1qat

1-PHOSPHATIDYLINOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE PHOSPHODIESTERASE DELTA COMPLEX WITH SAMARIUM (III) CHLORIDE

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHOLIPASE C DELTA-1

Rattus norvegicus

UniProt P10688

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 SAMARIUM (III) ION × 2 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 SAMARIUM (III) ION × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PLCD1_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–622; UniProt 135–756 作者链 B; PDB构建体 1–622; UniProt 135–756

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1qat
沉积日期 deposition_date1996-08-02
结构标题 title1-PHOSPHATIDYLINOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE PHOSPHODIESTERASE DELTA COMPLEX WITH SAMARIUM (III) CHLORIDE
关键词 keywordsHYDROLASE, LIPID DEGRADATION, TRANSDUCER, CALCIUM-BINDING; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1qat__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1qat__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1qat__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)25.91 Å
Rg(电子密度)25.02 Å
总 Rg25.86 Å
原子数4020
残基数509
排除体积71266 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1qat__assembly_1__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1qat__assembly_2__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1qata1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.7 — EF-hand modules in multidomain proteins
结构域编号 domain_idd1qata2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.7.1 — C2 domain (Calcium/lipid-binding domain, CaLB)
家族 Family familyb.7.1.1 — PLC-like (P variant)
结构域编号 domain_idd1qata3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.18 — PLC-like phosphodiesterases
家族 Family familyc.1.18.1 — Mammalian PLC
结构域编号 domain_idd1qatb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.7 — EF-hand modules in multidomain proteins
结构域编号 domain_idd1qatb2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.7.1 — C2 domain (Calcium/lipid-binding domain, CaLB)
家族 Family familyb.7.1.1 — PLC-like (P variant)
结构域编号 domain_idd1qatb3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.18 — PLC-like phosphodiesterases
家族 Family familyc.1.18.1 — Mammalian PLC

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1qatA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id1qatA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily190 — Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase
结构域编号 domain_id1qatA03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — C2 domain
结构域编号 domain_id1qatB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id1qatB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily190 — Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase
结构域编号 domain_id1qatB03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — C2 domain

7. 引用文献 (3)