SAXSdb — 1q1r

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putidaredoxin reductase

Pseudomonas putida

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–422	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；lithium sulfate, lithium acetate, lithium formate, bis-tris propane, glycerol, dithiothreitol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.91 Å R-free 0.236
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–422	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；lithium sulfate, lithium acetate, lithium formate, bis-tris propane, glycerol, dithiothreitol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.91 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1Q1R	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1Q1W Crystal Structure of Putidaredoxin Reductase from Pseudomonas putida 提交 2003-07-22	结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–422（422 aa）	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；lithium sulfate, lithium acetate, lithium formate, bis-tris propane, glycerol, dithiothreitol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.240
1Q1W Crystal Structure of Putidaredoxin Reductase from Pseudomonas putida 提交 2003-07-22	结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–422（422 aa）	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；lithium sulfate, lithium acetate, lithium formate, bis-tris propane, glycerol, dithiothreitol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.240
3LB8 Crystal structure of the covalent putidaredoxin reductase-putidaredoxin complex 提交 2010-01-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–422（421 aa）	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；1.3 M malonate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
3LB8 Crystal structure of the covalent putidaredoxin reductase-putidaredoxin complex 提交 2010-01-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–422（421 aa）	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；1.3 M malonate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.272

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAMA_PSEPU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–422； UniProt 1–422 作者链 B； PDB构建体 1–422； UniProt 1–422

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1q1r
沉积日期 deposition_date	2003-07-22
结构标题 title	Crystal Structure of Putidaredoxin Reductase from Pseudomonas putida
关键词 keywords	glutathione reductase fold, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.51 Å
零角强度 I(0) i0	138316000.00
分子量 molecular_weight	92415.0 kDa
排除体积 excluded_volume	115320 Å³
包络体积 envelope_volume	145090 Å³
水化壳体积 shell_volume	38828 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.1 Å
壳层 Rg shell_rg	38.20 Å
包络 Rg envelope_rg	31.48 Å
形状 Rg shape_rg	31.52 Å
总 Rg total_rg	32.01 Å
总原子数 total_atoms	6500
残基数 n_residues	842
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.8 Å
Rg (实空间) rg_real	32.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3830e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3220e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	138300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8935
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.331
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.451
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	50140000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.907; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.900

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Putidaredoxin reductase
分子量 formula_weight	46780.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.18.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7158

MNANDNVVIVGTGLAGVEVAFGLRASGWEGNIRLVGDATVIPHHLPPLSKAYLAGKATAESLYLRTPDAYAAQNIQLLGGTQVTAINRDRQQVILSDGRALDYDRLVLATGGRPRPLPVASGAVGKANNFRYLRTLEDAECIRRQLIADNRLVVIGGGYIGLEVAATAIKANMHVTLLDTAARVLERVTAPPVSAFYEHLHREAGVDIRTGTQVCGFEMSTDQQKVTAVLCEDGTRLPADLVIAGIGLIPNCELASAAGLQVDNGIVINEHMQTSDPLIMAVGDCARFHSQLYDRWVRIESVPNALEQARKIAAILCGKVPRDEAAPWFWSDQYEIGLKMVGLSEGYDRIIVRGSLAQPDFSVFYLQGDRVLAVDTVNRPVEFNQSKQIITDRLPVEPNLLGDESVPLKEIIAAAKAELSSAPARHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas putida
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	303
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	658

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1q1ra1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family family	c.3.1.5 — FAD/NAD-linked reductases, N-terminal and central domains

结构域编号 domain_id	d1q1ra2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family family	c.3.1.5 — FAD/NAD-linked reductases, N-terminal and central domains

结构域编号 domain_id	d1q1ra3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.87 — CO dehydrogenase flavoprotein C-domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.87.1 — FAD/NAD-linked reductases, dimerisation (C-terminal) domain
家族 Family family	d.87.1.1 — FAD/NAD-linked reductases, dimerisation (C-terminal) domain

结构域编号 domain_id	d1q1rb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family family	c.3.1.5 — FAD/NAD-linked reductases, N-terminal and central domains

结构域编号 domain_id	d1q1rb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family family	c.3.1.5 — FAD/NAD-linked reductases, N-terminal and central domains

结构域编号 domain_id	d1q1rb3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.87 — CO dehydrogenase flavoprotein C-domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.87.1 — FAD/NAD-linked reductases, dimerisation (C-terminal) domain
家族 Family family	d.87.1.1 — FAD/NAD-linked reductases, dimerisation (C-terminal) domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1q1rA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	1q1rA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	1q1rA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain

结构域编号 domain_id	1q1rB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	1q1rB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	1q1rB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.780 Å
晶胞边长 b length_b	104.130 Å
晶胞边长 c length_c	166.780 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.910 Å
最低分辨率 resolution_low	29.570 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2126
R_free r_free	0.2358

fit	/app/data/saxs_computation/q1/1q1r/1q1r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q1/1q1r/1q1r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q1/1q1r/1q1r.dat

Crystal Structure of Putidaredoxin Reductase from Pseudomonas putida

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putidaredoxin reductase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction