1r2q

Crystal Structure of Human Rab5a GTPase Domain at 1.05 A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 53.3 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ras-related protein Rab-5A

Homo sapiens

UniProt P20339

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 15–184	片段：GTPase domain	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG 6000, SODIUM CHLORIDE, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.05 Å R-free 0.169

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1R2Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1N6H Crystal Structure of Human Rab5a 提交 2002-11-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 15–184（170 aa）片段：GTPASE DOMAIN	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG 6000, sodium chloride, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.51 Å R-free 0.190
1N6I Crystal Structure of Human Rab5a A30P mutant Complex with GDP 提交 2002-11-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 15–184（170 aa）片段：GTPASE DOMAIN	突变：A30P	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 6000, sodium chloride, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.214
1N6K Crystal Structure of Human Rab5a A30P mutant complex with GDP and aluminum fluoride 提交 2002-11-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 15–184（170 aa）片段：GTPASE DOMAIN	突变：A30P	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 6000, sodium chloride, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.55 Å R-free 0.200
1N6L Crystal Structure of Human Rab5a A30P mutant complex with GTP 提交 2002-11-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 15–184（170 aa）片段：GTPASE DOMAIN	突变：A30P	MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG 6000, sodium chloride, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.211
1N6N Crystal Structure of Human Rab5a A30R mutant complex with GppNHp 提交 2002-11-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 15–184（170 aa）片段：GTPASE DOMAIN	突变：A30R	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG 6000, sodium chloride, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.207
1N6O Crystal Structure of Human Rab5a A30K mutant complex with GppNHp 提交 2002-11-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 15–184（170 aa）片段：GTPASE DOMAIN	突变：A30K	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG 6000, sodium chloride, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.207
1N6P Crystal Structure of Human Rab5a A30E mutant complex with GppNHp 提交 2002-11-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 15–184（170 aa）片段：GTPASE DOMAIN	突变：A30E	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG 6000, sodium chloride, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.54 Å R-free 0.204
1N6R Crystal Structure of Human Rab5a A30L mutant complex with GppNHp 提交 2002-11-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 15–184（170 aa）片段：GTPASE DOMAIN	突变：A30L	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG 6000, sodium chloride, MES , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.55 Å R-free 0.200
1TU3 Crystal Structure of Rab5 complex with Rabaptin5 C-terminal Domain 提交 2004-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 15–184（170 aa）链 B 15–184（170 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG3350, ammonium bromide, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.31 Å R-free 0.277
1TU3 Crystal Structure of Rab5 complex with Rabaptin5 C-terminal Domain 提交 2004-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 15–184（170 aa）链 D 15–184（170 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG3350, ammonium bromide, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.31 Å R-free 0.277
1TU3 Crystal Structure of Rab5 complex with Rabaptin5 C-terminal Domain 提交 2004-06-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 15–184（170 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG3350, ammonium bromide, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.31 Å R-free 0.277
1TU4 Crystal Structure of Rab5-GDP Complex 提交 2004-06-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 15–184（170 aa）片段：GTP binding domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CO COBALT (II) ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；ammonium sulfate, cobalt chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
1TU4 Crystal Structure of Rab5-GDP Complex 提交 2004-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 15–184（170 aa）片段：GTP binding domain 链 B 15–184（170 aa）片段：GTP binding domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CO COBALT (II) ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；ammonium sulfate, cobalt chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
1TU4 Crystal Structure of Rab5-GDP Complex 提交 2004-06-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 15–184（170 aa）片段：GTP binding domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CO COBALT (II) ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；ammonium sulfate, cobalt chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
1TU4 Crystal Structure of Rab5-GDP Complex 提交 2004-06-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 15–184（170 aa）片段：GTP binding domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CO COBALT (II) ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；ammonium sulfate, cobalt chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
1TU4 Crystal Structure of Rab5-GDP Complex 提交 2004-06-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 15–184（170 aa）片段：GTP binding domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CO COBALT (II) ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；ammonium sulfate, cobalt chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
1TU4 Crystal Structure of Rab5-GDP Complex 提交 2004-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 15–184（170 aa）片段：GTP binding domain 链 B 15–184（170 aa）片段：GTP binding domain 链 C 15–184（170 aa）片段：GTP binding domain 链 D 15–184（170 aa）片段：GTP binding domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CO COBALT (II) ION × 12 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 SO4 SULFATE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；ammonium sulfate, cobalt chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
1TU4 Crystal Structure of Rab5-GDP Complex 提交 2004-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 15–184（170 aa）片段：GTP binding domain 链 B 15–184（170 aa）片段：GTP binding domain 链 C 15–184（170 aa）片段：GTP binding domain 链 D 15–184（170 aa）片段：GTP binding domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CO COBALT (II) ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；ammonium sulfate, cobalt chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
1TU4 Crystal Structure of Rab5-GDP Complex 提交 2004-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 15–184（170 aa）片段：GTP binding domain 链 B 15–184（170 aa）片段：GTP binding domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CO COBALT (II) ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；ammonium sulfate, cobalt chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
1TU4 Crystal Structure of Rab5-GDP Complex 提交 2004-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 15–184（170 aa）片段：GTP binding domain 链 D 15–184（170 aa）片段：GTP binding domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CO COBALT (II) ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；ammonium sulfate, cobalt chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
1TU4 Crystal Structure of Rab5-GDP Complex 提交 2004-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 15–184（170 aa）片段：GTP binding domain 链 D 15–184（170 aa）片段：GTP binding domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CO COBALT (II) ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；ammonium sulfate, cobalt chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
3MJH Crystal Structure of Human Rab5A in complex with the C2H2 Zinc Finger of EEA1 提交 2010-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 16–183（168 aa）片段：residues 16-183	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；18% PEG 4000, 50mM sodium acetate, 0.2M sodium-potassium phosphate, 10% glycerol, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K	分辨率 2.03 Å R-free 0.260
3MJH Crystal Structure of Human Rab5A in complex with the C2H2 Zinc Finger of EEA1 提交 2010-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 16–183（168 aa）片段：residues 16-183	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；18% PEG 4000, 50mM sodium acetate, 0.2M sodium-potassium phosphate, 10% glycerol, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K	分辨率 2.03 Å R-free 0.260
4Q9U Crystal structure of the Rab5, Rabex-5delta and Rabaptin-5C21 complex 提交 2014-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 15–184（170 aa）片段：UNP residues 15-184 链 F 15–184（170 aa）片段：UNP residues 15-184	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 5；289 K；1.0M NaH2PO4/K2HPO4, pH 5.0, hanging drop, temperature 289K	分辨率 4.62 Å R-free 0.343
7BL1 human complex II-BATS bound to membrane-attached Rab5a-GTP 提交 2021-01-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 DDD 16–183（168 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force 20, blot time 6 s	分辨率 9.80 Å
9RX5 VPS34-CII (VPS34 199-REIE-202 to 199-AAAA-202 mutant) bound to RAB5A (Q79L) 提交 2025-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 1–212（212 aa）链 F 1–212（212 aa）	突变：C19A, C63S, Q79L 突变：C19A, C63S, Q79L	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.15 Å
9RX6 VPS34-CII (VPS34 199-REIE-202 to 199-ERIR-202 mutant) bound to RAB5A (Q79L) on the VPS15 subunit 提交 2025-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 1–212（212 aa）	突变：C19S, C63S, Q79L	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.52 Å
9RX9 VPS34-CII bound to RAB5A-GTP 1-212 (C19S, C63S, Q79L) on the VPS34 subunit 提交 2025-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 1–212（212 aa）	突变：C19S, C63S, Q79L	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.99 Å
9RXA VPS34-CII bound to RAB5A-GTP 1-212 (C19S, C63S, Q79L) on the VPS15 subunit 提交 2025-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 1–212（212 aa）	突变：C19S, C63S, Q79L	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.00 Å
9RXB VPS34-CII (VPS34/VPS15/BECLIN1/UVRAG) bound to RAB5A (Q79L) on the VPS34 and VPS15 subunits 提交 2025-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 1–212（212 aa）链 F 1–212（212 aa）	突变：C19S, C63S, Q79L 突变：C19S, C63S, Q79L	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.03 Å
9S47 Human complex II-BATS bound to membrane-attached Rab5a-GTP 提交 2025-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 1–212（212 aa）	突变：C19S, C63S, Q79L	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 9.88 Å

共 19 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAB5A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–170； UniProt 15–184

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1r2q
沉积日期 deposition_date	2003-09-29
结构标题 title	Crystal Structure of Human Rab5a GTPase Domain at 1.05 A resolution
关键词 keywords	RAB, GTPase, GNP, atomic resolution, Protein transport; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.34 Å
零角强度 I(0) i0	7909290.00
分子量 molecular_weight	20066.0 kDa
排除体积 excluded_volume	24940 Å³
包络体积 envelope_volume	27639 Å³
水化壳体积 shell_volume	15014 Å³
包络直径 envelope_diameter	54.3 Å
壳层 Rg shell_rg	21.59 Å
包络 Rg envelope_rg	15.75 Å
形状 Rg shape_rg	15.31 Å
总 Rg total_rg	16.52 Å
总原子数 total_atoms	1404
残基数 n_residues	170
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	53.3 Å
Rg (实空间) rg_real	16.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.9090e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.8680e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7909000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8119
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	21.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.142
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.360
角度范围 angular_range	— – 0.4750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1545000.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.853; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ras-related protein Rab-5A
分子量 formula_weight	18987.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1734

GNKICQFKLVLLGESAVGKSSLVLRFVKGQFHEFQESTIGAAFLTQTVCLDDTTVKFEIWDTAGQERYHSLAPMYYRGAQAAIVVYDITNEESFARAKNWVKELQRQASPNIVIALSGNKADLANKRAVDFQEAQSYADDNSLLFMETSAKTSMNVNEIFMAIAKKLPKN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	522.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	213

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1r2qa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1r2qA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	35.727 Å
晶胞边长 b length_b	64.573 Å
晶胞边长 c length_c	66.180 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.050 Å
最低分辨率 resolution_low	29.020 Å
R 因子 r_factor	0.1240
R_work r_work	0.1239
R_free r_free	0.1688

fit	/app/data/saxs_computation/r2/1r2q/1r2q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/r2/1r2q/1r2q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/r2/1r2q/1r2q.dat