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1qmd

calcium bound closed form alpha-toxin from Clostridium perfringens

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 100.1 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHOLIPASE C

CLOSTRIDIUM PERFRINGENS

UniProt P15310

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 29–398 未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；PROTEIN WAS CRYSTALLISED BY HANGING DROP FROM 1.8-2.0 M NACL IN 0.1 M NA ACETATE, PH 4.7 OR 4.8 分辨率 2.20 Å R-free 0.235
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 29–398 未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；PROTEIN WAS CRYSTALLISED BY HANGING DROP FROM 1.8-2.0 M NACL IN 0.1 M NA ACETATE, PH 4.7 OR 4.8 分辨率 2.20 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1QMD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CA1 ALPHA-TOXIN FROM CLOSTRIDIUM PERFRINGENS 提交 1998-04-22 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 29–398（370 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CD CADMIUM ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 1.90 Å R-free 0.254
1CA1 ALPHA-TOXIN FROM CLOSTRIDIUM PERFRINGENS 提交 1998-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 29–398（370 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CD CADMIUM ION × 24 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 1.90 Å R-free 0.254
1CA1 ALPHA-TOXIN FROM CLOSTRIDIUM PERFRINGENS 提交 1998-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 29–398（370 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CD CADMIUM ION × 24 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 1.90 Å R-free 0.254
1GYG R32 CLOSED FORM OF ALPHA-TOXIN FROM CLOSTRIDIUM PERFRINGENS STRAIN CER89L43 提交 2002-04-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 29–398（370 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；10 MG/ML PH 7.5, AGAINST 1.7M NACL PH 4.6
分辨率 1.90 Å R-free 0.254
1GYG R32 CLOSED FORM OF ALPHA-TOXIN FROM CLOSTRIDIUM PERFRINGENS STRAIN CER89L43 提交 2002-04-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 29–398（370 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；10 MG/ML PH 7.5, AGAINST 1.7M NACL PH 4.6
分辨率 1.90 Å R-free 0.254
1QM6 Closed form of Clostridium perfringens alpha-toxin strain NCTC8237 提交 1999-09-21 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 29–398（370 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；PROTEIN WAS CRYSTALLISED BY HANGING DROP FROM 1.8-2.0 M NACL IN 0.1 M NA ACETATE, PH 4.7 OR 4.8
分辨率 2.50 Å R-free 0.247
1QM6 Closed form of Clostridium perfringens alpha-toxin strain NCTC8237 提交 1999-09-21 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 29–398（370 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；PROTEIN WAS CRYSTALLISED BY HANGING DROP FROM 1.8-2.0 M NACL IN 0.1 M NA ACETATE, PH 4.7 OR 4.8
分辨率 2.50 Å R-free 0.247

共 3 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PHLC_CLOPE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–370； UniProt 29–398 作者链 B； PDB构建体 1–370； UniProt 29–398

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1qmd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1qmd
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1qmd
沉积日期 deposition_date1999-09-27
结构标题 titlecalcium bound closed form alpha-toxin from Clostridium perfringens
关键词 keywordsHYDROLASE, ZINC PHOSPHOLIPASE C, GANGRENE DETERMINANT, C2 DOMAIN, CA AND MEMBRANE BINDING.; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.52 Å
零角强度 I(0) i0121256000.00
分子量 molecular_weight85524.0 kDa
排除体积 excluded_volume105860 ų
包络体积 envelope_volume132590 ų
水化壳体积 shell_volume36102 ų
包络直径 envelope_diameter106.5 Å
壳层 Rg shell_rg37.53 Å
包络 Rg envelope_rg30.27 Å
形状 Rg shape_rg30.49 Å
总 Rg total_rg31.20 Å
总原子数 total_atoms6022
残基数 n_residues740
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax100.1 Å
Rg (实空间) rg_real31.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.82 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2130e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7910e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal121300000.0000
解质量估计 total_estimate0.9014
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary35.3 Å
偏度 Skewness skewness0.294
峰度 Kurtosis kurtosis-0.512
角度范围 angular_range— – 0.2550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha17330000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.932; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.944
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1qmda1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.124 — Phospholipase C/P1 nuclease
超家族 Superfamily superfamilya.124.1 — Phospholipase C/P1 nuclease
家族 Family familya.124.1.1 — Phospholipase C
结构域编号 domain_idd1qmda2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.12 — Lipase/lipooxygenase domain (PLAT/LH2 domain)
超家族 Superfamily superfamilyb.12.1 — Lipase/lipooxygenase domain (PLAT/LH2 domain)
家族 Family familyb.12.1.3 — Alpha-toxin, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd1qmdb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.124 — Phospholipase C/P1 nuclease
超家族 Superfamily superfamilya.124.1 — Phospholipase C/P1 nuclease
家族 Family familya.124.1.1 — Phospholipase C
结构域编号 domain_idd1qmdb2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.12 — Lipase/lipooxygenase domain (PLAT/LH2 domain)
超家族 Superfamily superfamilyb.12.1 — Lipase/lipooxygenase domain (PLAT/LH2 domain)
家族 Family familyb.12.1.3 — Alpha-toxin, C-terminal domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1qmdA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology575 — P1 Nuclease
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — P1 Nuclease
结构域编号 domain_id1qmdA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology60 — Lipoxygenase-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — PLAT/LH2 domain
结构域编号 domain_id1qmdB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology575 — P1 Nuclease
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — P1 Nuclease
结构域编号 domain_id1qmdB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology60 — Lipoxygenase-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — PLAT/LH2 domain
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)