SAXSdb — 1qhw

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1qhw
沉积日期 deposition_date	1999-03-26
结构标题 title	PURPLE ACID PHOSPHATASE FROM RAT BONE
关键词 keywords	METAL PHOSPHATASE, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.04 Å
零角强度 I(0) i0	21342800.00
分子量 molecular_weight	34585.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42937 Å³
包络体积 envelope_volume	48109 Å³
水化壳体积 shell_volume	21344 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.5 Å
壳层 Rg shell_rg	25.30 Å
包络 Rg envelope_rg	18.47 Å
形状 Rg shape_rg	18.00 Å
总 Rg total_rg	19.12 Å
总原子数 total_atoms	2425
残基数 n_residues	300
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	58.6 Å
Rg (实空间) rg_real	19.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1340e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5250e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21340000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9030
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.059
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.507
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4953000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.998

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (PURPLE ACID PHOSPHATASE)
分子量 formula_weight	36770.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2528

MDTWMVLLGLQILLLPLLAHCTAPASTLRFVAVGDWGGVPNAPFHTAREMANAKEIARTVQIMGADFIMSLGDNFYFTGVHDANDKRFQETFEDVFSDRALRNIPWYVLAGNHDHLGNVSAQIAYSKISKRWNFPSPYYRLRFKVPRSNITVAIFMLDTVMLCGNSDDFVSQQPEMPRDLGVARTQLSWLKKQLAAAKEDYVLVAGHYPIWSIAEHGPTRCLVKNLRPLLAAYGVTAYLCGHDHNLQYLQDENGVGYVLSGAGNFMDPSVRHQRKVPNGYLRFHYGSEDSLGGFTYVEIGSKEMSITYVEASGKSLFKTSLPRRPRP

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	103

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1qhwa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamily	d.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family family	d.159.1.1 — Purple acid phosphatase-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1qhwA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metallo-dependent phosphatases

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	69.980 Å
晶胞边长 b length_b	88.120 Å
晶胞边长 c length_c	57.070 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.2130
R_work r_work	0.2130
R_free r_free	0.2650

fit	/app/data/saxs_computation/qh/1qhw/1qhw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qh/1qhw/1qhw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qh/1qhw/1qhw.dat

PURPLE ACID PHOSPHATASE FROM RAT BONE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution