SAXSdb — 1qf8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CASEIN KINASE II

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–182 链 B； UniProt 1–182	片段：BETA SUBUNIT (RESIDUES 1-182) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；281 K；CRYSTALS OF CK2 BETA (1-182) WERE GROWN AT 281 K IN 4 MICROLITER SITTING DROPS CONTAINING A 1:1 MIXTURE OF PROTEIN SOLUTION (18 MG/ML) IN 10 MM TRIS (PH 7) AND RESERVOIR SOLUTION WITH 15% PEG 5K MME, 500 MM NACL, 460 MM MGCL2 3% DIOXANE, pH 9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.74 Å R-free 0.219

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1QF8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DS5 DIMERIC CRYSTAL STRUCTURE OF THE ALPHA SUBUNIT IN COMPLEX WITH TWO BETA PEPTIDES MIMICKING THE ARCHITECTURE OF THE TETRAMERIC PROTEIN KINASE CK2 HOLOENZYME. 提交 2000-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 181–203（23 aa）片段：RESIDUES 181-203 链 F 181–203（23 aa）片段：RESIDUES 181-203	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；PEG 4000, sodium acetate, tris-HCl, magnesium chloride, ATP, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 3.16 Å R-free 0.289
1DS5 DIMERIC CRYSTAL STRUCTURE OF THE ALPHA SUBUNIT IN COMPLEX WITH TWO BETA PEPTIDES MIMICKING THE ARCHITECTURE OF THE TETRAMERIC PROTEIN KINASE CK2 HOLOENZYME. 提交 2000-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 181–203（23 aa）片段：RESIDUES 181-203 链 H 181–203（23 aa）片段：RESIDUES 181-203	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；PEG 4000, sodium acetate, tris-HCl, magnesium chloride, ATP, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 3.16 Å R-free 0.289
1JWH Crystal Structure of Human Protein Kinase CK2 Holoenzyme 提交 2001-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–215（215 aa）链 D 1–215（215 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 7 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.3；285 K；initial composition of the drop: 3 ul rhCK2 stock solution [5 mg/ml enzyme in 25 mM Tris/HCl, 300 mM NaCl, 1 mM dithiothreitole, pH 8.5], 1.5 ul reservoir solution [20 % (w/v) PEG3350, 200 mM dipotassium hydrogenphosphate], 3 ul 1 mM adenylyl imidodiphosphate (AMPPNP), 3 ul 2 mM magnesium chloride, 2 ul 10 % (w/v) polyethylene glycol 400 dodecylether (Thesit), pH 9.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K	分辨率 3.10 Å R-free 0.338
3EED Crystal structure of human protein kinase CK2 regulatory subunit (CK2beta; mutant 1-193) 提交 2008-09-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–193（193 aa）片段：regulatory subunit, UNP residues 1-193 链 B 1–193（193 aa）片段：regulatory subunit, UNP residues 1-193	未记录	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；293 K；25.5% PEG 8000, 15% glycerol, 0.17M ammonium sulfate, 0.085M sodium cacodylate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.216
3EED Crystal structure of human protein kinase CK2 regulatory subunit (CK2beta; mutant 1-193) 提交 2008-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–193（193 aa）片段：regulatory subunit, UNP residues 1-193 链 B 1–193（193 aa）片段：regulatory subunit, UNP residues 1-193	未记录	ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；293 K；25.5% PEG 8000, 15% glycerol, 0.17M ammonium sulfate, 0.085M sodium cacodylate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.216
4DGL Crystal Structure of the CK2 Tetrameric Holoenzyme 提交 2012-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–215（215 aa）链 B 1–215（215 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；PEG 3350 18%, 0.2 M sodium malonate, pH 7, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.222
4MD7 Crystal Structure of full-length symmetric CK2 holoenzyme 提交 2013-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–215（215 aa）链 B 1–215（215 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；20% PEG3350, 0.2 M ammonium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 3.10 Å R-free 0.263
4MD7 Crystal Structure of full-length symmetric CK2 holoenzyme 提交 2013-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–215（215 aa）链 D 1–215（215 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；20% PEG3350, 0.2 M ammonium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 3.10 Å R-free 0.263
4MD8 Crystal Structure of full-length symmetric CK2 holoenzyme with mutated alpha subunit (F121E) 提交 2013-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–215（215 aa）链 B 1–215（215 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；20% PEG3350, 0.2 M ammonium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 3.30 Å R-free 0.249
4MD8 Crystal Structure of full-length symmetric CK2 holoenzyme with mutated alpha subunit (F121E) 提交 2013-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–215（215 aa）链 D 1–215（215 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；20% PEG3350, 0.2 M ammonium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 3.30 Å R-free 0.249
4MD9 Crystal Structure of symmetric CK2 holoenzyme with mutated alpha subunit (F121E truncated at aa 336) 提交 2013-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–215（215 aa）链 B 1–215（215 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；20% PEG3350, 0.2 M ammonium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 3.50 Å R-free 0.259
4MD9 Crystal Structure of symmetric CK2 holoenzyme with mutated alpha subunit (F121E truncated at aa 336) 提交 2013-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–215（215 aa）链 D 1–215（215 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；20% PEG3350, 0.2 M ammonium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 3.50 Å R-free 0.259
4MD9 Crystal Structure of symmetric CK2 holoenzyme with mutated alpha subunit (F121E truncated at aa 336) 提交 2013-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 N 1–215（215 aa）链 O 1–215（215 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；20% PEG3350, 0.2 M ammonium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 3.50 Å R-free 0.259
4MD9 Crystal Structure of symmetric CK2 holoenzyme with mutated alpha subunit (F121E truncated at aa 336) 提交 2013-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 1–215（215 aa）链 J 1–215（215 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；20% PEG3350, 0.2 M ammonium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 3.50 Å R-free 0.259
4NH1 Crystal structure of a heterotetrameric CK2 holoenzyme complex carrying the Andante-mutation in CK2beta and consistent with proposed models of autoinhibition and trans-autophosphorylation 提交 2013-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–215（215 aa）链 D 1–215（215 aa）	突变：Met166Ile 突变：Met166Ile	MG MAGNESIUM ION × 4 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 2 GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.30 Å R-free 0.251

共 8 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CSK2B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182 作者链 B； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1qf8
沉积日期 deposition_date	1999-04-07
结构标题 title	TRUNCATED FORM OF CASEIN KINASE II BETA SUBUNIT (2-182) FROM HOMO SAPIENS
关键词 keywords	CASEIN KINASE BETA SUBUNIT (1-182), SER/THR PROTEIN KINASE, ZN FINGER, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.07 Å
零角强度 I(0) i0	27868000.00
分子量 molecular_weight	39150.0 kDa
排除体积 excluded_volume	47896 Å³
包络体积 envelope_volume	59346 Å³
水化壳体积 shell_volume	20397 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.9 Å
壳层 Rg shell_rg	31.22 Å
包络 Rg envelope_rg	26.43 Å
形状 Rg shape_rg	26.13 Å
总 Rg total_rg	26.46 Å
总原子数 total_atoms	2688
残基数 n_residues	314
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.2 Å
Rg (实空间) rg_real	26.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9910e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	27870000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8228
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.497
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.481
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.703; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.669; Smooth: 0.915

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CASEIN KINASE II
分子量 formula_weight	21552.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.37
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3031

MSSSEEVSWISWFCGLRGNEFFCEVDEDYIQDKFNLTGLNEQVPHYRQALDMILDLEPDEELEDNPNQSDLIEQAAEMLYGLIHARYILTNRGIAQMLEKYQQGDFGYCPRVYCENQPMLPIGLSDIPGEAMVKLYCPKCMDVYTPKSSRHHHTDGAYFGTGFPHMLFMVHPEYRPKRPANQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	324

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1qf8a_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.4 — Casein kinase II beta subunit
家族 Family family	g.41.4.1 — Casein kinase II beta subunit

结构域编号 domain_id	d1qf8b_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.4 — Casein kinase II beta subunit
家族 Family family	g.41.4.1 — Casein kinase II beta subunit

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1qf8A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1820 — protein kinase ck2 holoenzyme, chain C, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — protein kinase ck2 holoenzyme, chain C, domain 1

结构域编号 domain_id	1qf8A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	25 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1qf8B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1820 — protein kinase ck2 holoenzyme, chain C, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — protein kinase ck2 holoenzyme, chain C, domain 1

结构域编号 domain_id	1qf8B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	25 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	132.230 Å
晶胞边长 b length_b	132.230 Å
晶胞边长 c length_c	63.780 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 42 21 2
空间群编号 int_tables_number	94
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.740 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1940
R_free r_free	0.2190

fit	/app/data/saxs_computation/qf/1qf8/1qf8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qf/1qf8/1qf8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qf/1qf8/1qf8.dat

TRUNCATED FORM OF CASEIN KINASE II BETA SUBUNIT (2-182) FROM HOMO SAPIENS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CASEIN KINASE II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction