1r4q

Shiga toxin

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SHT cytotoxin A subunit

Shigella dysenteriae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Shigella toxin chain B × 5 （Q7BQ98） water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Shigella toxin chain B × 5 （Q7BQ98） water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Shigella toxin chain B × 10 （Q7BQ98） water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7BQ99_SHIDY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–293； UniProt 23–315 作者链 L； PDB构建体 1–293； UniProt 23–315

Shigella toxin chain B

Shigella dysenteriae

UniProt Q7BQ98

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	SHT cytotoxin A subunit × 1 （Q7BQ99） water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	SHT cytotoxin A subunit × 1 （Q7BQ99） water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	SHT cytotoxin A subunit × 2 （Q7BQ99） water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7BQ98_SHIDY
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 C； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 D； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 E； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 F； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 G； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 H； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 I； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 J； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 K； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1r4q
沉积日期 deposition_date	2003-10-07
结构标题 title	Shiga toxin
关键词 keywords	AB5 toxin, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1r4q__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1r4q__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1r4q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.87 Å
Rg（电子密度）	26.71 Å
总 Rg	27.37 Å
原子数	4836
残基数	621
排除体积	85684 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1r4q__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1r4q__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1r4q__assembly_3__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SHT cytotoxin A subunit
分子量 formula_weight	32264.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.22
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,L
原子数 atom_count	9725

KEFTLDFSTAKTYVDSLNVIRSAIGTPLQTISSGGTSLLMIDSGTGDNLFAVDVRGIDPEEGRFNNLRLIVERNNLYVTGFVNRTNNVFYRFADFSHVTFPGTTAVTLSGDSSYTTLQRVAGISRTGMQINRHSLTTSYLDLMSHSGTSLTQSVARAMLRFVTVTAEALRFRQIQRGFRTTLDDLSGRSYVMTAEDVDLTLNWGRLSSVLPDYHGQDSVRVGRISFGSINAILGSVALILNCHHHASRVARMASDEFPSMCPADGRVRGITHNKILWDSSTLGAILMRRTISS

来源 Source

来源生物 organism	Shigella dysenteriae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	622
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Shigella toxin chain B
分子量 formula_weight	7698.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D,E,F,G,H,I,J,K

TPDCVTGKVEYTKYNDDDTFTVKVGDKELFTNRWNLQSLLLSAQITGMTVTIKTNACHNGGGFSEVIFR

来源 Source

来源生物 organism	Shigella dysenteriae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	622
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	46

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1r4qa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.165 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
超家族 Superfamily superfamily	d.165.1 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
家族 Family family	d.165.1.2 — Shiga toxin, A-chain

结构域编号 domain_id	d1r4qb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1r4qc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1r4qd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1r4qe_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1r4qf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1r4qg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1r4qh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1r4qi_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1r4qj_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1r4qk_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1r4ql_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.165 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
超家族 Superfamily superfamily	d.165.1 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
家族 Family family	d.165.1.2 — Shiga toxin, A-chain

CATH v4.4 (14 domains)

结构域编号 domain_id	1r4qA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Ricin (A subunit); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A subunit), domain 1

结构域编号 domain_id	1r4qA02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	470 — Ricin (A Subunit), domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A Subunit), domain 2

结构域编号 domain_id	1r4qB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1r4qC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1r4qD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1r4qE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1r4qF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1r4qG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1r4qH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1r4qI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1r4qJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1r4qK00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1r4qL01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Ricin (A subunit); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A subunit), domain 1

结构域编号 domain_id	1r4qL02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	470 — Ricin (A Subunit), domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ricin (A Subunit), domain 2

▶

晶胞边长 a length_a	133.000 Å
晶胞边长 b length_b	147.180 Å
晶胞边长 c length_c	82.850 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	40

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	98.600 Å
R 因子 r_factor	0.2020
R_work r_work	0.1994
R_free r_free	0.2566

Shiga toxin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SHT cytotoxin A subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Shigella toxin chain B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1r4q__assembly_1__model_1

1r4q__assembly_1__model_1 | I(q)

1r4q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (14 domains)

7. 引用文献 (1)

Shiga toxin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SHT cytotoxin A subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Shigella toxin chain B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1r4q__assembly_1__model_1

1r4q__assembly_1__model_1 | I(q)

1r4q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (14 domains)

7. 引用文献 (1)