SAXSdb — 1r21

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Antigen Ki-67

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–120	片段：FHA domain 突变：none	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 8.4；290 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR测量条件：pH 7.5；290 K；离子强度（mmCIF原始值）150 mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成：0.5 mM U-13C,15N-protein; 10 mM TrisHCl buffer (pH 8.4); 2mM DTT; 1 mM EDTA \| 95% H2O, 10% D2O NMR样品组成：0.5 mM U-13C,15N-protein; 5 mM HEPES buffer (pH 7.5); 2mM DTT; 1 mM EDTA; 150 mM NaCl \| 95% H2O, 10% D2O NMR样品组成：0.5 mM unlabeled-protein; 10 mM TrisHCl buffer (pH 8.4); 2mM DTT; 1 mM EDTA \| 95% H2O, 10% D2O NMR样品组成：0.5 mM unlabeled-protein; 10 mM TrisHCl buffer (pH 8.4); 2mM DTT; 1 mM EDTA \| 100% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1R21	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2AFF The solution structure of the Ki67FHA/hNIFK(226-269)3P complex 提交 2005-07-25	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–120（120 aa）片段：FHA domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；293 K；离子强度（mmCIF原始值）150 mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 0.9 mM Ki67 FHA U-15N,13C; 1 mM hNIFK(226-269)3P unlabeled 5 mM HEPES, 5 mM DTT, 1 mM EDTA, 150 mM NaCl, pH 7.4 \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 0.9 mM Ki67 FHA U-15N,13C; 1 mM hNIFK(226-269)3P unlabeled 5 mM HEPES, 5 mM DTT, 1 mM EDTA, 150 mM NaCl, pH 7.4 \| 100% D2O NMR样品组成 1 mM Ki67 FHA unlabled; 0.9 mM hNIFK(226-269)3P U-15N,13C 5 mM HEPES, 5 mM DTT, 1 mM EDTA, 150 mM NaCl, pH 7.4 \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 1 mM Ki67 FHA unlabled; 0.9 mM hNIFK(226-269)3P U-15N,13C 5 mM HEPES, 5 mM DTT, 1 mM EDTA, 150 mM NaCl, pH 7.4 \| 100% D2O	分辨率未提供
5J28 Ki67-PP1g (protein phosphatase 1, gamma isoform) holoenzyme complex 提交 2016-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 496–536（41 aa）片段：UNP residues 496-536	突变：T525M	MLI MALONATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；1.9 M Sodium Malonate pH 4.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.197
5J28 Ki67-PP1g (protein phosphatase 1, gamma isoform) holoenzyme complex 提交 2016-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 496–536（41 aa）片段：UNP residues 496-536	突变：T525M	MLI MALONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；1.9 M Sodium Malonate pH 4.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.197

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KI67_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–128； UniProt 1–120

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1r21
沉积日期 deposition_date	2003-09-25
结构标题 title	Solution Structure of human Ki67 FHA Domain
关键词 keywords	beta sandwich, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	SOLUTION NMR

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	13.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.01 Å
零角强度 I(0) i0	979416000.00
分子量 molecular_weight	262320.0 kDa
排除体积 excluded_volume	327350 Å³
包络体积 envelope_volume	25684 Å³
水化壳体积 shell_volume	14145 Å³
包络直径 envelope_diameter	51.4 Å
壳层 Rg shell_rg	21.37 Å
包络 Rg envelope_rg	15.92 Å
形状 Rg shape_rg	12.98 Å
总 Rg total_rg	13.26 Å
总原子数 total_atoms	37076
残基数 n_residues	2300
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	44.4 Å
Rg (实空间) rg_real	13.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.7940e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.0070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	13.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	979400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7842
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.112
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.240
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	244300.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.731; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1r21a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.26 — SMAD/FHA domain
超家族 Superfamily superfamily	b.26.1 — SMAD/FHA domain
家族 Family family	b.26.1.2 — FHA domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1r21A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Tumour Suppressor Smad4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

▶

8. 引用文献 (1)

▶

描述 description	Antigen Ki-67
分子量 formula_weight	14555.5 kDa
突变 mutation	none
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	37076

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

fit	/app/data/saxs_computation/r2/1r21/1r21.fit
pddf	/app/data/pr_computation/r2/1r21/1r21.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/r2/1r21/1r21.dat

Solution Structure of human Ki67 FHA Domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Antigen Ki-67

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)