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1qqr

CRYSTAL STRUCTURE OF STREPTOKINASE DOMAIN B

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 91.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

STREPTOKINASE DOMAIN B

物种未注明

UniProt P00779

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 177–314 片段：B-DOMAIN 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.30 Å R-free 0.242
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 177–314 片段：B-DOMAIN 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.30 Å R-free 0.242
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 177–314 片段：B-DOMAIN 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.30 Å R-free 0.242
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 177–314 片段：B-DOMAIN 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.30 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1QQR Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BML COMPLEX OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN PLASMIN AND STREPTOKINASE 提交 1999-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 38–399（362 aa）
链 D 38–399（362 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0
分辨率 2.90 Å R-free 0.291
1BML COMPLEX OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN PLASMIN AND STREPTOKINASE 提交 1999-05-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 38–399（362 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0
分辨率 2.90 Å R-free 0.291
1BML COMPLEX OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN PLASMIN AND STREPTOKINASE 提交 1999-05-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 38–399（362 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0
分辨率 2.90 Å R-free 0.291
1L4D CRYSTAL STRUCTURE OF MICROPLASMINOGEN-STREPTOKINASE ALPHA DOMAIN COMPLEX 提交 2002-03-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 14–147（134 aa） 片段：ALPHA DOMAIN, Residues 14-147
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Li2SO4, Hepes, Mg Acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.K
分辨率 2.30 Å R-free 0.263
1L4D CRYSTAL STRUCTURE OF MICROPLASMINOGEN-STREPTOKINASE ALPHA DOMAIN COMPLEX 提交 2002-03-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 14–147（134 aa） 片段：ALPHA DOMAIN, Residues 14-147
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Li2SO4, Hepes, Mg Acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.K
分辨率 2.30 Å R-free 0.263
1L4D CRYSTAL STRUCTURE OF MICROPLASMINOGEN-STREPTOKINASE ALPHA DOMAIN COMPLEX 提交 2002-03-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 14–147（134 aa） 片段：ALPHA DOMAIN, Residues 14-147
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Li2SO4, Hepes, Mg Acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.K
分辨率 2.30 Å R-free 0.263
1L4Z X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF MICROPLASMINOGEN WITH ALPHA DOMAIN OF STREPTOKINASE IN THE PRESENCE CADMIUM IONS 提交 2002-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–147（147 aa） 片段：N terminal alpha domain, Residues 0-147
突变：Q5E, W6A CD CADMIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Na acetate, cadmium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.262
1L4Z X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF MICROPLASMINOGEN WITH ALPHA DOMAIN OF STREPTOKINASE IN THE PRESENCE CADMIUM IONS 提交 2002-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–147（147 aa） 片段：N terminal alpha domain, Residues 0-147
突变：Q5E, W6A CD CADMIUM ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Na acetate, cadmium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.262

共 3 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 STRP_STREQ
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–138； UniProt 177–314 作者链 B； PDB构建体 1–138； UniProt 177–314 作者链 C； PDB构建体 1–138； UniProt 177–314 作者链 D； PDB构建体 1–138； UniProt 177–314

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1qqr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1qqr
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1qqr
沉积日期 deposition_date1999-06-07
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF STREPTOKINASE DOMAIN B
关键词 keywordsNON-PROTEOLYTIC, PLASMINOGEN ACTIVATION, FIBRINOLYSIS, HYDROLASE ACTIVATOR; HYDROLASE ACTIVATOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.93 Å
零角强度 I(0) i065229200.00
分子量 molecular_weight63129.0 kDa
排除体积 excluded_volume79187 ų
包络体积 envelope_volume106120 ų
水化壳体积 shell_volume32474 ų
包络直径 envelope_diameter99.3 Å
壳层 Rg shell_rg34.18 Å
包络 Rg envelope_rg28.30 Å
形状 Rg shape_rg27.91 Å
总 Rg total_rg28.69 Å
总原子数 total_atoms4457
残基数 n_residues547
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax91.9 Å
Rg (实空间) rg_real28.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real6.5230e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.2030e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal65230000.0000
解质量估计 total_estimate0.8975
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.4 Å
偏度 Skewness skewness0.324
峰度 Kurtosis kurtosis-0.366
角度范围 angular_range— – 0.2750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7413000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.917; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.919
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1qqra_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.5 — Staphylokinase/streptokinase
家族 Family familyd.15.5.1 — Staphylokinase/streptokinase
结构域编号 domain_idd1qqrb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.5 — Staphylokinase/streptokinase
家族 Family familyd.15.5.1 — Staphylokinase/streptokinase
结构域编号 domain_idd1qqrc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.5 — Staphylokinase/streptokinase
家族 Family familyd.15.5.1 — Staphylokinase/streptokinase
结构域编号 domain_idd1qqrd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.5 — Staphylokinase/streptokinase
家族 Family familyd.15.5.1 — Staphylokinase/streptokinase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1qqrA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily180 —
结构域编号 domain_id1qqrB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily180 —
结构域编号 domain_id1qqrC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily180 —
结构域编号 domain_id1qqrD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily180 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)