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1r8q

FULL-LENGTH ARF1-GDP-MG IN COMPLEX WITH BREFELDIN A AND A SEC7 DOMAIN

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-ribosylation factor 1

Bos taurus

UniProt P84080

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Arno × 1 （Q99418） MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE × 1 1,6,7,8,9,11A,12,13,14,14A-DECAHYDRO-1,13-DIHYDROXY-6-METHYL-4H-CYCLOPENT[F]OXACYCLOTRIDECIN-4-ONE × 1 ZINC ION × 1 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Arno × 1 （Q99418） MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE × 1 1,6,7,8,9,11A,12,13,14,14A-DECAHYDRO-1,13-DIHYDROXY-6-METHYL-4H-CYCLOPENT[F]OXACYCLOTRIDECIN-4-ONE × 1 water × 2 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Arno × 2 （Q99418） MAGNESIUM ION × 2 GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE × 2 1,6,7,8,9,11A,12,13,14,14A-DECAHYDRO-1,13-DIHYDROXY-6-METHYL-4H-CYCLOPENT[F]OXACYCLOTRIDECIN-4-ONE × 2 ZINC ION × 1 water × 4 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Arno × 2 （Q99418） MAGNESIUM ION × 2 GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE × 2 1,6,7,8,9,11A,12,13,14,14A-DECAHYDRO-1,13-DIHYDROXY-6-METHYL-4H-CYCLOPENT[F]OXACYCLOTRIDECIN-4-ONE × 2 ZINC ION × 1 water × 4 与蛋白数一致
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Arno × 2 （Q99418） MAGNESIUM ION × 2 GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE × 2 1,6,7,8,9,11A,12,13,14,14A-DECAHYDRO-1,13-DIHYDROXY-6-METHYL-4H-CYCLOPENT[F]OXACYCLOTRIDECIN-4-ONE × 2 ZINC ION × 1 water × 4 与蛋白数一致
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Arno × 2 （Q99418） MAGNESIUM ION × 2 GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE × 2 1,6,7,8,9,11A,12,13,14,14A-DECAHYDRO-1,13-DIHYDROXY-6-METHYL-4H-CYCLOPENT[F]OXACYCLOTRIDECIN-4-ONE × 2 ZINC ION × 1 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1r8q 1r8q 1r8q 1r8q 1r8q 1r8q 1r8s 1r8s 1s9d 4c0a 4c0a 4c0a

共 13 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARF1_BOVIN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–181； UniProt 1–180 作者链 B； PDB构建体 1–181； UniProt 1–180

Arno

Homo sapiens

UniProt Q99418

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 ADP-ribosylation factor 1 × 1 （P84080） MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE × 1 1,6,7,8,9,11A,12,13,14,14A-DECAHYDRO-1,13-DIHYDROXY-6-METHYL-4H-CYCLOPENT[F]OXACYCLOTRIDECIN-4-ONE × 1 ZINC ION × 1 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 ADP-ribosylation factor 1 × 1 （P84080） MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE × 1 1,6,7,8,9,11A,12,13,14,14A-DECAHYDRO-1,13-DIHYDROXY-6-METHYL-4H-CYCLOPENT[F]OXACYCLOTRIDECIN-4-ONE × 1 water × 2 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 ADP-ribosylation factor 1 × 2 （P84080） MAGNESIUM ION × 2 GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE × 2 1,6,7,8,9,11A,12,13,14,14A-DECAHYDRO-1,13-DIHYDROXY-6-METHYL-4H-CYCLOPENT[F]OXACYCLOTRIDECIN-4-ONE × 2 ZINC ION × 1 water × 4 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 ADP-ribosylation factor 1 × 2 （P84080） MAGNESIUM ION × 2 GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE × 2 1,6,7,8,9,11A,12,13,14,14A-DECAHYDRO-1,13-DIHYDROXY-6-METHYL-4H-CYCLOPENT[F]OXACYCLOTRIDECIN-4-ONE × 2 ZINC ION × 1 water × 4 与蛋白数一致
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 ADP-ribosylation factor 1 × 2 （P84080） MAGNESIUM ION × 2 GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE × 2 1,6,7,8,9,11A,12,13,14,14A-DECAHYDRO-1,13-DIHYDROXY-6-METHYL-4H-CYCLOPENT[F]OXACYCLOTRIDECIN-4-ONE × 2 ZINC ION × 1 water × 4 与蛋白数一致
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 ADP-ribosylation factor 1 × 2 （P84080） MAGNESIUM ION × 2 GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE × 2 1,6,7,8,9,11A,12,13,14,14A-DECAHYDRO-1,13-DIHYDROXY-6-METHYL-4H-CYCLOPENT[F]OXACYCLOTRIDECIN-4-ONE × 2 ZINC ION × 1 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1pbv 1r8m 4jmi 4jmo 4jwl 4jxh 4l5m 4z21

共 8 个 assembly

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1r8q 1r8q 1r8q 1r8q 1r8q 1r8q 1r8s 1r8s 1s9d

共 9 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CYH2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–203； UniProt 50–252 作者链 F； PDB构建体 1–203； UniProt 50–252

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1r8q
沉积日期 deposition_date2003-10-28
结构标题 titleFULL-LENGTH ARF1-GDP-MG IN COMPLEX WITH BREFELDIN A AND A SEC7 DOMAIN
关键词 keywordsPROTEIN TRANSPORT/EXCHANGE FACTOR, PROTEIN TRANSPORT-EXCHANGE FACTOR complex; PROTEIN TRANSPORT/EXCHANGE FACTOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1r8q__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1r8q__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1r8q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）23.94 Å
Rg（电子密度）22.99 Å
总 Rg23.82 Å
原子数3047
残基数370
排除体积54225 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1r8q__assembly_1__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1r8q__assembly_2__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 1r8q__assembly_3__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 1r8q__assembly_4__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
5 1 1r8q__assembly_5__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
6 1 1r8q__assembly_6__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1r8qa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd1r8qb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd1r8qe_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.3 — Sec7 domain
家族 Family familya.118.3.1 — Sec7 domain
结构域编号 domain_idd1r8qf_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.3 — Sec7 domain
家族 Family familya.118.3.1 — Sec7 domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1r8qA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id1r8qB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id1r8qE01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id1r8qE02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1000 — Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily11 — Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2
结构域编号 domain_id1r8qF01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id1r8qF02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1000 — Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily11 — Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2
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7. 引用文献 (1)