SAXSdb — 1q5d

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1q5d
沉积日期 deposition_date	2003-08-06
结构标题 title	Epothilone B-bound Cytochrome P450epoK
关键词 keywords	cytochrome P450, epothilone, oxydoreductase, heme-enzyme, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.79 Å
零角强度 I(0) i0	33795600.00
分子量 molecular_weight	45902.0 kDa
排除体积 excluded_volume	57895 Å³
包络体积 envelope_volume	65727 Å³
水化壳体积 shell_volume	25570 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.0 Å
壳层 Rg shell_rg	28.24 Å
包络 Rg envelope_rg	21.06 Å
形状 Rg shape_rg	20.78 Å
总 Rg total_rg	21.72 Å
总原子数 total_atoms	3237
残基数 n_residues	401
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.8 Å
Rg (实空间) rg_real	22.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4940e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	33800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9044
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.134
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.479
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7254000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.991

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	P450 epoxidase
分子量 formula_weight	46809.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3485

MTQEQANQSETKPAFDFKPFAPGYAEDPFPAIERLREATPIFYWDEGRSWVLTRYHDVSAVFRDERFAVSREEWESSAEYSSAIPELSDMKKYGLFGLPPEDHARVRKLVNPSFTSRAIDLLRAEIQRTVDQLLDARSGQEEFDVVRDYAEGIPMRAISALLKVPAECDEKFRRFGSATARALGVGLVPRVDEETKTLVASVTEGLALLHGVLDERRRNPLENDVLTMLLQAEADGSRLSTKELVALVGAIIAAGTDTTIYLIAFAVLNLLRSPEALELVKAEPGLMRNALDEVLRFDNILRIGTVRFARQDLEYCGASIKKGEMVFLLIPSALRDGTVFSRPDVFDVRRDTSASLAYGRGPHVCPGVSLARLEAEIAVGTIFRRFPEMKLKETPVFGYHPAFRNIESLNVILKPSKAG

来源 Source

来源生物 organism	Sorangium cellulosum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	56
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	7,11-DIHYDROXY-8,8,10,12,16-PENTAMETHYL-3-[1-METHYL-2-(2-METHYL-THIAZOL-4-YL)VINYL]-4,17-DIOXABICYCLO[14.1.0]HEPTADECANE-5,9-DIONE
分子量 formula_weight	507.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	248

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1q5da_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamily	a.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family family	a.104.1.1 — Cytochrome P450

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1q5dA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome P450

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.430 Å
晶胞边长 b length_b	60.430 Å
晶胞边长 c length_c	252.840 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 2 2
空间群编号 int_tables_number	95
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.930 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2196
R_work r_work	0.2175
R_free r_free	0.2600

fit	/app/data/saxs_computation/q5/1q5d/1q5d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q5/1q5d/1q5d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q5/1q5d/1q5d.dat

Epothilone B-bound Cytochrome P450epoK

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction