1qmc

C-terminal DNA-binding domain of HIV-1 integrase, NMR, 42 structures

Method: SOLUTION NMR

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 INTEGRASE

HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 BH10

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	无其他共同聚合物	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POL_HV1B1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–52； UniProt 947–997 作者链 B； PDB构建体 2–52； UniProt 947–997

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1qmc
沉积日期 deposition_date	1999-09-27
结构标题 title	C-terminal DNA-binding domain of HIV-1 integrase, NMR, 42 structures
关键词 keywords	INTEGRASE, DNA-BINDING PROTEIN, SRC HOMOLOGY 3 (SH3)-LIKE FOLD, AIDS, POLYPROTEIN, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1qmc__assembly_1__model_21

Assembly 1 · Model 21 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1qmc__assembly_1__model_21 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1qmc__assembly_1__model_21 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.62 Å
Rg（电子密度）	15.17 Å
总 Rg	16.43 Å
原子数	1778
残基数	104
排除体积	15629 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1qmc__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	2	`1qmc__assembly_1__model_2`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	3	`1qmc__assembly_1__model_3`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	4	`1qmc__assembly_1__model_4`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	5	`1qmc__assembly_1__model_5`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	6	`1qmc__assembly_1__model_6`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	7	`1qmc__assembly_1__model_7`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	8	`1qmc__assembly_1__model_8`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	9	`1qmc__assembly_1__model_9`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	10	`1qmc__assembly_1__model_10`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	11	`1qmc__assembly_1__model_11`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	12	`1qmc__assembly_1__model_12`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	13	`1qmc__assembly_1__model_13`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	14	`1qmc__assembly_1__model_14`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	15	`1qmc__assembly_1__model_15`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	16	`1qmc__assembly_1__model_16`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	17	`1qmc__assembly_1__model_17`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	18	`1qmc__assembly_1__model_18`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	19	`1qmc__assembly_1__model_19`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	20	`1qmc__assembly_1__model_20`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	21	`1qmc__assembly_1__model_21`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	22	`1qmc__assembly_1__model_22`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	23	`1qmc__assembly_1__model_23`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	24	`1qmc__assembly_1__model_24`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	25	`1qmc__assembly_1__model_25`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	26	`1qmc__assembly_1__model_26`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	27	`1qmc__assembly_1__model_27`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	28	`1qmc__assembly_1__model_28`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	29	`1qmc__assembly_1__model_29`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	30	`1qmc__assembly_1__model_30`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	31	`1qmc__assembly_1__model_31`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	32	`1qmc__assembly_1__model_32`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	33	`1qmc__assembly_1__model_33`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	34	`1qmc__assembly_1__model_34`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	35	`1qmc__assembly_1__model_35`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	36	`1qmc__assembly_1__model_36`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	37	`1qmc__assembly_1__model_37`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	38	`1qmc__assembly_1__model_38`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	39	`1qmc__assembly_1__model_39`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	40	`1qmc__assembly_1__model_40`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	41	`1qmc__assembly_1__model_41`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	42	`1qmc__assembly_1__model_42`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1qmca1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.7 — DNA-binding domain of retroviral integrase
家族 Family family	b.34.7.1 — DNA-binding domain of retroviral integrase

结构域编号 domain_id	d1qmca2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1qmcb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.7 — DNA-binding domain of retroviral integrase
家族 Family family	b.34.7.1 — DNA-binding domain of retroviral integrase

结构域编号 domain_id	d1qmcb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1qmcA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral

结构域编号 domain_id	1qmcB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	HIV-1 INTEGRASE
分子量 formula_weight	6152.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	74676

来源生物 organism	HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 BH10
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11678
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

C-terminal DNA-binding domain of HIV-1 integrase, NMR, 42 structures

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 INTEGRASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1qmc__assembly_1__model_21

1qmc__assembly_1__model_21 | I(q)

1qmc__assembly_1__model_21 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (2)

C-terminal DNA-binding domain of HIV-1 integrase, NMR, 42 structures

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 INTEGRASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1qmc__assembly_1__model_21

1qmc__assembly_1__model_21 | I(q)

1qmc__assembly_1__model_21 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (2)