SAXSdb — 1qgc

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1qgc
沉积日期 deposition_date	1999-04-23
结构标题 title	STRUCTURE OF THE COMPLEX OF A FAB FRAGMENT OF A NEUTRALIZING ANTIBODY WITH FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS
关键词 keywords	VIRUS-ANTIBODY COMPLEX, Icosahedral virus, Virus-Immune system COMPLEX; Virus/Immune system
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.02 Å
零角强度 I(0) i0	219394000.00
分子量 molecular_weight	117570.0 kDa
排除体积 excluded_volume	146250 Å³
包络体积 envelope_volume	211220 Å³
水化壳体积 shell_volume	47893 Å³
包络直径 envelope_diameter	135.4 Å
壳层 Rg shell_rg	42.08 Å
包络 Rg envelope_rg	38.32 Å
形状 Rg shape_rg	38.01 Å
总 Rg total_rg	38.35 Å
总原子数 total_atoms	8279
残基数 n_residues	1081
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	128.8 Å
Rg (实空间) rg_real	38.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1940e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	219400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6855
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.353
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.433
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17570000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.881; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.132; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.885

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (VIRUS CAPSID PROTEIN VP1)
分子量 formula_weight	22667.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	8279

TTTTGESADPVTTTVENYGGETQVQRRHHTDVAFVLDRFVKVTVSDNQHTLDVMQAHKDNIVGALLRAATYYFSDLEIAVTHTGKLTWVPNGAPVSALNNTTNPTAYHKGPVTRLALPYTAPHRVLATAYTGTTTYTASARGDLAHLTTTHARHLPTSFNFGAVKAETITELLVRMKRAELYCPRPILPIQPTGDRHKQPLVAPAKQ

Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (VIRUS CAPSID PROTEIN VP2)
分子量 formula_weight	24297.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

DKKTEETTLLEDRILTTRNGHTTSTTQSSVGVTFGYATAEDSTSGPNTSALETRVHQAERFFKMALFDWVPSQNFGHMHKVVLPHEPKGVYGGLVKSYAYMRNGWDVEVTAVGNQFNGGCLLVALVPEMGDISDREKYQLTLYPHQFINPRTNMTAHITVPYVGVNRYDQYKQHRPWTLVVMVVAPLTTNTAGAQQIKVYANIAPTNVHVAGELPSKE

Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN (VIRUS CAPSID PROTEIN VP3)
分子量 formula_weight	24020.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

GIFPVACSDGYGNMVTTDPKTADPAYGKVYNPPRTALPGRFTNYLDVAEACPTFLMFENVPYVSTRTDGQRLLAKFDVSLAAKHMSNTYLAGLAQYYTQYTGTINLHFMFTGPTDAKARYMVAYVPPGMDAPDNPEEAAHCIHAEWDTGLNSKFTFSIPYISAADYTYTASHEAETTCVQGWVCVYQITHGKADADALVVSASAGKDFELRLPVDARQQ

Entity 4 polymer

描述 description	PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN)
分子量 formula_weight	24013.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

DIVLTQSPASLAVSLGQRATISCRASESVDSSGHSFMHWYQQKPGQPPKLLIYRASNLESGIPDRFSGSGSRTDFTLTIDPVEADDVATYYCQQSNEVPLTFGAGTKLDLKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

Entity 5 polymer

描述 description	PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN HEAVY CHAIN)
分子量 formula_weight	23442.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

EVMLVESGGGLVKPGGSLKLSCTASGFIFNRCAMSWVRQTPEKRLEWVATISSGGTYTYYPDSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMSSLRSADTAMYYCVRREDGGDEGFAYWGQGTVVTVSAAKTTPPSVYPLAPGSAAAAASMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPR

Entity 6 polymer

描述 description	PROTEIN (GH-LOOP FROM VIRUS CAPSID PROTEIN VP1)
分子量 formula_weight	2463.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	5

TTAYTASARGDLAHLTTTAARTLP

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d1qgc1_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1qgc2_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1qgc3_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1qgc4_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1qgc5_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	30.000 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	30.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	—

fit	/app/data/saxs_computation/qg/1qgc/1qgc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qg/1qgc/1qgc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qg/1qgc/1qgc.dat

STRUCTURE OF THE COMPLEX OF A FAB FRAGMENT OF A NEUTRALIZING ANTIBODY WITH FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)