SAXSdb — 1rdm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MANNOSE-BINDING PROTEIN-C

Rattus rattus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 132–244 链 2； UniProt 132–244	片段：SUBTILISIN FRAGMENT (RESIDUES 114 - 226)	MMA methyl alpha-D-mannopyranoside × 3 CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.4；pH 7.4	分辨率 1.90 Å R-free 0.240

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1RDM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BV4 APO-MANNOSE-BINDING PROTEIN-C 提交 1998-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 127–244（118 aa）片段：SUBTILISIN FRAGMENT 链 B 127–244（118 aa）片段：SUBTILISIN FRAGMENT 链 C 127–244（118 aa）片段：SUBTILISIN FRAGMENT 链 D 127–244（118 aa）片段：SUBTILISIN FRAGMENT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；12% PEG 8000, 100 MM NAMES, PH 6.1, 200 MM LICL, 2 MM EDTA 0.02%, NAN3, pH 6.2	分辨率 1.85 Å R-free 0.256
1KZA Complex of MBP-C and Man-a13-Man 提交 2002-02-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 1 129–243（115 aa）片段：SUBTILISIN FRAGMENT (RESIDUES 129-243 of P08661) 链 2 129–243（115 aa）片段：SUBTILISIN FRAGMENT (RESIDUES 129-243 of P08661)	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；PEG 8000, Tris-Cl, NaCl, CaCl2, NaN3, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K	分辨率 1.74 Å R-free 0.235
1KZB Complex of MBP-C and trimannosyl core 提交 2002-02-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 1 129–243（115 aa）片段：SUBTILISIN FRAGMENT (RESIDUES 129-243 of P08661) 链 2 129–243（115 aa）片段：SUBTILISIN FRAGMENT (RESIDUES 129-243 of P08661)	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；PEG 8000, Tris-Cl, NaCl, CaCl2, NaN3, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.259
1KZC Complex of MBP-C and high-affinity linear trimannose 提交 2002-02-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 1 129–243（115 aa）片段：SUBTILISIN FRAGMENT (RESIDUES 129-243 of P08661) 链 2 129–243（115 aa）片段：SUBTILISIN FRAGMENT (RESIDUES 129-243 of P08661)	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；PEG 8000, Tris-Cl, NaCl, CaCl2, NaN3, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K	分辨率 1.85 Å R-free 0.242
1KZD Complex of MBP-C and GlcNAc-terminated core 提交 2002-02-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 1 129–243（115 aa）片段：SUBTILISIN FRAGMENT (RESIDUES 129-243 of P08661) 链 2 129–243（115 aa）片段：SUBTILISIN FRAGMENT (RESIDUES 129-243 of P08661)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；PEG 8000, Tris-Cl, NaCl, CaCl2, NaN3, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.239
1KZE Complex of MBP-C and bivalent Man-terminated glycopeptide 提交 2002-02-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 1 129–243（115 aa）片段：SUBTILISIN FRAGMENT (RESIDUES 129-243 of P08661) 链 2 129–243（115 aa）片段：SUBTILISIN FRAGMENT (RESIDUES 129-243 of P08661)	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；PEG 8000, Tris-Cl, NaCl, CaCl2, NaN3, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.243
1RDI MANNOSE-BINDING PROTEIN, SUBTILISIN DIGEST FRAGMENT COMPLEX WITH ALPHA-METHYL-L-FUCOPYRANOSIDE 提交 1995-09-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 1 132–244（113 aa）片段：SUBTILISIN FRAGMENT (RESIDUES 114 - 226) 链 2 132–244（113 aa）片段：SUBTILISIN FRAGMENT (RESIDUES 114 - 226)	未记录	MFU methyl alpha-L-fucopyranoside × 2 CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4, 20% MPD USED AS A CRYOPROTECTANT	分辨率 1.80 Å R-free 0.244
1RDJ MANNOSE-BINDING PROTEIN, SUBTILISIN DIGEST FRAGMENT COMPLEX WITH BETA-METHYL-L-FUCOPYRANOSIDE 提交 1995-09-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 1 132–244（113 aa）片段：SUBTILISIN FRAGMENT (RESIDUES 114 - 226) 链 2 132–244（113 aa）片段：SUBTILISIN FRAGMENT (RESIDUES 114 - 226)	未记录	MFB methyl beta-L-fucopyranoside × 2 CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4, 20% MPD USED AS A CRYOPROTECTANT	分辨率 1.80 Å R-free 0.246
1RDK MANNOSE-BINDING PROTEIN, SUBTILISIN DIGEST FRAGMENT COMPLEX WITH D-GALACTOSE 提交 1995-09-05	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 1 132–244（113 aa）片段：SUBTILISIN FRAGMENT (RESIDUES 114 - 226) 链 2 132–244（113 aa）片段：SUBTILISIN FRAGMENT (RESIDUES 114 - 226)	未记录	GAL beta-D-galactopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4	分辨率 1.80 Å R-free 0.265
1RDL MANNOSE-BINDING PROTEIN, SUBTILISIN DIGEST FRAGMENT COMPLEX WITH ALPHA-METHYL-D-MANNOPYRANOSIDE (0.2 M) 提交 1995-09-05	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 1 132–244（113 aa）片段：SUBTILISIN FRAGMENT (RESIDUES 114 - 226) 链 2 132–244（113 aa）片段：SUBTILISIN FRAGMENT (RESIDUES 114 - 226)	未记录	MMA methyl alpha-D-mannopyranoside × 2 CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4	分辨率 1.70 Å R-free 0.230
1RDN MANNOSE-BINDING PROTEIN, SUBTILISIN DIGEST FRAGMENT COMPLEX WITH ALPHA-METHYL-D-N-ACETYLGLUCOSAMINIDE 提交 1995-09-05	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 1 132–244（113 aa）片段：SUBTILISIN FRAGMENT (RESIDUES 114 - 226) 链 2 132–244（113 aa）片段：SUBTILISIN FRAGMENT (RESIDUES 114 - 226)	未记录	NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4	分辨率 1.80 Å R-free 0.237
1RDO MANNOSE-BINDING PROTEIN, SUBTILISIN DIGEST FRAGMENT 提交 1995-09-05	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 1 132–244（113 aa）片段：SUBTILISIN FRAGMENT (RESIDUES 114 - 226) 链 2 132–244（113 aa）片段：SUBTILISIN FRAGMENT (RESIDUES 114 - 226)	未记录	CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4	分辨率 1.70 Å R-free 0.238

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MBL2_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–113； UniProt 132–244 作者链 2； PDB构建体 1–113； UniProt 132–244

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1rdm
沉积日期 deposition_date	1995-09-05
结构标题 title	MANNOSE-BINDING PROTEIN, SUBTILISIN DIGEST FRAGMENT COMPLEX WITH ALPHA-METHYL-D-MANNOPYRANOSIDE (1.3 M)
关键词 keywords	C-TYPE LECTIN, CALCIUM-BINDING PROTEIN, LECTIN; LECTIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.74 Å
零角强度 I(0) i0	13017900.00
分子量 molecular_weight	25692.0 kDa
排除体积 excluded_volume	31512 Å³
包络体积 envelope_volume	37260 Å³
水化壳体积 shell_volume	16238 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.8 Å
壳层 Rg shell_rg	25.33 Å
包络 Rg envelope_rg	20.81 Å
形状 Rg shape_rg	20.75 Å
总 Rg total_rg	21.31 Å
总原子数 total_atoms	1790
残基数 n_residues	223
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.6 Å
Rg (实空间) rg_real	21.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3020e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7620e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13020000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8417
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.473
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.522
角度范围 angular_range	— – 0.3700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3333000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.746; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.807; Smooth: 0.893

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MANNOSE-BINDING PROTEIN-C
分子量 formula_weight	12675.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,2
原子数 atom_count	2113

KKYFMSSVRRMPLNRAKALCSELQGTVATPRNAEENRAIQNVAKDVAFLGITDQRTENVFEDLTGNRVRYTNWNEGEPNNVGSGENCVVLLTNGKWNDVPCSDSFLVVCEFSD

来源 Source

来源生物 organism	Rattus rattus
通用名 common_name	black rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10117
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	methyl alpha-D-mannopyranoside
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	308

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1rdm1_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d1rdm2_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1rdm100
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	1rdm200
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

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8. 引用文献 (5)

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晶胞边长 a length_a	60.600 Å
晶胞边长 b length_b	75.400 Å
晶胞边长 c length_c	57.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.1910
R_work r_work	0.1910
R_free r_free	0.2400

fit	/app/data/saxs_computation/rd/1rdm/1rdm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rd/1rdm/1rdm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rd/1rdm/1rdm.dat

MANNOSE-BINDING PROTEIN, SUBTILISIN DIGEST FRAGMENT COMPLEX WITH ALPHA-METHYL-D-MANNOPYRANOSIDE (1.3 M)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MANNOSE-BINDING PROTEIN-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction