAS IN AN ORTHORHOMBIC CRYSTAL FORM WITH TWO ZINC IONS IN THE ACTIVE SITE. 提交 1998-07-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 OH HYDROXIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；CPA FROM SIGMA #C0261 WAS DISSOLVED IN 1.0 M LICL WITH 20 MM TRIS-HCL PH 7.5 TO GIVE 12 MG/ML AND USED WITHOUT FURTHER PURIFICATION. THIS PROTEIN SOLUTION WAS PLACED IN 50 MICROL DIALYSIS BUTTONS FROM HAMPTON RESEARCH AND DIALYZED AGAINST A 2 ML RESERVOIR OF THE ABOVE MENTIONED BUFFER WHILE LOWERING THE EXTERNAL LICL CONCENTRATION BY 25% EVERY OTHER DAY. THE CRYSTALS APPEARED A~0.24 M LICL AND WAS STORED AT 0.30M LICL. IF THIS PROCEDURE DOES NOT WORK BY ITSELF AND YOU END UP WITH THE MONOCLINIC ALPHA-FORM (1-307), YOU CAN TRY TO AD TRACES OF TRYPSIN (~10 MICROG/ML) TO THE PROTEIN SOLUTION TO PROVOKE FORMATION OF THE BETA-FORM (3-307), micro dialysis	分辨率 2.00 Å R-free 0.226
1EE3 Cadmium-substituted bovine pancreatic carboxypeptidase A (alfa-form) at pH 7.5 and 2 mM chloride in monoclinic crystal form 提交 2000-01-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 P 111–419（309 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；293 K；Lithium Chloride, Tris-HNO3, Cadmium Chloride, pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.198
1ELL CADMIUM-SUBSTITUTED BOVINE PANCREATIC CARBOXYPEPTIDASE A (ALFA-FORM) AT PH 7.5 AND 0.25 M CHLORIDE IN MONOCLINIC CRYSTAL FORM. 提交 2000-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 P 111–419（309 aa）片段：ALFA-FORM	未记录	CD CADMIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；293 K；Lithium Chloride, Tris-HNO3, Cadmium Chloride, pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 293K	分辨率 1.76 Å R-free 0.178
1ELM CADMIUM-SUBSTITUTED BOVINE PACREATIC CARBOXYPEPTIDASE A (ALFA-FORM) AT PH 5.5 AND 2 MM CHLORIDE IN MONOCLINIC CRYSTAL FORM. 提交 2000-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 P 111–419（309 aa）片段：ALFA-FORM	未记录	CD CADMIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 5.5；293 K；Lithium chloride, Tris-HNO3, Cadmium chloride, pH 5.50, MICRODIALYSIS, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.186
1F57 CARBOXYPEPTIDASE A COMPLEX WITH D-CYSTEINE AT 1.75 A 提交 2000-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 DCY D-CYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 6；291 K；LiCl, MES, pH 6.0, MICRODIALYSIS, temperature 18K	分辨率 1.75 Å R-free 0.164
1HDQ Crystal structure of bovine pancreatic carboxypeptidase A complexed with D-N-hydroxyaminocarbonyl phenylalanine at 2.3 A 提交 2000-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	INF D-[(N-HYDROXYAMINO)CARBONYL]PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.30 Å R-free 0.174
1HDU Crystal structure of bovine pancreatic carboxypeptidase A complexed with aminocarbonylphenylalanine at 1.75 A 提交 2000-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 ING D-[(AMINO)CARBONYL]PHENYLALANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 1.75 Å R-free 0.229
1HDU Crystal structure of bovine pancreatic carboxypeptidase A complexed with aminocarbonylphenylalanine at 1.75 A 提交 2000-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 ING D-[(AMINO)CARBONYL]PHENYLALANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 1.75 Å R-free 0.229
1HDU Crystal structure of bovine pancreatic carboxypeptidase A complexed with aminocarbonylphenylalanine at 1.75 A 提交 2000-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 ING D-[(AMINO)CARBONYL]PHENYLALANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 1.75 Å R-free 0.229
1HDU Crystal structure of bovine pancreatic carboxypeptidase A complexed with aminocarbonylphenylalanine at 1.75 A 提交 2000-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 ING D-[(AMINO)CARBONYL]PHENYLALANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 1.75 Å R-free 0.229
1HEE Crystal structure of bovine pancreatic carboxypeptidase A complexed with L-N-hydroxyaminocarbonyl phenylalanine at 2.3 A 提交 2000-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 LHY L-[(N-HYDROXYAMINO)CARBONYL]PHENYLALANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 1.75 Å R-free 0.229
1HEE Crystal structure of bovine pancreatic carboxypeptidase A complexed with L-N-hydroxyaminocarbonyl phenylalanine at 2.3 A 提交 2000-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 LHY L-[(N-HYDROXYAMINO)CARBONYL]PHENYLALANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 1.75 Å R-free 0.229
1HEE Crystal structure of bovine pancreatic carboxypeptidase A complexed with L-N-hydroxyaminocarbonyl phenylalanine at 2.3 A 提交 2000-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 LHY L-[(N-HYDROXYAMINO)CARBONYL]PHENYLALANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 1.75 Å R-free 0.229
1HEE Crystal structure of bovine pancreatic carboxypeptidase A complexed with L-N-hydroxyaminocarbonyl phenylalanine at 2.3 A 提交 2000-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 LHY L-[(N-HYDROXYAMINO)CARBONYL]PHENYLALANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 1.75 Å R-free 0.229
1IY7 Crystal Structure of CPA and sulfamide-based inhibitor complex 提交 2002-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CXA PHENYLALANINE-N-SULFONAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.208
1M4L STRUCTURE OF NATIVE CARBOXYPEPTIDASE A AT 1.25 RESOLUTION 提交 2002-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.25 Å R-free 0.145
1YME STRUCTURE OF CARBOXYPEPTIDASE 提交 1996-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–419（309 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.53 Å
1ZLH Crystal structure of the tick carboxypeptidase inhibitor in complex with bovine carboxypeptidase A 提交 2005-05-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 111–419（309 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M sodium cacodylate, 0.2M zinc acetate dihydrate, 7%(w/v) PEG 8000, 10%(w/v) dried dioxan, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.70 Å R-free 0.185
2ABZ Crystal structure of C19A/C43A mutant of leech carboxypeptidase inhibitor in complex with bovine carboxypeptidase A 提交 2005-07-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 111–419（309 aa）链 B 111–419（309 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；1.5M Lithium Sulfate monohydrate, 100mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.16 Å R-free 0.234
2CTB THE HIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN CARBOXYPEPTIDASE A AND L-PHENYL LACTATE 提交 1993-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.50 Å
2CTC THE HIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN CARBOXYPEPTIDASE A AND L-PHENYL LACTATE 提交 1993-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 HFA ALPHA-HYDROXY-BETA-PHENYL-PROPIONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.40 Å
3CPA X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC INVESTIGATION OF SUBSTRATE BINDING TO CARBOXYPEPTIDASE A AT SUBZERO TEMPERATURE 提交 1982-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 1 TYR TYROSINE × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 THE COMPLEX WAS PREPARED BY DIFFUSION OF GLY-TYR INTO CPA CRYSTALS. THE OCCUPANCY OF THE GLY-TYR IS APPROXIMATELY FORTY PERCENT.	分辨率 2.00 Å
3FVL Crystallogic studies on the Complex of Carboxypeptidase A with inhibitors using alpha-hydroxy ketone as zinc-binding group 提交 2009-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 111–417（307 aa）片段：residues 1-307 链 C 111–417（307 aa）片段：residues 1-307 链 E 111–417（307 aa）片段：residues 1-307	未记录	ZN ZINC ION × 3 BHK (2R)-2-benzyl-5-hydroxy-4-oxopentanoic acid × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；277 K；0.02% glutaraldehyde, 0.15M lithium chloride, pH 7.5, temperature 277K, MICRODIALYSIS	分辨率 1.85 Å R-free 0.238
3FVL Crystallogic studies on the Complex of Carboxypeptidase A with inhibitors using alpha-hydroxy ketone as zinc-binding group 提交 2009-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）片段：residues 1-307	未记录	ZN ZINC ION × 1 BHK (2R)-2-benzyl-5-hydroxy-4-oxopentanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；277 K；0.02% glutaraldehyde, 0.15M lithium chloride, pH 7.5, temperature 277K, MICRODIALYSIS	分辨率 1.85 Å R-free 0.238
3FVL Crystallogic studies on the Complex of Carboxypeptidase A with inhibitors using alpha-hydroxy ketone as zinc-binding group 提交 2009-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 111–417（307 aa）片段：residues 1-307	未记录	ZN ZINC ION × 1 BHK (2R)-2-benzyl-5-hydroxy-4-oxopentanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；277 K；0.02% glutaraldehyde, 0.15M lithium chloride, pH 7.5, temperature 277K, MICRODIALYSIS	分辨率 1.85 Å R-free 0.238
3FVL Crystallogic studies on the Complex of Carboxypeptidase A with inhibitors using alpha-hydroxy ketone as zinc-binding group 提交 2009-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 111–417（307 aa）片段：residues 1-307	未记录	ZN ZINC ION × 1 BHK (2R)-2-benzyl-5-hydroxy-4-oxopentanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；277 K；0.02% glutaraldehyde, 0.15M lithium chloride, pH 7.5, temperature 277K, MICRODIALYSIS	分辨率 1.85 Å R-free 0.238
3FX6 X-RAY crystallographic studies on the complex of carboxypeptidase A with the inhibitor using alpha-nitro ketone as the zinc-binding group 提交 2009-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 111–417（307 aa）链 C 111–417（307 aa）链 E 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 BPX (2R)-4,4-dihydroxy-5-nitro-2-(phenylmethyl)pentanoic acid × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；277 K；0.15M lithium chloride, 0.02% glutaraldehyde, 0.025M Tris, pH7.5, MICRODIALYSIS, temperature 277K	分辨率 1.85 Å R-free 0.239
3FX6 X-RAY crystallographic studies on the complex of carboxypeptidase A with the inhibitor using alpha-nitro ketone as the zinc-binding group 提交 2009-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 BPX (2R)-4,4-dihydroxy-5-nitro-2-(phenylmethyl)pentanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；277 K；0.15M lithium chloride, 0.02% glutaraldehyde, 0.025M Tris, pH7.5, MICRODIALYSIS, temperature 277K	分辨率 1.85 Å R-free 0.239
3FX6 X-RAY crystallographic studies on the complex of carboxypeptidase A with the inhibitor using alpha-nitro ketone as the zinc-binding group 提交 2009-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 BPX (2R)-4,4-dihydroxy-5-nitro-2-(phenylmethyl)pentanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；277 K；0.15M lithium chloride, 0.02% glutaraldehyde, 0.025M Tris, pH7.5, MICRODIALYSIS, temperature 277K	分辨率 1.85 Å R-free 0.239
3FX6 X-RAY crystallographic studies on the complex of carboxypeptidase A with the inhibitor using alpha-nitro ketone as the zinc-binding group 提交 2009-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 BPX (2R)-4,4-dihydroxy-5-nitro-2-(phenylmethyl)pentanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；277 K；0.15M lithium chloride, 0.02% glutaraldehyde, 0.025M Tris, pH7.5, MICRODIALYSIS, temperature 277K	分辨率 1.85 Å R-free 0.239
3KGQ Carboxypeptidase A liganded to an organic small-molecule: conformational changes 提交 2009-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–419（309 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 CIT CITRIC ACID × 1 ACN ACETONE × 1 FMT FORMIC ACID × 3 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；20% PEG 3350, 0.2M NH4Cl, 0.02M Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 1.70 Å R-free 0.204
4CPA REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF THE POTATO INHIBITOR COMPLEX OF CARBOXYPEPTIDASE A AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1982-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
4CPA REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF THE POTATO INHIBITOR COMPLEX OF CARBOXYPEPTIDASE A AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1982-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 111–417（307 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
5CPA REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF CARBOXYPEPTIDASE A AT 1.54 ANGSTROMS RESOLUTION. 提交 1982-05-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.54 Å
6CPA CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF CARBOXYPEPTIDASE A WITH A STRONGLY BOUND PHOSPHONATE IN A NEW CRYSTALLINE FORM: COMPARISON WITH STRUCTURES OF OTHER COMPLEXES 提交 1990-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 ZAF O-(((1R)-((N-PHENYLMETHOXYCARBONYL-L-ALANYL)AMINO)ETHYL)HYDROXYPHOSPHONO)-L-BENZYLACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
7CPA COMPARISON OF THE STRUCTURES OF THREE CARBOXYPEPTIDASE A-PHOSPHONATE COMPLEXES DETERMINED BY X-RAY CRYSTALLOGRAPHY 提交 1991-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 FVF O-((((N-PHENYL-METHOXY-CARBONYL)-PHENYL ALANYL-CARBONYL)AMINO)-ISOBUTYL)HYDROXY PHOSPHINYL)-3-PHENYLACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
8CPA COMPARISON OF THE STRUCTURES OF THREE CARBOXYPEPTIDASE A-PHOSPHONATE COMPLEXES DETERMINED BY X-RAY CRYSTALLOGRAPHY 提交 1991-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 AGF O-(((1R)-((N-(PHENYL-METHOXY-CARBONYL)-ALANYL)-AMINO)METHYL)HYDROXYPHOSPHINYL)3-L-PHENYLLACTATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å

共 29 个其他 PDB 条目、45 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CBPA1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–94； UniProt 17–110 作者链 B； PDB构建体 1–309； UniProt 111–419

PROPROTEINASE E

物种未注明

UniProt P05805

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–253	未记录	PROCARBOXYPEPTIDASE A × 1 （P00730） PROCARBOXYPEPTIDASE A × 1 （P00730） CHYMOTRYPSINOGEN C × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.35 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 1PYT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1FON CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE PROCARBOXYPEPTIDASE A-S6 SUBUNIT III, A HIGHLY STRUCTURED TRUNCATED ZYMOGEN E 提交 1996-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 14–253（240 aa）片段：SUBUNIT III 链 B 14–253（240 aa）片段：SUBUNIT III	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å R-free 0.220

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAC3_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–253； UniProt 1–253

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1pyt
沉积日期 deposition_date	1995-06-21
结构标题 title	TERNARY COMPLEX OF PROCARBOXYPEPTIDASE A, PROPROTEINASE E, AND CHYMOTRYPSINOGEN C
关键词 keywords	TERNARY COMPLEX (ZYMOGEN), SERINE PROTEINASE, C-TERMINAL PEPTIDASE; TERNARY COMPLEX (ZYMOGEN)
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.69 Å
零角强度 I(0) i0	158341000.00
分子量 molecular_weight	99681.0 kDa
排除体积 excluded_volume	124310 Å³
包络体积 envelope_volume	152200 Å³
水化壳体积 shell_volume	40777 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.8 Å
壳层 Rg shell_rg	38.32 Å
包络 Rg envelope_rg	30.43 Å
形状 Rg shape_rg	30.68 Å
总 Rg total_rg	31.35 Å
总原子数 total_atoms	7030
残基数 n_residues	877
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.2 Å
Rg (实空间) rg_real	31.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5830e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2670e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	158300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9090
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	33.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.168
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.678
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	63060000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.949; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.965

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROCARBOXYPEPTIDASE A
分子量 formula_weight	10801.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.17.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7411

KEDFVGHQVLRITAADEAEVQTVKELEDLEHLQLDFWRGPGQPGSPIDVRVPFPSLQAVKVFLEAHGIRYRIMIEDVQSLLDEEQEQMFASQSR

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROCARBOXYPEPTIDASE A
分子量 formula_weight	34793.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.17.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ARSTNTFNYATYHTLDEIYDFMDLLVAEHPQLVSKLQIGRSYEGRPIYVLKFSTGGSNRPAIWIDLGIHSREWITQATGVWFAKKFTEDYGQDPSFTAILDSMDIFLEIVTNPDGFAFTHSQNRLWRKTRSVTSSSLCVGVDANRNWDAGFGKAGASSSPCSETYHGKYANSEVEVKSIVDFVKDHGNFKAFLSIHSYSQLLLYPYGYTTQSIPDKTELNQVAKSAVEALKSLYGTSYKYGSIITTIYQASGGSIDWSYNQGIKYSFTFELRDTGRYGFLLPASQIIPTAQETWLGVLTIMEHTLNNLY

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PROPROTEINASE E
分子量 formula_weight	27336.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

FSQPFSRPSSRVVNGEDAVPYSWSWQVSLQYEKDGAFHHTCGGSLIAPDWVVTAGHCISTSRTYQVVLGEYDRSVLQGSEQVIPINAGDLFVHPLWNSNCVACGNDIALVKLSRSAQLGDKVQLANLPPAGDILPNEAPCYISGWGRLYTGGPLPDKLQEALLPVVDYEHCSQYDWWGITVKKTMVCAGGDTRSGCDGDSGGPLNCPAADGSWQVHGVTSFVSAFGCNTIKKPTVFTRVSAFIDWINETIASN

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	CHYMOTRYPSINOGEN C
分子量 formula_weight	27385.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

CGAPIFQPNLSARVVGGEDAIPHSWPWQISLQYLRDNTWRHTCGGTLITPNHVLTAAHCISNTLTYRVALGKNNLEVEDEAGSLYVGVDTIFVHEKWNSFLVRNDIALIKLAETVELGDTIQVACLPSEGSLLPQDYPCFVTGWGRLYTNGPIAAELQQGLQPVVDYATCSQRDWWGTTVKETMVCAGGDGVISACNGDSGGPLNCQADGQWDVRGIVSFGSGLSCNTFKKPTVFTRVSAYIDWINQKLQL

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	381

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1pyta_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.3 — Protease propeptides/inhibitors
家族 Family family	d.58.3.1 — Pancreatic carboxypeptidase, activation domain

结构域编号 domain_id	d1pytb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.56.5 — Zn-dependent exopeptidases
家族 Family family	c.56.5.1 — Pancreatic carboxypeptidases

结构域编号 domain_id	d1pytc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d1pytd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1pytA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — Metallocarboxypeptidase-like

结构域编号 domain_id	1pytB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	1pytC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1pytC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1pytD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1pytD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	188.500 Å
晶胞边长 b length_b	188.500 Å
晶胞边长 c length_c	82.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	0.1920
R_work r_work	0.1920
R_free r_free	0.2830

fit	/app/data/saxs_computation/py/1pyt/1pyt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/py/1pyt/1pyt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/py/1pyt/1pyt.dat

TERNARY COMPLEX OF PROCARBOXYPEPTIDASE A, PROPROTEINASE E, AND CHYMOTRYPSINOGEN C

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROCARBOXYPEPTIDASE A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROPROTEINASE E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)